1898年秋，戊戌变法失败，章太炎力主革命，蔡元培请章爱国社做排满革命的讲演，讲演内容随表在《苏报》，引清政府的震怒。恰巧邹容写《革命军》一书，请章太炎序。清廷便查封《苏报》爱国社，收财产。因章太炎在序言中毫不客气称光绪帝“载湉丑”，清廷便逆不罪将太炎告法庭。一国讼一人，近代，不知有二人。
因讼案生在海租界，，满清政府曾向西方列强许了沪宁铁路的特权、白银10万两引渡章太炎、邹容，但在舆论重压，西方列强称：“租界，应在租界处理。”章太炎等人的案件仍由列强的审公廨审理，不被清廷引渡。
被清政府通缉的共有六人：蔡元培、章太炎、邹容、吴稚晖、陈范、宗仰。其他人听消息，纷纷逃，蔡元培避难青岛，吴稚晖逃往欧洲，陈范东渡日本，宗仰则躲在海的哈同花园。但章太炎哪不，晚，有人告诉他巡捕前抓人的消息，章太炎毫不在乎，说“扰扰”，随即就回屋睡觉。他劝邹容不躲，他说：“革命有不流血的。我被清政府查拿，现在已经七次了。”二，外国巡捕再爱国社缉捕，章太炎指着己的鼻子巡捕说：“章炳麟就是我。”痛快被巡捕抓走了。邹容已功从门逃，但章太炎在狱中写信劝他首。邹容不忍结义哥一人患难，二便前首。
章太炎被捕，海《新闻报》有文章，嘲笑章太炎主动送门，“不愚”。章见此文，写《狱中答新闻报》一文，刊登在最一期《苏报》。章在文中称：在今的代，必须实行革命，“吾辈书生，未有寸刃尺匕足抗衡，相延入狱，志在流血，分所定，质皇土，四万万人矣！”最，章太炎嘲讽《新闻报》的记者说：“斥鹌井蛙，安足与知鲲鹏志哉！”“滚吧！新闻记者。请50年，巍巍矗立云表的铜像底是我？是你？坐待，不着说什了！”从此文足见，章太炎就有杀身仁的法。
审公廨庭日，章太炎长披肩，穿着他的“汉服”。邹容剪掉辫子，西服革履。庭审完毕，他坐着马车回巡捕房，海街头万人空巷，争睹章、邹容，一路章太炎声念诗曰：“风吹枷锁满城香，街市争员外郎。”
因“苏报案”，章太炎被判刑三年，邹容被判刑两年。两人虽不在同一监室居住，但在同一“工室”做裁缝工。章太炎近视，缝补动不敏捷，经常挨巡警的棍子。初章稍反抗，但几次被打死活，一气绝食抗议。他曾绝食七日，最因有狱友告知，绝食40左右才死，加邹容劝说，最放弃。但邹容却随病倒，一年，年仅二十岁的邹容猝死狱中，章太炎伤不已。因邹容的死，章太炎在狱中的情况改善，章太炎在《与篁溪书狱中》中写：“威丹（邹容的字）既殁，白人稍善视余，使任执爨（，烧火煮饭）役，因恣意啖（dàn，吃）食。余生，威死。”
1906年，章太炎刑满释放，日本担任《民报》的编辑。章一接手民报，立即引清政府的恐慌。清政府马派唐绍仪与日本政府涉，是《民报》被禁，章太炎几次入警署进行涉，并3次致书日本内务臣，均未果。1908年11月26日，东京方法院裁判厅庭审讯，章太炎据理辩驳，无懈击，裁判长被章的辩词说的张口结舌、理屈词穷。东京方法院随他罚金150元或服役150的判决。章的生鲁迅、许寿裳等人代他了罚金，章太炎被获释。
1913年，二次革命失败，新婚不久的章太炎顾不蜜月，扔新婚妻子，从海跑北京找袁世凯算账。临行前，妻子朋友均劝阻他，章却说：“不入虎，焉虎子。”
冬季，气异常寒冷，章太炎足蹬一双破棉靴，穿一领油油的羊皮袄，手中绰一鹅毛扇，扇坠吊着一枚景泰蓝勋章，直闯总统府。总统府的接待员让他示名片，他白眼一翻，声：“谁人不知，哪不晓，我是在海坐三年西牢的‘章神经’！”他耐着子在接待室中踱踱，眼见国务总理熊希龄谈了，副部长向瑞琨谈了，袁世凯不见他，便骂：“向瑞琨，一臭未干的孩子见，难我见不？”说罢径直往闯，警卫阻拦，双方立刻了冲突。章太炎操桌的花瓶朝总统画像猛力掷。
