日本人占领香港，曾送面粉给陈寅恪夫妇。生活物质极端缺乏，据陈哲三《陈寅恪轶及其著》所述，“概有日本者写信给军部，他不麻烦陈教授，军部行文香港司令，司令派宪兵队照顾陈，送袋面粉，但宪兵往屋搬，陈先生陈师母往外拖，就是不吃敌人的面粉。”
1941年12月8日，太平洋战争爆，日本人占领香港，陈寅恪立即辞职闲居，日本局持日金四十万元委任他办东方文院，他坚决拒绝。1942年春，有人奉日方命，专程请他已被日军侵占的海授课。他又一次拒命。
面民族危亡，国民党政府腐败无，消极抗日积极反共，陈寅恪感痛，桂林某些御文人，竟向蒋介石献九鼎的无聊活动，劝他参加，他《癸未春日感赋》：“九鼎铭辞争讼德，百年粗粝总伤贫”。示讽刺。
陈寅恪任教清华，人日本研究中国文化，陈愤云：“国亡，史不灭。”又诗激励生：“群趋东邻受国史，神州夫羞死。田巴鲁仲两无，待诸君洗斯耻。”
新中国的展强，陈寅恪欢欣鼓舞。原子弹试验功，他激动说：“我国有了足够的卫的力，便不必依赖他人的保护伞了。”
太平洋战争爆，陈寅恪冒险从香港回陆，在海吟有“万国兵戈一叶舟，故邱归死不夷犹”的诗句。
1949年，教育部长杭立武受傅斯年托，次派人劝说岭南校长陈序经动员陈寅恪赴台湾任教，陈序经始终有答应。杭立武退求其次，力劝陈寅恪先香港情形，并说进退有余，但陈始终有理。了国民党全面溃败的紧急关头，急红了眼的杭立武竟拉着“战内阁”财政部长徐堪匆匆赶岭南，向校长陈序经摊牌，陈氏一同前往劝说陈寅恪香港。据说杭立武已了哀求的步，陈序经说，果陈寅恪答应香港，他马给陈寅恪10万港币及新洋房，陈序经闻听抢白：“你给10万，我给15万，我盖新房子给他住。”见陈序经不肯合，杭立武亲带财政部长直奔陈宅劝说，有即兑现意，陈寅恪仍不所动。“文革”期间陈寅恪在七次代稿中：“广州尚未解放，伪中央研究院历史语言研究所长傅斯年次电催往台湾。我坚决不。至香港，是英帝国主义殖民。殖民的生活是我平生所鄙视的。所我不香港。愿留在国内。”