万历六年六月居正回京，是功告的期了。内阁方面，七月吕调阳致仕，十月马强病卒，剩居正张四维、申行三人；四维、行一切唯唯听命，权在居正手中。六部方面，五年十月吏部尚书张瀚免职，王国光继任，六年六月户部尚书殷正茂致仕，张颜继任；六年六月礼部尚书马强入阁，潘晟继任；五年十月兵部尚书王崇古致仕，方逢继任；五年八月刑部尚书刘应节致仕，吴百朋继任；六年五月百朋病卒，严清继任；五年十一月工部尚书郭朝宾致仕，李幼孜继任。察院方面，五年十月左御史陈瓒病免，陈炌继任。六部察院的首长，除了严清外，居正有人关系，在局面，政治方面的展，不有任何的障碍。
一件实行的，是清丈的，是一件有关国计民生的，从五年提议，六年才实行，又因原案有限三载竣的规定，清丈的，在不慌不忙的状态中继续前进；实行始的间，反有些茫昧了。居正死，敬修《文忠公行实》说在劳堪福建巡抚实行度田，居正才张四维、申行、张颜等疏提议清丈。其实是错的。清丈固从福建始，但是在耿定向的期，不在劳堪的期。六年定向福建巡抚，八年始，劳堪继任，中间便差了两年。居正曾定向说：
丈田一，按人情，必云不便，但此中未闻有阻议者，或有，亦不敢闻仆耳。“苟利社稷，死生”，仆比唯守此二言，虽此蒙垢致怨，国实少裨，愿公信，无畏浮言。
同卷又与定向言及“丈亩，清浮粮，闽人立经久计，须详细精核，不宜草草”。 是万历七年。
万历九年，限期将满，照例给中按限彻查，指名提劾；但是居正是吩咐各省慎重将，一面叮嘱科臣从缓提劾。他屡次说：
清丈议，在民实被其惠，官豪，殊未便。况齐俗最称顽梗，今仗公威重，业已就绪，但恐代者，或意见不同，摇众论，则良法终不行，有初鲜终，殊惜。今虽借重冬曹，愿公少需，毕此举，慰主子惠元元。
清丈，实百年旷举，宜及仆在位，务一了百，若但草草了，惜此徒虚文耳。已属该部、科有违限者，俱不查参，使诸公便宜从。昨杨二山公书，谓此宜论否，不必论迟速，诚格言。
临川丈田，偶有闻，即告，今已竣，法无阻滞，则其人亦不必深究矣。此举实均政，积弊丛蠹余，非精核详审，未妥。诸公宜及仆在位，做一了百，不宜草草速完。前已属该科老查参，将此件不必入参，正其从容求精耳。江右已就理，独五县未完，谅数月内，即了结，俟通完，具奏未晚。人旋，贱恙尚未全愈，力此草草，统惟鉴存。
万历九年九月，居正抱病，答王宗载 书，致在九月，江西全省清丈通完具奏，致已在十年初，不及半年，居正即逝世了。居正清丈，屡称宜及己在位，做一了百，流露他此的热，同流露内阁其他诸人此的缺乏认识。他考法搁置，吩咐科臣不必提参的候，我很他此寄与最的期望。
孟子说，“夫仁政必经界始”，在田亩有清丈前，人民的负担不公允，便是最的不平。居正认“民实被其惠”，认“慰主子惠元元”，确是不错，但是一次的清丈，弘治十五年的清丈一，是一次失败。
居正清丈，曾经动政治力量，但是结果有功，最的原因，是的官吏，政治的认识不够。有的主张旧额一，无须报；有的清丈条例田，有分列、中、三等的规定，索一例填报田，认清丈是一爱民的政策，不填报田，致加重民众的负担。 些官吏在认是爱民的官，居正所的声名是“掊克”，是“溢额功”，再加嘉靖间计算数字的错误，是误认弘治十五年清丈有四百余万顷，万历六年清丈，七百零一万三千九百七十六顷，三百万顷的增加，证实居正的掊克。数字的错误，更增加他的罪状。
其实一年比弘治十五年的数字，增加八十一万顷，比洪武二十六年清丈的数字，即连的云南、贵州在内，尚差一百四十九万顷，又算什“掊克”呢？民间的田，逐年集中勋爵、官吏主的手，主又倚仗他的社位，国逃避赋税的负担，致造国穷民困的现象。居正原有的计划，是主同尽国民的义务，他认“官豪，殊未便，”其故在此。
