万历三年辽东捷，辽东巡抚张颜有奏报的候，巡按御史刘台的捷奏先北京。从程序说，是一手续的错误。不仅是错误，是越权。巡按既越权，巡抚便卸责，封疆，生不良的影响。从“综核名实”的立场，是一不容许的错误。因此居正拟旨严加申斥。居正记就在一年，三边总督石茂华，曾因御史督战太急，鲁莽进兵，致受不的挫败。己曾信诰诫：“今政，与先年异。公受分陕寄，凡守便宜，谋定，亦不必汲汲求解群议。” 居正认定边疆督、抚，不应受御史的牵掣。
刘台有刘台的法。辽东巡按御史固是御史，但是张颜是右副御史、巡抚辽东方，是御史。明代官制的演变，形监察权高一切的状态。方长官文的有布政使司左布政，右布政；武的有指挥使司指挥使，及镇守冲的总兵官：是最初的官制。但是添了巡按及巡抚总督。巡按、督、抚虽各有疆域，但是他是察院的官，不是方官。他的官阶不一定高，但是方官不不受他的节制，是监察的权威。刘台同是代表监察权的中央官，什一调度军队，一连报捷不呢？所他的捷奏是。
但是在法制，巡按巡抚究竟不同。英宗正统四年巡按御史巡宜有的规定：“总兵、镇守官受朝廷委任防奸御侮，凡调度军马，区划边务，风宪官皆无干预。”所巡按不问军，曾有明文的规定。辽东巡抚的全衔是“巡抚辽东方，赞理军务”，因此调度军队，正是巡抚的职权。一切有法制的依据。明代巡抚巡按的职权最容易混淆，居正一点，感觉有纠正的必。万历九年他说：
窃谓抚、按职掌不同，政体亦异。振举纲维，察举奸弊，摘幽隐，绳纠贪残，疾风迅雷，一不留者，巡按职。措处钱粮，调停赋役，整饬武备，抚安军民，高山河，奠润一方无壅者，巡抚职。近抚、按诸君，不思各举其职，每致混杂，司观望，不知所守，故实惠不流。至直指使者，往往舍其本职，侵越巡抚，违干誉，徇情养，此谬。
居正认封疆吏，不应受牵掣，在法制有规，在理有根据，不不认正确。假我万历四十七年，杨镐经略辽东，因受兵科给中赵兴邦红旗督战的迫蹙，致仓皇进兵，造辽东空前败的实，我更不不承认居正的主张。
刘台经一次严旨申斥，充满怨愤，就在万历四年正月疏弹劾居正。是居正国所受的一次打击，是他平生所受的最的打击。原疏次：
臣闻进言者皆望陛尧、舜，不闻责辅臣皋、夔。何者？陛有纳谏明，辅臣无容言量。高皇帝鉴前代失，不设丞相，归部、院，势不相摄职易称。文皇帝始置内阁，参预机务，其官阶未峻，无专肆萌。二百年，即有擅威福者，尚惴惴避宰相名不敢居，祖宗法在。乃士张居正偃相处，高拱被逐，擅威福者三四年矣。谏官因论及，必曰：“吾守祖宗法！”臣请即祖宗法正。
祖宗朝，非国元勋，生不公，死不王。国公朱希忠，生非有奇功，居正违祖训，赠王爵。给中陈吾德一言外迁，郎中陈有年一争斥。臣恐公侯，布惠厚施，缘例陈乞，将无的极。祖宗法若是乎？
祖宗朝，内阁、冢宰，必由廷推。今居正荐张四维、张瀚。四维在翰林，被论者数矣，其始，不任教习庶吉士。四维人，居正知熟矣，知顾，夫亦四维善机权，凭借，念亲老，旦暮不测，二、三年间谋复，任四维其身托乎！瀚生平无善状，巡抚陕西，赃贿狼藉，及骤列铨衡，惟诺若簿吏，官缺必请命。所援引者非楚人亲戚知识，则亲戚所援引，非宦楚受恩，则恩故党助。瀚惟日取四方吏，权其贿赂，其他则徒拥虚名。闻居正贻南京御史赵锦书，“台谏无议及冢宰”：则居正胁制在朝言官，又知矣。祖宗法是乎？
祖宗朝，诏令不便，部臣犹訾阁拟不审。今一严旨，居正辄曰：“我力调剂，故止是。”一温旨，居正又曰：“我力请。”由是畏居正者甚畏陛，感居正者甚感陛。威福己，目无朝廷，祖宗法若是乎？