，章太炎被卫兵强行捉入马车，晚，在宪兵教练处夜。他满腔怒气耿耿难消，又指名姓怒骂袁世凯“包藏祸”的“窃国盗”“独夫民贼”。反反复复骂整夜，守他的卫兵惊胆战，赶紧找棉花，塞住耳朵。
章太炎闯总统府有一版本，据说，章太炎总统府，投了一张一尺五寸长的名片，面写了三斗的字：章炳麟。袁世凯一直不敢见章，是派手搪塞，结果被章太炎给骂了回。了表示愤怒，章太炎将总统府的招待室砸了稀巴烂。见章太炎盛怒，袁无奈，派执法处长陆建章前。据说，陆硬着头皮见章太炎，鞠躬说：“总统有公，劳先生久候，深抱歉！今派我迎先生入见。”章太炎不疑有诈，便跟着陆建章了马车，一路被骗至某军废校，移居龙泉寺。
据说，章太炎被移往龙泉寺关押，杀人麻、被人称做“陆屠夫”的陆建章亲骑马在前示恭敬，人感奇怪，从见一名囚徒此礼遇的情况。问陆，陆回答说：他日太炎若我草一檄文，则我少十万兵马，安不尊重。
章太炎被捕的消息一经传，便有日同盟的故旧前往总统府他缓颊：“袁总统有精兵十万，何必畏惧一介书生，不恢复其由呢？”袁世凯回答：“太炎的文笔，横扫千军，亦是怕的东西！”袁世凯向舆论代，但又不给章太炎派罪名，就定了“疯子病违禁”的滑稽名目，将章太炎幽禁。
移居龙泉寺的翌日，袁世凯次子袁克文亲前送锦缎被褥，但未敢面见章太炎，是让人转。章太炎觉窗缝外有人窥探，牵帷一，乃是袁克文，便立即入室点燃香烟，将被褥烧许洞，累累贯珠，遥掷户外，曰：“拿！”
章太炎被袁世凯软禁在龙泉寺，由陆建章负责执行。陆说袁曾手示八条保护太炎：饮食居，款少不计；说经讲文字，不禁传抄；毁物骂人听，物毁再购；早晚派人巡视，恐生意外，等等。陆人说：“太炎先生是今郑康。黄巾郑公乡，尚且避。我奉极峰命，无论先生情何乖僻，必敬护；否则并黄巾不了。”
章太炎被软禁，袁世凯曾接章的属京与章同住，章是“诡术”，汤国梨怀疑袁有什谋，谢绝了。袁世凯长子袁克定曾望章太炎，让章住他的中，章太炎默不声，最罢。
章太炎始并不知他被软禁。一日，他乘车外赴宴，宪兵跳车，呈前夹卫状，宴归，夹卫故。章颇觉奇怪，问吴宗慈，吴有实告知。二，他拜访胡培德，胡他说：“此袁世凯派保护者。”章闻言怒，抄手杖宪兵打抱头鼠窜。章才情，吴宗慈说：“袁狗被我赶走了！”吴宗慈唯唯。宪兵被章太炎驱赶，便着便服，吴宗慈、张亚农谈判，说他是奉边的命令保护章先生的，虽触怒了章先生，但仍不敢怠慢，所易服。吴、张二人不便拒绝，同意，不让章太炎知此。
袁世凯了收买章太炎，曾派陆建章的秘书秦某（曾前清翰林）给章送钱。秦某刚怀的五百元钱掏放桌，章太炎站身，将钱扔了秦某的脸，并瞪着眼晴斥责：“袁奴速！”秦某吓落荒逃。
章太炎曾致书袁世凯，求袁释放己，但袁并不理。黎元洪进京，章致信黎。黎接信，乃夜叩袁的卧室求见，值袁已入睡，不获接见。二，黎再见袁，章求情。袁是打算给章一虚职，准备命章负责考文苑，但章求袁拨办费20余万元，并让其聘请海内外名宿担任教授，袁世凯愿意给15万，最双方未谈妥，遂罢。
，章太炎的意弟子黄侃北教书，前陪侍，章太炎便口授《中国文史》讲义，由黄侃悉整理，师徒二人常夤夜不辍，章才不觉寂寞。
据许寿裳回忆，章太炎被软禁，“每日写‘袁贼、袁贼’泄愤，又喜欢花生米酒，吃的候花生的蒂掉，说：‘杀了袁皇帝的头’。此乐。”他从花园挖树根，修理人形，面写着“袁世凯”三字，烧了挖坑埋掉，他高兴满院子跑，边跑边喊：“袁贼烧死啦！袁贼烧死啦！”再，骂人余百无聊赖，章太炎就
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