隆庆六年六月，政权落居正手中了。他的志愿，是整的生命贡献给国。他记在五年冬，正在内阁中的斗争，愈演愈烈，己的政治生活，岌岌不保的候，他曾经有两句偈语：
愿深奉尘刹，不身求利益。
他政治的认识，是有握，有放弃；有前进，有退；有牺牲，有畏缩。现在是他的代了。万历元年，他曾讲的理状态：
年、主少国疑，藐躯，横变，比惟知办此深，不复计身己有。
他认定嘉靖年间的废弛，隆庆年间的混乱，一切的症结是纪纲不振。所他入手的方略便是整饬纪纲。明代掌握政权者的武器是京察，京察的权在手，便澄清吏治，整肃官常。就在隆庆六年七月间，居正奏请举行京察，五品的由吏部、察院同考察，四品的责令陈。京察终了，十六日神宗诏戒谕群臣，是居正的手笔：
朕幼冲，获嗣丕基，夙夜兢兢，若临渊谷，所赖文武群臣，同毕力，弼予寡昧，共的升平。乃近岁，士习浇漓，官方刓缺，钻窥隙窦，巧躐取媒，鼓煽朋俦，公肆挤排术，诋老廉退无，谓谗佞便捷有才。爱恶横生，恩仇错，遂使朝廷威福柄，徒人臣酬报资，四维几至不振，九德何由咸。朕初承统，深烛弊源，亟芟除，廓清氛浊，但念临御兹始，解泽方覃，铦锄或及芝兰，密网恐惊乎鸾凤，是其太甚，薄示戒惩，余皆曲赐矜原，与更始。《书》不云乎？“无偏无党，王荡荡，无党无偏，王平平。”朕方嘉与臣民，归皇极路，尔诸臣亦宜痛湔宿垢，共襄王。今，其尚精白乃，恪恭乃职，毋怀罔，毋持禄养，毋依阿淟涊随，毋噂沓翕訾乱政。任辅弼者协恭衷，毋昵比朋，塞公正路。典铨衡者虚鉴物，毋任情恶，邪枉门。有官守者，或内或外，各宜分猷念济艰难。有言责者，公是公非，各宜奋谠直资听纳。臣崇养德望，有正色立朝风；臣砥砺廉隅，有退食公节。庶几朝清政肃，泰康，臻师师济济休，归荡荡平平域；尔等亦皆垂功名竹帛，绵禄荫子孙，顾不欤？若或沉溺故常，坚守旧辙，朝廷必背，法纪必干，则我祖宗宪典甚严，朕不敢赦。百尔有位，宜悉朕怀，钦哉故谕！
在举行察典的中，居正“言干政”的人，确实了几，他己说“芝兰路，不不锄”。但是在执行的候，居正有相的分寸，所在慰留张佳胤的书中，引韩愈“蔡人即吾人”一句；《与南台长书》 又言：“或曰，‘某新郑 党，不宜留。’或曰：‘某新郑所进，不宜。’纷纷藉藉，日引月长，甚无谓！”他在，曾己的主张杨博说；又李渐庵说：
生一世才，足一世，顾铨衡者，每杂意，持偏见，遂致品流混杂，措置违宜，乃委咎云“乏才”，误矣！仆浅薄，虽不足与知人，一念国公，实无所。故，谆谆此意告铨曹，无问是谁亲故乡党，无计从所眚，但办国、有礼君者，即举录。三驱显比，悬一镜虚照，故一群才，咸有帝臣愿。今部署已定，仍综核名实，一一吹。恐人乐混同，必有刻核者。非是无考绩亮工。
居正进人才，求“办国，有礼君者”，是的国，但是何尝不是的士夫。但是从那一群不办、履进履退、坐食养望的人，便是刚很刻核。直万历四年，居正已经国五年，众不体谅，居正曾说：
仆一念国，士夫，省肫诚专一，其处，或有不合流俗者，吾国、士夫耳。仆尝有言：“使吾刽子手，吾亦不离法场证菩提。”又一偈云：“高冈虎方怒，深林蟒正嗅，世无迷路客，终是不伤人。”丈深佛者，岂不知此机乎？
尽管隆庆六年的士夫不体谅，万历四年的士夫不体谅，甚至永远不体谅，但是居正抱定决，国担负一重的责任。他的待人是“旁求贤哲，共熙帝载” ，他的称是“别无他长，但耐烦耳” 。忍耐，忍耐！是他从徐阶那的秘密：徐阶忍耐着应付貌合神离的同僚，居正忍耐着应付千头万绪的政局。七月间举行京察，仁圣皇太、慈圣皇太尊号。九月葬穆宗，居正又赶峪岭，“周视山川形势” 。烦真是烦极了，居正忍耐着。
