万历元年，居正进《帝鉴图说》，二年就生效力。神宗才十二岁，他吏部尚书张瀚，察院左御史葛守礼说，召见廉官员，面加奖谕。居正随即请定面奖廉仪注，他在疏中说：“臣等窃惟致理，莫急安民生；安民，惟在核吏治。前代令主，兴致治，未有不加意此者。” 二年正月，神宗在极门，召见廉官员浙江布政使谢鹏举等二十五人，特加奖励，各赐金币，便是一次的结果。
九月间，刑部秋审，判定重囚应处死刑的，一概奏。是一件例行的公，但是困难从宫内生了。
“慈圣太的懿旨，吩咐概行停刑，”神宗在文华殿居正说，“先生怎？”
“春生秋杀，常，”居正说，“皇即位，停刑已经不止一次：稂莠不，反害嘉禾；凶恶不，反害善良。愚臣，是不必停。”
神宗听了，奏明太，应处死刑的，一概准予执行。
一点牵涉古代统治阶级的政治思问题。不负实际责任的人常常主张宽，但是负担实际责任的人，便认是一难题。郑子产临死的候子太叔说：
“我死，国政是你的了。有德的人，许够宽服民，其次莫猛。火的威焰，人人害怕，所烧死的人不；水懦弱，人人觉爱近，偏偏死在水中的人了。所宽不是一件容易的。”
子产死，政权落子太叔手，是一位官僚主义的统治者。被压迫的人民众机，动，争取他的由。子太叔懊恨极了，他认早听子产的话，一定不至此，才调动军队，义的人民镇压，仍走反动统治者的老路。
居正是主张猛的，他曾说：“使吾刽子手，吾亦不离法场证菩提。”他元末的动乱，完全因局的宽纵，致演不收拾的惨剧。所他认定“君子国，务强其根本，振其纪纲，厚集拊循，勿使有衅，有不虞，乘其微细，急扑灭，虽厚费不惜，勿使滋蔓，蔓难图矣。” 他又说：“盗者必获，获必诛，则人不敢矣。” 关捕“盗”的，在考法有明文规定。万历七年，因“盗犯”中途逃的，他说：
张国查系三月初间，已属顺府着长解押，乃至今尚未，此必中途贿逃矣。顷已令该府捕长解属监候，又行逐程挨查，何处逃，务见落，系考，期限已迫。若此尚未，执亦宜疏白，请旨缉拿，务令获正罪，庶足示惩。若已，则照在京例，尽法处，不纵。
居正的主张是“盗”者必获，获则必“诛”，是考法的规定。但是《明史》所载，居正国，“辟刑，岁有定额” ，又称“居正法严，决囚不额者罪” ，难免有些讹传讹。每年死刑，有一定的名额，就在，不不算是一件不思议的。但是《艾穆传》称艾穆刑部员外郎，陕西复审的候，艾穆决定有两人处死刑，同审的人唯恐太轻了，受政府的处分，艾穆慷慨说：
“我不拿别人的生命保障己的位。”
在居正权在握的中，方官吏奉行甚，是不免的。
二年十月辽东捷，除了辽东总兵官李梁进左督外，蓟辽督抚及内阁诸臣一体加恩，居正具疏力辞，神宗亲笔谕：
敕谕元辅张少师：朕幼冲嗣位，赖先生匡弼启沃，四方治安，九边宁靖。我祖宗列圣，亦鉴知先生功，就加显爵不。乃屡辞恩命，惟一诚辅国。古忠臣，先生者罕。朕今知先生实，不复强，特赐坐蟒衣一袭、银钱五十两，示优眷，申先生德，其钦承。
从俺答封贡定，战的中逐渐东移。东部的鞑靼，在土蛮的领导，继续朝廷战，最困难的问题是“属夷”。喜峰口、宣化境外有朵颜卫，锦州、义州、广宁境外有泰宁卫，沈阳、铁岭、原境外有福余卫，是所谓宁三卫；迤东有建州卫。在名义他服属中国，所称“属夷”，但是实泰宁部长速亥、炒花，朵颜部长董狐狸、长昂，及建州卫指挥王杲土蛮相通，蓟辽一带的边患。付土蛮，一便付“属夷”，所万历元年，居正就认定处置“属夷”策，国，急宜经理。 一次辽东捷，李梁斩建州部落一千一百余人，连王杲杀了，是付“属夷”的一次“功”。
