抗战期，钱穆在西南联讲授中国通史。他课常结合历史与现实串讲，激励生的爱国情，课每每座无虚席。刚迁至西南联不久，因局失利情绪低落，在历史课，钱穆经常联系中国历史，充满信说，统一光明是中国历史的主流，分裂黑暗是暂的，是中国历史的逆流，胜利一定，给师生很的鼓舞。
正值抗战最艰苦的期，同陈梦建议他根据讲义，撰写一本《国史纲》，振奋民族精神。书生报国惟有笔，钱穆即接受建议，决定撰写一部新的《国史纲》，全民抗战尽己的一份力量。他己关在远离昆明七十公的宜良县岩泉寺，每笔耕不辍，了一年间才致完书稿，并1940年版。《国史纲·引论》中指，“惟藉乃认识现在，亦惟现实有真实认识，乃现在有真实改进。”“故其国民国有浓厚爱情，必先须使其国民国已经历史有深厚认识。”“此新通史，其最主任务，尤在将国史真态传播国人前，使晓了解我先民国民族所已尽责任，油生其慨，奋爱惜保护挚意。”
1935年，日本谋“华北治”，10月，有感爱国情与民族义，钱穆与姚从吾、顾颉刚、钱玄同、胡适、孟森等百余名教授一项抗日活动，联名反日本干涉内政，敦促国民党政府早定抗日计。鉴钱穆的抗日态度术影响，一九四二年秋，蒋介石在两次召见钱穆，请他重庆机关讲中国历史，谈宋明理。一次蒋介石在报钱穆的一篇讲话，很赏识，又打电话又是写信约他相见，钱穆距离太远借故推了。见面，他甚至面劝蒋了全体国人利益抗战胜利功身退。
1944年10月，应有关部门求，钱穆专门撰写了一篇《中国历史青年从军先例》，号召青年从军，在青年生中产生了积极的影响。
1950年秋，“新亚书院”在香港立，钱穆任院长。“新亚”名，据钱穆所言，希望借提倡“新亚洲”，在香港的中国人争取稍微光明的未。钱穆子女指，钱穆生活在香港的中国人失精神支柱，希望借由在百年殖民办校，倡导中国文化，让流亡者别忘了做中国人。
钱穆国传统文化的认识是一贯的，即使了晚年，他仍主张国应该统一。1986年2月，他九十二岁高龄表《丙寅新春局》一文，认“平统一是国的路”，“历史传统文化精神的民族，是中国统一的基础”。
钱穆认，中国国的完整与持久统一，是中国固有传统；改朝换代是国内政府改组，非中国人征服中国人。因此未中国走向平统一目标，才符合历史传统文化的民族；不同政治意见必须在同一国的框架，由中国人领导中国。
了批在香港攻读中文的中生升需，香港政府决定在主提供英国生就读的香港外，合并由国人支持的崇基、新亚、联合三书院，催生一所新。取名又了创校难题，校名争议难，有人主张“九龙”，有人认“中山”佳，钱穆提议，在香港特殊区，使“中文”新名称，具有一定象征意义，并符合筹设英文直译的背景，终将名称定案。由钱穆坚持国民族立场，向英国政府极力争取，中文首任校长由中国人李卓敏任。