1949年，钱穆离陆，避难港岛，虽避免了被“思改造”的劫难，但同付了远离故土、抛妻弃子的代价。
据余英回忆，钱穆初香港，曾经与余英一观一场有关亲子情的电影，向够“理驭情”的钱穆，禁不住在陆的儿女，悄泪。中国传统文化甚重父子情，此已中年并且毕生信仰中国传统文化的钱穆，其落寞知。
余英回忆：有一年的暑假，香港奇热，他（钱穆）又犯了严重的胃溃疡，一人孤零零躺在一间空教室的养病。我他，真感他难受。我问他，有什我帮你做吗？他说：我读王阳明的文集。我便商务印书馆给他买了一部。我回的候，他仍是一人躺在教室的，似乎新亚书院全是空的。
钱穆高呼“历史的温情与敬意”，近乎偏激传统文化辩护，各激进势力所不容。故的共产主义者与由主义者视封建余孽，不约同的攻击与封杀他。是，就有了建国钱穆著被禁直改革放，就有了向标榜“宽容”的由主义者胡适生前封杀钱穆进入“中研院”的举动。另外，即使是钱穆的拥趸，并非他理中的读者，因钱穆毕生辛勤著述，是故国招魂，是培养中华传统文化抱有信仰的读者，但现实中数读者，离信仰中国文化很遥远。故保守主义者，钱穆注定落寞。所钱穆的余英不无叹息的说“钱先生无疑是带着很深的失望离世界的”。
1978年，钱穆因黄斑变症眼疾剧烈，无法正常视物书，前了三次刀，静养半年，并无显着效。在妻子胡琦的帮助，钱穆先生始口述录音的方法写。视力受损，在胡琦协助，钱穆仍先版《历史与文化论丛》、《从中国历史中国民族及中国文化》、《中国通史参考资料》、《八十忆双亲》、《师友杂忆》、《宋代理三书随札》等著。
钱穆晚年数度轻微中风，加年已高，不适宜国旅行，因此殷切期盼在清华教书的女儿钱易台探望。1987年底梁实秋世，长女梁文茜不送别父亲的遗憾激民愤，台湾1988年11月公布探亲奔丧办法。办法公布，人在荷兰阿姆斯特丹进行术访问的钱易，月即申请赴台，两岸分隔四十年一位赴台探亲的陆人士。女儿在外双溪共聚伦，让钱穆激动欣慰。是年迈的钱穆听女儿细数乡景色的变迁，不由黯说：“此生恐怕是回不了。”
钱穆曾说希望女儿赴台是趟单纯安静的旅程，民进党却揭钱易赴台申请掩饰了其具有共产党员等官方身份，求国民党政府立刻处理；钱易在国立教书由，检举参加台湾方面定义的“叛乱组织”。陈水扁更具状控告钱易曾是共青团员，引轩波。虽钱穆父女说平常待些不实在的说法，但树静风不止，素书楼风波连连，有人告钱穆“知匪不报”，连串风波让钱不安宁。虽台湾“高检署”在1988年底即各相关控告处不诉决定，但钱易黯离台湾，希望争议此止。垂垂老矣的钱穆哀伤说：“些人已经完全抛弃了中国文化传统，不承认父女间的亲情，更不理解他的女儿何从远的方望父亲。”
因陈水扁等人指责钱穆居住的素书楼产权一，钱穆愤搬离素书楼。眼疾缠身的钱穆，搬已不太门，不太肯讲话进食，记忆力明显减退，仅希望子女在他生前台一聚。但不从人愿，在度九十六岁的寿诞，就是迁素书楼才三月，1990年8月30日，一代国师钱穆逝世杭州南路新寓所。