居正准备实行政，一般臣期待他实行政。他读圣贤书，希望居正做孔子、孟子，他行王政。他记建文帝在位的候，烽火已经照遍南、北二京，皇帝方孝孺一群人讨论周礼应门、皋门的制度：固那一次是失败了，但是现在是太平代，什不再试一？居正的行又使他失望了，他甚至公说：
“我张公在朝，行帝王。现在他的议论，不是富国强兵，仅仅，真真使人失望。”
居正听了，是一笑：“是太客气了，我怎使国富兵强呢？”
万历七年，在方面，有了一些握，居正才昌言：
孔子论政，口便说“足食”“足兵”。舜令十二牧曰：“食哉维。”周公立政：“其克诘尔戎兵！”何尝不国富且强哉？世术不明，高谈无实，剽窃仁义，谓“王”，才涉富强，便云“霸术”。不知王霸辨，义理间，在不在迹，奚必仁义王，富强霸？仆秉政，除密勿敷陈，培养冲德外，其播命令者，实不外此二。今已七八年矣，闾愁叹声，尚犹未息，仓卒意外变，尚或难支，焉在其富且强哉！
居正国的认识，是富国强兵，但是一群人行王政，谈尧舜，谈周孔。居正便提尧、舜、周、孔的议论他辩难。他有谈宋朝周、程、张、朱的主张，居正便不客气认“皆宋奸臣卖国余习，老儒臭腐余谈”。但是居正是政治，他有公喊，是说：“是太客气了，我怎使国富兵强呢？”
实，居正是感觉很的困难。难在哪？难在嘉靖、隆庆，积弱势已。世宗代的萎靡不振，不管了；穆宗代，又因内阁中的斗争，几名臣的力量，浪费在正负相消的局面中。居正说：
势最患，则未骤反。治势，变乱难；乱势，变治难。
国势强则动罔不吉，国势弱则动罔不害。譬人元气充实，年力少壮，间有疾病，旋治旋愈，汤剂针砭，咸收功：元气衰弱，年力衰惫，一有病患，补东则耗西，实则虚，虽有扁卢，无奈何！
幸亏隆庆末年的积弱，有不救药的境界，是一关键，居正决不放。他正豫备实现己的主张：“是君子国，务强其根本，振其纪纲，厚集拊循，勿使有衅，有不虞，乘其微细，急扑灭，虽厚费不惜，勿使滋蔓，蔓难图矣。”
富国强兵，其实是一件：富国是中间的程，强兵是终极的目标；有良的经济基础，才谈国防建设。居正国初，在军方面，广东广西的僮人，福建的人民，不断义，情势固相严重，但是些无关国防。重点在北边，是鞑靼的防御。隆庆五年，俺答封贡的情已经确定了，接，吉、切尽台吉一群西部首领的贡市又告功。北边是安静了，但是居正始终认是停战，不是平。他永远主张“外示羁縻，内修战守”。他认鞑靼的方略，是“犬摇尾乞怜，固投骨，其狂噬，则杖加焉” 。杖始终握在手。他的计划，是足食足兵。他王崇古说：
生五材，民并，谁兵？孔子称必不已。今，非有甚不已，乃不务强兵务兵，则唐季世是矣。足食乃足兵本，足食，则舍屯莫路焉。诚使边政，万亩皆兴，三不害，但令野无旷土，毋与民争利，则远方失业人，皆襁负至，战，人守，不求兵兵足矣。此言似迂，在往诚不暇，今则其矣，故愿公留意焉。
是隆庆五年的。居正北边的国防，永远有松手。但是他一般人谈守边设险的计划，总不放。隆庆初年，有人提议沿边树，居正就说：“树设险，固是守边务，但议者所言，决无效。”不，但是尽管了年的树，一株有长。居正有切实说：“岂有不从实干有济者哉！”
是隆庆五年的话。就在一年，居正说：
岁拟遣臣阅视，行赏罚。
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