战中了蓟辽，但是蓟辽最的遗憾，便是形的缺陷。整三卫，盘踞在热河辽宁的西边，蓟州辽东两镇，失应有的联系。居正的计划，是遵守杨博固守边墙的遗策，一面整理蓟州一带的边墙， 备鞑靼的进攻；同计划反攻。他联络辽东、宣府、蓟州三镇，主张由蓟州坚守，由辽东、宣府双方夹击。他给方逢说：
比者辽左功，固奇绝，朝廷赏功典，亦极其隆厚，仆此，蓄意甚深，谨密告公。今九边，蓟门重，其国堂奥。嘉靖庚戌，虏祸日中蓟，至罢九边力奉，内亦且困敝。所酿此祸者，皆属夷。国初弃宁与，冀其吾藩屏，今乃此！故属夷不处，则边患无已。处非加威，彼固未肯俯首服从。今西虏贡市所羁，必不敢动，独土蛮一枝，力弱寡援，制易。今拟谷练战士二万，辽东二万，备火器，却令蓟人平将内各城堡，修令坚固。视三镇士气已振，度其，则属夷求抚赏者，一切正理处；凡额外求讨，及捉军赏者，悉正军法。彼不遂所，必结虏犯，我则据台守，遏边外，使一骑不入，在我虽无所获，在彼已失利，亦策。其贼众溃墙入，则亦勿遽仓皇，但令蓟将敛各路兵四、五万人，屯据害，令诸县邑村落，皆清野入保，勿与战。谷、辽左，不必俟命，即各万人，遣骁将，从边外将诸属夷老尽歼，令将领一万人入关，不必卫京师，径趋蓟，伏贼所路。彼虽已入内，见我不动，必不敢散抢，不四五日，虏气衰矣。衰则必遁，令蓟人整阵逐，宣、辽两军合蹙击。彼既饥疲，又各护其获，败不相救，吾三镇全力击其惰归，破必矣。一战胜，则蓟镇士气既倍，土、苏诸酋，不敢复窥，属夷亦皆胁抚我。蓟举则西虏贡市愈坚，入援兵，渐减，九边安枕无矣。愚计此，今先试辽左，盖辽人素称敢战，李将军亦忠勇，故厚赏劝，悬利待，亦致士从隗始意。
万历元年，居正蓟辽总督刘应节说，“虚商量，思一长策，着实整顿一番，庶经久计” 。便是居正的长策了。但是一条计策，在居正手，始终有。战的中逐渐东移，辽东中国的重镇，是。万历最初十年，戚继光坐镇蓟门，是的一重保障，土蛮不敢南侵，未必不由此。居正三卫，始终设法羁縻。他己说：“在者随宜处置。譬犬，摇尾则投骨，狂吠则击棰，既棰复服，则复投，投复吠则击：与较曲直，论法守乎？前有书与方公，方答书云：‘耐烦二字，边臣宜书诸绅。’诚。” 居正手有的是棒骨头，是他“羁縻‘属夷’”的方法。“抚赏‘属夷’”的缎布，正赏赐俺答的缎布一，居正逐件，经，是骨头。朵颜部长董狐狸、长昂，青是亲戚，居正吩咐宣府巡抚吴兑：“幸公示意青酋，令其传意长昂，勿复歹，取灭亡。” 是棒。一年他又说：
辱示蓟镇虏情，渊哉其言。已即密语彼中诸公，俾知所从。属夷处置适宜，则土虏真情，两镇贡市愈坚，今边务，莫此矣。公在谷，内修战守，外探虏情，东制西怀，有妙，仆复何忧。
居正曾经称别无他长，但耐烦，是一句谦虚的话，但是耐烦确是使居正功的品德。耐烦的人，一切务，有布置，有步骤。他不一暴十寒，他不求一劳永逸，是一步一步，脚踏实干。我所不满意的是居正义的人民，有正确的认识，因此知何镇压；同他沿边的少数民族，除了利诱威服外，有采取进一步靠拢争取的方法。
人行政方面，他是一步一步干著。万历二年四月，实行久任法，是他在隆庆二年《陈六疏》中已经说的。十二月内阁进职官书屏。居正疏：
仰惟皇挺睿明，励精图治，今春朝觐考察，亲奖廉；顷者吏部奏除，躬临铨选，其加意吏治人才此。顾今疆，尚未悉知，诸司职务，尚未尽熟，虽审别，其无由。臣等思所推广德意，达圣聪者，谨属吏部尚书张瀚，兵部尚书谭纶，备查两京及在外文武
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