中华民国立，章太炎念及旧情，仍旧称赞刘师培“问渊深，通知今古”，是“国精湛士”，“保持绝”，则须爱惜其人。
刘师培入狱，章太炎顾念刘师培问精湛，人才难，《宣言》曰：“昔人曾云，明祖‘城日，弗杀方孝儒，杀，读书子绝矣’。……今者文化凌迟，宿凋丧，一二通博材刘光汉辈，虽负疵，不应深论。若拘执党见，思复前仇，杀一人无益中国，文此扫，使禹域沦夷裔者，谁责耶？”
中华民国立，章太炎与蔡元培联名在《共日报》刊登《求刘申叔通信》，寻找刘师培：“刘申叔问渊深，通知今古，前宵人所误，陷入樊笼，今者民国维新，所望国深湛士，提倡素风，保持绝，申叔消息杳，死生难测。身在他方，尚望先通一信国粹报馆，慰同人眷念。”知刘师培落，章、蔡又电请南京临政府设法营救刘师培，孙中山电文敦请释其人，不苛待。有了孙中山的保释，刘师培才狱。
刘师培投靠端方，叛变革命，卖同志，党人所恨。蔡元培惜其才，极力辩护：“刘申叔，弟与契颇久，其人确是老实，确是书呆！”章太炎其：“今者文化陵迟，宿凋丧，一二博通才刘师培辈虽负疵，不应深论。杀一人无益中国，文此扫，使禹域沦夷裔者，谁责耶？”
陈独秀在给孙中山的书中说：“总统钧鉴：仪征刘光汉累世传经。髫年岐嶷，热血喷溢，鼓吹文明，早从爱国校、《警钟日报》、《民报》等处，青年子读其所著书报，感动。今共业不日观者，光汉未始无尺寸功，特惜神经敏，毅力不坚，被诱佥任，坠节末路，今闻留系资州，行将议罚，论其终始，实乖法，衡其功罪，或相偿，否恳请赐予矜全，曲宽宥，玄黄再造日，延读书子传，俾光汉余生著书赎罪。……谨此布闻，伏待命。”
刘师培先是背叛革命，倒向清廷，又襄助袁世凯称帝，人不齿。蔡元培任北校长，力排众议，聘请刘师培中国文门教授，讲授中古文、《左传》、《三礼》、《尚书》训诂等课程。
关刘师培北任教一，据与晚年陈独秀往密切的台静农说：“关申叔入北教授，据我听的，是陈独秀先生的意思。袁世凯垮台，独秀他，借住在庙，身体羸弱，情形甚是狼狈。问他愿不愿教书，他表示教书，不目前身体太坏，需短期休养。是独秀跟蔡先生说，蔡先生就同意了。”
刘师培变节，黄侃其十分鄙夷。刘师培加入“筹安”，袁世凯鼓吹帝制，曾在北京召集术界知名人士，动员黄侃等人拥戴袁称帝。刘的话未说完，黄侃即身严词拒绝：“是，请先生一身任！”说完拂袖。但刘师培远离政治，北教书，在北的黄侃刘师培再执弟子礼。章太炎在黄侃撰写的《黄季刚墓志铭》中说：“师培附帝制，遂与绝，重其说经有法，师培疾亟，又往执挚称弟子。”
刘师培病故，黄侃《先师刘君祥奠文》悼念老师：“我归武昌，未及辞别。曾不经，遂永诀。始闻凶信，师表哀。……我滞幽，数相见，敬佩深，改从北面。”又《始闻刘先生凶信，位哭，表哀诗》说：“拜辞既歉阙，闻信翻疑犹。”