9月21日，慈禧正式光绪手了。慈禧光绪的名义布了一谕旨，称皇帝生病不理政，己将再度临朝训政。
接着，从宫就传消息，光绪被囚禁在中南海瀛台，慈禧着文武臣的面说：“工部候补主康有结党营，胡言乱政，立即革职。即刻派人缉拿康有他弟弟康广仁，由刑部治罪。”
听光绪被囚禁，康有梁启超在一间逃海外。
9月23日，光绪带着文武臣在勤政殿贺喜慈禧训政，慈禧在殿反复质问光绪，康有所说的“围园捕”究竟是怎回。光绪不敢实回答，说是维新派不懂，胡乱说的。慈禧很愤怒，令将张荫桓、徐致靖、杨锐、杨深秀、林旭、谭嗣同、刘光等人革职，由刑部审讯。
谭嗣同听说己被捕，非常淡定，很人让他赶快逃，他却镇定说：“每国变法流血，不流血怎变法功呢？现在中国变法，又人愿意流血，就是什我变法失败的原因。一滴血就从我谭嗣同身始吧！”
9月28日，慈禧令将谭嗣同、杨锐、刘光、林旭、杨深秀、康广仁六人斩首示众。
在狱中，谭嗣同写了一首流芳百世的绝命诗：
望门投止思张俭，忍死须臾待杜根；
我横刀向笑，留肝胆两昆仑。
戊戌六君子是爱国志士，行刑神色坦，面无惧色。围观的人他洒泪，他却意气高昂，深信己的鲜血唤沉睡的国人。
此，政权完全掌握在慈禧的手中，光绪的政治前途完全毁掉。慈禧撤那帘子，跟光绪一并坐在殿临朝。臣奏，光绪不准说话，除非慈禧示意他说话。退朝，有人送光绪瀛台，怜的皇帝一二十四处在严密的监视中。
至此，光绪已经完全变了一木偶，有的候慈禧让他撑台面，示皇帝一切，无的候就回瀛台。
慈禧本准备收拾袁世凯的，袁世凯的顶头司荣禄他求情，说现在国正是人际，袁世凯是不的人才，是让他戴罪立功吧！
慈禧一听，，反正现在有人动摇己的权威了。