在1859年至1872年间，《物源》一书总共了六版。此外，在《物源》一书问世百年纪念的1959年，国费城的宾夕法尼亚版社版了由维利亚文研究者派克汉姆先生编纂的《达尔文〈物源〉集注本》（Morse Peckham：The in of Species by Charles Darwin：A Variorum Text）；《集注本》各版本的增删情况进行了逐字逐句的照。在众的英文版本中，一版的重印本最，在20世纪的前八十年间，最常见的却是1872年6版的重印本。
按照达尔文本人的说法，一版是1859年11月24日版，二版是1860年1月7日版；派克汉姆先生查阅了该书版社的版记录，则认一版是1859年11月26日版，二版是1859年12月26日版。就是说，二版与一版相隔有一半月或一整月的间。二版在字体、纸张装订，跟一版不无二致，最重的是有经重新排版（两版的页数相同），故说是二次印刷。但根据派克汉姆先生的研究，达尔文在二版中删除了一版中的9句子，新增了30句子，修改了483句子（标点符号的修改）。但主的是改正了一些印刷、标点符号、拼写、语法、措辞等方面的错误。在其的十二年间的三（1861）、四（1866）、五（1869）及六（1872）版中，尤其是四版始，达尔文了应别人的批评，做了量的修改，至六版的篇幅比一、二两版了三分一。值指的是，从三版始，达尔文增添了《人物源认识进程的简史》；从五版始，他采纳了斯潘塞（Herbert Spencer）的“适者生存”（“the survival of the fittest”）一说；从六版始，他原标题“On the in of species”头的“On”字删除了；并将《人物源认识进程的简史》的题目改《本书一版问世前，人物源认识进程的简史》。
达尔文在三、四、五及六版修订的程中，了回应同代人的批评（尤其是有关球的年龄及缺乏遗传机制等方面的批评），做了连篇累牍的答复，甚至“违”的妥协，至越越偏离其原先的立场（譬越越求助拉马克的“获状的遗传”的观点）。现在，限的认识水平，那些他的批评很是错误的，他的答复往往是错误的。不特此，孰知一，新增的很零乱的线索与内容，完全破坏了他一、二版的构思精巧、立论缜密、申辩有力、行文顺畅、文字凝练。鉴此，今的生物及达尔文研究者，垂青与推重一版；近二十年，西方各版社重新印行的，一版。，牛津版社的“牛津世界经典丛书”（Oxford World''s Classics）的1996版及2008修订版，却采了二版，理由很简单：与一版相比，它纠正了一些明显的错误，但总体基本有什的变动。
译者经一、二版的反复比较，最决定采牛津版社“牛津世界经典丛书”2008修订版的正文译本的蓝本，并在翻译程中，始终参照“牛津世界经典丛书”1996版、哈佛版社1964年《论物源（一版影印本）》及派克汉姆先生编纂的《达尔文〈物源〉集注本》。因，在翻译程中所现的“牛津世界经典丛书”2008修订版中的几处印刷的错误（漏印、误印），均已根据版本的检校，在译文中改正了，并“译注”的形式在译文中做了相应的说明。鉴三版中才始现的《人物源认识进程的简史》，有助读者了解那一进程，故译者将其收入本书中（“企鹅经典丛书”1985年重印本中的该节原文蓝本，并参检了派克汉姆先生编纂的《达尔文〈物源〉集注本》）。
据译者所知，通行的《物源》中译本，均六版的译本，由述的原著一、二两版与六版间在内容的显著差别，故本书其实是一本与其他中译本十分不同的书。
苗德岁