蒋介石钱穆礼遇有加，至蒋、钱关系，一直众说纷纭，钱穆此不少挨骂。
抗战，钱穆就数度四川见蒋介石，谈及理与历史，蒋托钱穆编写《清儒案》，邀他重庆中央训练团演讲，素有情。
1949年国民党军队兵败山倒际，钱穆是主张蒋介石应野的人士一。日，蒋介石却钱穆礼遇有加，甚至公说，或许钱穆等人所言，“国是有利的”；表达钱穆的敬重，蒋介石在面见钱穆，特别将中山装改一袭长袍；钱穆朱熹与王阳明说的专精，与崇尚王阳明的蒋介石更是一拍即合。
钱穆曾回忆他与蒋介石的见面：一次召见面，“谈话不数分钟，已使我忘却一切拘束，权畅尽怀，师长，晤老友，恍仍在我日常究生活中。”二次蒋介石设宴，“餐桌旁备两座，一座背室门进口，一座在右侧，我见座椅不同，即趋向右侧座，乃总统坚命我坐背向室门座。我坚不敢移步，总统屡命辍。旁侍者告我，委员长意，不坚辞。余遂换至背室门座。侍者见我移座，即将桌预放两碗筷互易，我乃确知此座乃预定总统座位，滋不安，但已无奈何。”
钱穆创办新亚书院，蒋介石不但亲邀请钱穆台一叙，由宋龄、蒋经国招待，同指示台湾行政局每月拨给港币三千元，供新亚纾解资金困境，前长达四年，直耶鲁提供新亚书院补助止。
1950年，钱穆约每年受邀台湾演说或与蒋介石叙，蒋经国陪，与钱穆建立一定情。钱穆曾考虑在台兴办新亚分校，但因未获国民党支持，不了了。
1966年文化革命，让身在海岛一隅的蒋介石兴抗的念头，动“中华文化复兴运动”。将台湾建设国际汉的中，蒋介石礼贤士，力邀散居海外的师级人物返台，钱穆称许此举是“辛亥最的一件”，己蒋介石极力敦请的象。除钱穆外，在国的林语堂，侨居巴西的张千，是指针人物。
因有蒋介石的盛情邀请，加香港情势丕变，形新一波难民潮，左派抗争不断，政局不稳，刚表《四书贯》，被视一代儒宗的钱穆先1967年5月应中新亚书院生请，返港演讲“五四运动”，8月决定赴台定居，10月，七十三岁的钱穆偕夫人胡琦迁居台北，终老此。
移居台湾初，钱穆先住进台北市区的“由”，继租居台北金山街，在蒋介石的高度礼遇，国民政府拨位台北外双溪东吴旁的土，并拨公款建屋，供钱穆夫妇居住。栋雅致的别墅式两层楼房，正是名鼎鼎的“素书楼”。故宫博物院特聘他研究员，不仅让钱穆免生活愁，亦遍览四库全书等重典籍，安创。
蒋介石死，钱穆称“内震悼，不知所措。日常阅览写，无持续，惟坐电视机前，各方吊祭情况，稍遣哀思”。
1986年，在蒋经国的邀请，九十二高龄的钱穆受聘总统府资政。表达钱穆的敬重，蒋经国特委由总统府秘书长沈昌焕，亲素书楼致送聘书，一传谈，显示两蒋一代儒宗的高度尊重。钱穆则说，在他前从无者任资政的前例，他是知识分子先例。
李敖不惯钱穆蒋介石歌功颂德的态度，他说：“试钱穆写的《总统蒋公八秩华诞祝寿文》，歌颂蒋介石是‘诚吾国历史人物中最具贞德一人。禀贞德蹈贞运，斯见所属，吾国民族此一代贞元任，所必由公胜’。麻兮兮，已是全无耻，知识分子反动步田，真令人失望矣！回钱穆年给我写信，标榜‘问’与‘德’的关系，今‘问’竟不阻止‘德’的沦落，我真忍不住他悲哀！”并且说：“历史，真正的‘一代儒宗’是不倒在统治阶级的怀的！”