假我万历六年清丈的绩，加分析，我更有什“掊克”的气息。万历六年的数字，比弘治十五年的数字，在总数，固增加了，但是十三省中，增加的有七省，减少的有六省；南、北两京直隶二十八府、州中，增加的有十六府、州，故的两州，减少的有十府、州：见居正有“溢额功”的见，否则在他权在握的候，决有许敢居正抵抗的方长官。其次福建巡抚耿定向、劳堪，江西巡抚王宗载，算是居正接近的了，居正福建、江西两省的清丈，显见特别关，但是一次清丈的结果，福建从十三万五千余顷，减十三万四千余顷，江西从四十万二千余顷，减至四十万一千余顷，差额固是很，但是差额究竟是差额，证实居正有“掊克”的存。至苏州田土从一十五万五千余顷，减至九万二千余顷；更是很的差额。
次清丈，田额增加最的是北京府、州，河南山东三处；全国增加八十一万顷，单三处，便增加五十一万余顷。弘治十五年，清丈北京十府、州，共计田土二十六万九千余顷，现在是四十九万三千余顷；河南旧系四十一万六千余顷，现在是七十四万一千余顷；山东旧系五十四万二千余顷，现在是六十一万七千余顷。除三处外，广东旧系七万二千余顷，现在增至二十五万六千余顷，是一很的数字，在百分比更加显著。
广东方面，主的是“治安”问题。中央力量加强，方秩序良，担负赋税的民众田土，逐渐增加，情本简单。北京、山东、河南，是畿辅，除建文年间，曾经生一度的内战，及长城一带，偶遭受敌人的破坏外，从国，始终保持良的秩序，现在的增加，与“治安”无关。那是怎的呢？
北京、山东、河南是畿辅，三处的田土，不断被勋戚、权贵吸收了，一经集中，他提许似是非的理由，躲避纳税的义务。居正的政策，是打击他的特权，使他国，有同的负担。阳武侯便是一例。祖代，薛禄从征有功封侯，传万历年间，已是七代了，除了公田外，有置田土，是否应纳税，是一问题。居正决说：
承询阳武优免，查律、功臣除拨赐公田外。但有田土，尽数报官，纳粮差。是功臣田土，系钦赐者，粮且不纳，况差？锡土田，恩数已渥，岂文武官论品优免者比？若置田土，与齐民一体办纳粮差，不在优免数。近据南直隶册诸勋臣土，除赐田外，其余尽数查，不准优免，似与律意相合。幸惟尊裁。
万历六年清丈，除云南、贵州因系新辟方本应增加，及陕西、四川南京所属八府、州所加无，不待研讨外，其余河南、山东、广东三省，北京所属八府，共增七十万顷，占增加额的百分八十九。居正从政令不易贯彻的广东，夺获担负国税的田土，一点许人了解；但是他从勋贵盘踞的畿辅，夺回担负国税的田土，便引莫的物议。他不说他罪勋贵，说他掊克民；正他在沙汰生员的候，一般人不说他整顿政，怀疑他罪圣贤一。孟子说：“政不难，不罪巨室：巨室所慕，一国慕；一国所慕，慕。”在一般人民觉悟有提高的候，他主阶级的危害，认识不够，甚至受主阶级的利。张居正主张清丈，主阶级的利益，直接生冲突，他在身，招致不少的诋毁，许是一原因。但是居正说，“失毁誉关头若打不破，无一者。” 居正一般的毁誉，根本不曾放在。
居正抱定“苟利社稷，死生”；一次的清丈，无意中代表一政治的基本求，——全国人民，国的义务，求公允的负担。但是实的绩是很，畿辅的田土，比弘治十五年，固增加不少，但是比洪武二十六年的清丈，北平五十八万二千余顷，山东七十二万四千余顷，河南一百四十四万九千余顷，其实剩百分六十七。其余的百分三十三，依在勋戚权贵手，居正无何。
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