万历九年，居正五十七岁。酷热的气，将近六十的年龄，重的责任，在一年夏居正病倒了。居正有退休，但是环境不容许，他拖着沉重的步伐，向前面挣扎。九年夏间，他有信给王诰说：
贱日猥辱垂念，贶厚仪，不敢例辞，辄登领，谢谢。年贱体，日就衰惫，望六龄，理固宜尔。兼力微任重，譬马力已竭，强策鞭修途，诚不知其所终矣。缅怀高蹈逸踪，岂胜叹羡。老母仗庇粗安，虽有疾，疗摄旋愈，但日夜念归，每谈及太老夫人，福履遐龄，庭闱乐聚，啧啧欣慕，恨仆不公孝养深笃。贱眷儿，四月抵，孙重润，近觉稍壮，但力弱，尚未行立耳。远辱垂念，深荷雅情，使旋，附谢。
重润是居正四子简修子，王诰的外孙，所居正特别提。
居正记初的政方针吧！他昌言不讳承认他的目标是富国强兵。什富国？富国就是在历史条件给强兵建立一良的经济基础。什强兵？强兵才抵抗外侮。居正长在嘉靖年间，他亲眼见北京几度戒严，四围的鞑靼武士，汹涌的怒涛一，正在并力吞噬一座孤岛。居正掌握政权，他期望国解除威胁，是居正一生的因缘。经十年的努力，整的局势转变了。领导鞑靼向北边进攻的俺答，现在领导他向朝廷投诚。青台吉的弟弟满五向北边进犯，青台吉认处罚，但是居正利俺答的领导位，他商量，是九年半年的。居正屡次在信中说：
辱示夷情，具悉。青酋既认罚处，因收，甚善。但顺义亦宜与议，盖彼诸部长，虽老，众归。若彼我外，从阳其间，或至差池。但密许青酋收其，仍令归结，则两矣。
马王二酋横索， 前偶有闻，即奉询，兹承示，始知其详。中言甘处罚云云，此不服顺义、青酋钤束。青酋乃一枝长，顺义又诸部长；青酋则兄弟，顺义亲则叔，尊则王，不受命乎？朝廷驭，制，尊临卑，若与其卑者关行，则尊者无权，不领众，日益，朝廷体统，亦甚亵矣。华、夷一体，宁乱乎？愿公熟计。
承询各酋贡马，既陆续俱至，即宜照节年例进贡。□□（原文此处方框） 一枝，须候顺义罚处明白，请旨赦宥，许其补贡，庶不失中国体。番僧原无贡马例，贡市既完，量行赏赉，示羁縻，特恩，未遂年例。摆酋另敕，理亦从者。谷夷情，与云中稍异。盖虏款初，西部求贡甚恳，惟老持两端，其妻哈屯主，其子青长，者不免委曲迁就，贡，偏手说，信有。□（原文此处方框）酋 尚幼，不与其，今见其兄独专厚利，故比例横索耳。今昔异，我所应，亦随机观变。昔贡市未定，虏情叵测，间投饵，有不不者。今势已定，又谨守韬钤，长久计，不宜苟幸目前已。承示谓训练镇兵，振扬声势，最治长策。昔环洲 在镇，仆即此告，不意至今尚未军。愿公乘暇留神，疆场幸甚。
居正俺答，是一味羁縻，但是决不曲从。万历九年，俺答筑城，请求朝廷给与人夫、车辆、物料。本鞑靼的威力，全在迁徙无常，追踪不易，所随采取攻势，有被围的，因此常处有利的局势。现在俺答筑城，便是一失着。居正说：“在称虏难制者，其迁徙鸟举，居处饮食，不与人同。今乃服吾服，食吾食，城郭居，是敝。” 透露居正的高兴；俺答的请求，他断说：“夫、车决不从，或量助物料，稍慰其意。”实他俺答，有不免有些幸灾乐祸的意境。在居正的眼光，俺答是他付鞑靼的一项工具。
居正辽东，是不断筹划边防。九年三月，辽阳副总兵曹簠在长安堡打了一败仗，部死亡三百十七人。败报奏闻，曹簠狱。四月吴兑由兵部左侍郎改蓟辽总督，居正他说：
辱示虏情，一一领悉。辽左黠夷横索，法不纵，须熟计审图。昔年王杲，动万全，故至今虏众帖服。昨周巡抚 书，其言迂缓无，幸密投李帅计处。前辽阳，损吾士马甚众，今亟宜措画备秋防，若曹簠轻躁寡谋，免死幸，亦宜重惩，勿姑息。