祖宗朝，一切政，台、省奏陈，部、院题复，抚、按奉行，未闻阁臣有举劾。居正令抚、按考章奏，每具二册，一送内阁，一送六科：抚按延迟则部臣纠，六部隐蔽则科臣纠，六科隐蔽则内阁纠。夫部院分理国，科臣封驳奏章，举劾其职。阁臣衔列翰林，止备顾问，从容论思已。居臣创是说，胁制科臣，拱手听令。祖宗法若是乎？
至按臣回考察，苟非有败类者，常不举行，盖不重挫抑。近日御史俞一贯不听指授，调南京，由是巡方短气，莫敢展布。所惮独科臣耳，居正科臣，既啖迁转速，又恐考迟，谁肯舍其便利，甘彼齮龁，尽死言哉？往年赵参鲁谏迁，犹曰外任；余懋谏罢，犹曰禁锢；今傅应祯则谪戍矣，又应祯故，及徐贞明、乔岩、李祯矣。摧折言官，仇视正士，祖宗法是乎？
至若固宠计，则献白莲、白燕，致诏旨责让，传笑四方矣；规利田宅，则诬辽王重罪夺其府，今武冈王又罪矣；子弟谋举乡试，则许御史舒鳌京堂，布政施尧臣巡抚矣，江陵，费至十万，制拟官禁，遣锦衣官校监治，乡郡脂膏尽矣；恶黄州生儒议其子弟幸售，则假县令他，穷治无遗矣；编修李维桢偶谈及其豪富，不旋踵即外斥矣。盖居正贪，不在文吏在武臣，不在内在边鄙。不，辅政末几，即富甲全楚，何由致？宫室、舆马、姬妾、奉御，同王者，又何由致？在朝臣工，莫不愤叹，无敢陛明言者，积威劫。
臣举进士，居正总裁；臣任部曹，居正荐改御史：臣受居正恩亦厚矣，今敢讼言攻者，君臣谊重，则恩有不顾。愿陛察臣愚悃，抑损相权，毋俾偾误国，臣死且不朽。
刘台的奏疏了，居正明朝国二百余年，从有门生弹劾座主的故，偏偏己在隆庆五年所取的进士，竟己提弹劾，是一异常的刺激。三、四年，国的苦辛，刘台不一定明白，但是刘台既请皇抑损相权，己怎办？最使居正痛的，是刘台所提的几点，不一定是的，不一定全无根据。是刘台的诬蔑呢，是他的不体谅？己的门生，一手提拔的人，不体谅，又怎办？己是臣，谈不刘台辩驳，他神宗说：
“依法，巡按御史不报军功；年辽东捷，刘台违制妄奏，法应降谪，彼臣仅请旨戒饬，刘台已经愤愤不已。御史傅应祯妄言狱，请旨穷诘党与，并不知刘台傅应祯同乡亲近，从中主持，因此刘台妄惊疑，全不顾忌，臣泄恨。二百年，有门生弹劾座主的故，今臣唯有一谢刘台。”
神宗居正跪在御座前面，眼泪簌簌直，有己扶他，他说：
“先生，朕责台谢先生。”
居正仍是具奏请求致仕，神宗旨慰留：
“卿赤忠国，不独简在朕，实祖宗所共降监，彼谗邪人，已有旨重处，卿宜朕念，速辅理，勿介浮言。”
皇的恩意很显了，但是居正是感觉办的困难，他再疏乞休：
臣捧读恩纶，涕泗集，念臣受先帝重托，既矢死报矣。今皇圣，尚未；诸凡嘉礼，尚未克举；朝廷庶，尚未尽康；海内黎元，尚未咸若；是臣所图报先帝者，未尽其万一，臣岂敢？古圣贤豪杰，负才德不遇者矣，今幸遇神圣纵不世主，所谓千载一，臣又岂言？皇宠臣宾师不名礼，待臣手足腹托，相亲相倚，依蔼，无论分义尽，即其恩款深洽，亦有不解其者，臣又何忍言？臣必请者，非已！盖臣所处者危，所理者皇，所代者皇言。今言者方臣擅威福，臣所代王行政者，非威则福。今往，将使臣易其涂辙，勉巽顺悦耶，则无逭负国罪；将使臣守其故辙，益竭公忠耶，则无逃专擅讥。况今谗邪党，实繁有徒，背公行，习弊已久，臣一日不，则此辈一日不便，一年不，则此辈一年不便。若使臣所行者，即其近似议，则皆威，皆福，睊睊谗日哗耳，虽皇圣明，万万不投杼，使臣常负疑谤其身，亦岂臣节所宜有乎？此臣所辗转反侧，不不惕衷
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