“卢沟桥变”，陈寅恪85岁的父亲陈三立老人已重病在身，有人言中国非日本人手，必弃平津亡全国，三立老人病榻圆睁二目，怒斥曰：“中国人岂狗彘不若，将终帖任人屠割耶？”言毕遂不再服药进食，死明志。平津沦陷，老人悲愤：“苍何此中国邪！”遂9月离世。面此国危亡，加老父离世的悲痛，陈寅恪急火攻，导致右眼视网膜剥离，医生叮嘱及入院手术治疗，不延误。陈寅恪正打算离京南，故犹豫不决。陈寅恪女儿流求回忆：“记那晚祖父灵前亲友离，父亲仍久久斜卧在走廊的藤躺椅，表情严峻，一言不。”又说：“考虑接受手术治疗，右眼视力恢复虽有希望，但需费日长久。更重的是父亲绝不肯在沦陷区教书，若在已陷入敌手的北平久留，遭不测。”陈寅恪考虑再三，终决定暂放弃治疗眼疾，离北平。，殊不知却因此延误治疗，导致最目盲。
1937年11月，陈寅恪一踏了奔赴长沙的逃亡旅。日本人在各处设立关卡，排查极其严格。清华老教授高崇熙逃北平，在津火车站一车，就被日伪军识破身份，场按倒在一顿拳脚相加，绳子拴住手脚倒吊着扣押。陈寅恪假扮生意人，又叫孩子熟背沿途及目的等有关址及人名，防走失。火车站人特别，车门被堵的水泄不通，陈寅恪一被人从从窗口拽进车厢。从北平长沙，5000余，陈寅恪一走了18。
陈寅恪一初香港，夫人唐筼因旅途劳累度，脏病突，三女儿延又患百日咳，高烧热，咳嗽不止，全不再行，滞留香港，他许山的帮助，租赁了一间房屋暂住。据流求回忆，那年的年夜，幽暗的灯光映照的餐桌，唐筼悄悄叮嘱女儿：“王妈妈（陈的保姆）我奔波半年，旧历年总让吃几块”。意思是让尚不太懂的女儿尽量让王妈妈吃一些。王妈妈从旁侧闻听，感动泪流满面。
陈寅恪在西南联前，一些文稿、拓本、照片、古代东方书籍，及经年批注的册《蒙古源流注》、《世说新语》、《五代史记注》等，连同部分文献资料，装入一皮箱铁路部门托运——是他几十年血凝聚并视生命的珍贵财富。等货物托运蒙，皮箱内有砖头。面此景，陈寅恪昏厥。据同分析，在托运途中，箱内物早被人盗走，另易装入转投充数。经半年的颠沛流离，面此打击，陈寅恪一病不。祸不单行，此前由北平邮寄的书籍在陈寅恪一走陆续达长沙并由一位亲戚暂收藏。1938年11月，国军实施坚壁清野战略放火烧城，陈寅恪的书籍在火中化灰烬。
初联，陈寅恪写信给劳幹、陈述二人，信中说：“均收，容细读再奉。……联书箱运费系其所付，不将书提。现尚未箱，故联无书。此尚须俟孟真先生滇方商洽解决。研究所无书，实不工。弟近日亦草短文两篇，竟无书查，称‘杜撰’，在今日即有著，亦不版，谓国亡有期汗青无日矣。局斯，悲愤至。匆复。”许年，陈寅恪的弟子蒋枢在《陈寅恪先生编年辑》录此信，曾注：由此“借见先生彼情怀。世读录函件者，其亦省识先生日感愤深欤？”
1939年春，陈寅恪被英国皇授予研究员职称，并收牛津汉教授聘书，请其赴牛津主讲汉。是牛津创办三百余年首次聘请一位中国者专职教授。陈寅恪曾两度辞谢，但考虑英国治疗眼疾，遂答应。陈寅恪香港准备英国，整欧洲的汉风闻陈寅恪即将赴英，皆云集奥格司佛城，等待陈寅恪。陈衡哲此消息说：“欧任何汉，除伯希、斯文·赫定、沙畹等极少数人外，鲜有听懂寅恪先生讲者。不寅公接受牛津特别讲座荣誉聘请，至少使今日欧认识汉有深度，亦有益世界术界。”，陈寅恪抵港未久，二战的战火烧欧洲，中海不通航。陈寅恪无奈中准备返回昆明，一次，陈寅恪再一次耽误了治疗眼疾，最终导致双目失明。他在给傅斯年的信中无奈说：“意、人、愁、国难俱此，真令人忧闷不任，不知兄何教我？”但陈寅恪有的，珍珠港件的爆，使他被困香港，差一点客死异乡。
陈寅恪身体一直不，他在1942年8月30日给傅斯年的信中说：“弟生非安眠饱食（弟患不消化病，饱消化亦是难）不文，非是既富且乐，不诗。平生偶有安眠饱食，故偶文。一生从无既富且乐日，故总做不诗。古人云诗穷工，此精神胜物质说，弟有志未逮者。”
抗战结束，陈寅恪终赴英就医，但两次手术均无明显效果。陈寅恪抱着最一线奢望，英伦医生的诊断书寄给在国的胡适请求援助。胡托人将诊断书送往哥伦比亚眼科院咨询，方告亦无良策，无法手术，胡适“很觉悲哀”，托人带了一千金给陈，示关照。1946年4月16日，胡适在日记中写：“寅恪遗传甚厚，读书甚细，工力甚精，我国史界一重镇，今两目废，真是术界一损失。”
1957年反右始，陈寅恪“偷渡”的方式，由章士钊将己的研究果带境外刊行。
1962年6月10日，已是73岁高龄、双目失明的陈寅恪入浴不慎滑倒浴盆中，右腿股骨颈跌断，次日进中山医院二附院救治，因疼痛度，三昏迷不醒。医生虑其年纪偏，若刀手术其体质难承受，经属同意醒的陈寅恪本人认，乃采取保守物理疗法，但效果不佳，从此断肢再有复原。
目盲膑足的陈寅恪失了活动力，整日躺在床，或被抬放一张木椅静坐。1963年春，南京博物院院长曾昭燏广州差，顺便赴中校园探望陈寅恪。面故人访，陈寅恪怆怀哀愁中日赋诗云：“云海光销雪满颠，重逢膑足倍凄”，“论三世无穷意，吐向医窗病榻边。”几日，又有“信此生无几日，未知今夕是何年。罗浮梦破东坡老，那有梅花元”等句，预见了己行将就木，不久人世，同了局的忧伤与内的悲凉。
完《柳是别传》，陈寅恪尽残力，着手书写《寒柳堂记梦》，记叙其三世风及本身旧，世界最的告别。但随着“文化革命”爆，此愿竟一曲魂断残梦的绝响。
陈寅恪生命最的二十年，中山有主动安排年轻子跟他习，助手黄萱是他请的，最又被撵走。他叹曰：“纵有名山藏诗稿，传人难遇又何？”
陈寅恪世，有人敢冒不韪，在孤苦中死的他撰写挽联碑文了。有在海外的赵元任此噩耗，英文撰写了悼念文章。