王杲被杀是万历二年的。万历元年建州指挥王杲寇边，一鞑靼的羁縻官，反复无常，本不是意外。辽东总兵李梁随即兵讨伐，经一年有余的战争，王杲失败，逃匿阿哈纳寨，恰巧曹簠参将，勒兵追击，最王杲被执斩首。居正提件，触动了吴兑的。他正在布置局面相同的一幕。
中枢方面，万历八年，有什更动。内阁除了居正外，是张四维、申行。六部一概照旧，有礼部尚书潘晟在八年十二月致仕，由刑部侍郎徐谟继任，礼部尚书久已翰林官进身阶，谟偏偏不是翰林，不免引一些惊讶，不久平息。九年四月兵部尚书方逢致仕，由蓟辽总督梁梦龙继任，遵守本兵、边镇互调的原则。
不幸在各方协调的中间，居正病了。是万历九年九月的。神宗听，特遣御医诊视。居正疏谢恩，并请给假调理。他说：
臣入夏，因体弱劳，内伤气血，外冒盛暑，致积热伏肠胃，流部热症，又服凉药，反令脾胃受伤，饮食减少，四肢无力，立秋，转更增剧。身重任，一向勉强支持，又恐惊动圣，未敢具奏调理，乃蒙宸衷曲轸，特遣御医诊视，传奉温纶，饮良剂。念臣狗马微躯，不爱慎，贻君父忧，沐此鸿恩，捐糜难报。但臣察病原，似非药饵疗，惟澄息虑，谢静摄，庶或痊，仍乞圣慈垂悯，特赐旬月假限，暂解阁务，俾专意调理。倘获就痊，臣即勉赴供职，不敢久旷，臣不胜感激恳祈至。
神宗疏，一面派文书官太监孙斌，居正宅视疾，并赐鲜猪一口，鲜羊一腔，甜酱瓜、茄、白米二石，酒十瓶：一面又圣旨：“宜慎加调摄，不妨兼理阁务，痊即，副朕眷怀。”所谓“不妨兼理阁务”，指在宅办公言，居正一次病，固是此，病的候，是此。直居正昏沉的中，他始终有放弃政权。
居正病势稍退，皇的手谕了：
谕张少师：朕数日不见先生，闻调理将痊，兹赐银八十两、蟒衣一袭，示眷念，先生其钦承。月初新凉，进阁矣。
居正复疏言：“仰惟光荐被，宸眷郅隆，非臣捐躯陨首，所报答，亦非敝楮殚毫，所宣谢，唯有镂肺腑，传子孙，期世犬马，图效驱驰已。”经几调摄，居正有销假，神宗再派文书官邱视疾，促其进见，又赐银八宝四十两，甜食、干点各一盒。居正续假五六日，又说：“臣养疴旅邸，倏已再旬，虽违远颜，旷离官守，犬马依恋，无无刻，不在皇左右。”
居正神宗，固在奏疏中，充满依恋的感情，但是居正委实愿意退休，五十七岁的人了，体力逐日衰耗，国已经了放手的阶段，什恋位？居正曾论赵广汉、盖宽饶、韩延寿、杨恽一群人的命运：
赵、盖、韩、杨死，史汉宣寡恩，四子实有取祸。盖坤贵顺，文王有庇民德，有君，故曰：“人臣，止敬。”四臣者，论其行，绝异，皆刚傲无礼，气凌，使人主积不堪，杀身祸，实其取。伯鲧才，惟傲狠方命，虽舜至德，亦不容，况汉宣乎？易曰：“坤其顺乎。”承行，毕志竭力，济公，不敢有一毫矜己德，顺。险夷闲剧，惟命，不敢有一毫拣择趋避意，顺。内有转移巧，外无匡救名，顺。怨任己，名归，顺。功盖宇宙，节愈恭，顺。身宠极，执卑牧，顺。是，明主易，中主难；长君易，幼君难。
居正《杂著》隐指的不止一篇，是指的什？是指他己？居正君不是赵、盖、韩、杨的刚狠，但是居正威权震主，不是赵、盖、韩、杨同日语。赵、盖、韩、杨不是态度的不逊，居正便是权势的冲突。坤其顺，居正列举六端，相信己已经做，但是“中主难”，“幼君难”，居正己的困难，又何尝不清楚？从万历八年，他决定致仕，但是的环境，不容致仕。最痛的，是造环境的，是居正己。“人生，固若是芒乎！” 才是人生的悲剧。
在书牍中，居正留几封信，透露他的境：
贱体入夏即病，荏苒数月，殊觉委顿。今虽眠食稍复，病根未除，缘弱质谫才，久负重任，筋力既竭，鞭策不已，遂致颠蹶耳。顷借此乞骸，主
（本章未完）