据冯友兰回忆，北平沦陷，一直清华师生南迁，段间清华园完全了一片真空。冯说：“我参加校务议的几人，住在清华，说的是保护校。我在图书馆内图书馆的工人员说，中国一定回，是等中国回，些书散失了，那就不，我人在清华一，我就保护一。……日本军队正式进入北京，日本人处接管，我就觉，在政权已经失了，保管是有意义的，实是替日本保管，等它接收。就决定南迁。”“决定，南迁的人留守的人，痛哭别。”
“七七变”，冯友兰、吴有训南逃难，在河南郑州，冯邀吴吃黄河鲤鱼，碰见了熊佛西，三人边吃边聊，几乎所有话题扯了国耻。熊喜欢养狗，说了许狗故。北京有许人逃难，狗法带，抛弃。那些狗，虽被抛弃了，是仍守在门口，不肯他。冯友兰说，就是所谓丧狗，我是。
冯友兰晚年口授《中国哲史新编》，写“中国近代：奠基人–王国维”（六册，全书六十九章），涉及“意境”问题，联“七七”变前己的真实感，特意写一附记说：日军进北京城，他留守的清华校务议的人觉清华完全不同了。有一晚，吴有训他一巡察清华园，皓月空，十分寂静，吴说：“静怕人，我在守着有意义了。”冯顿觉幻灭感，他守清华的是替中国守一术教育完整的园，北京已沦陷，他在守着，岂不是日本服务？了几，他就吴有训同往长沙找清华。他读清人黄仲则诗：“此星辰非昨夜，谁风露立中宵。”所写正是一幻灭感，反复吟咏，倍觉沉痛。长沙，冯住朋友中一楼，经常凭栏远眺，见栏一腊梅花，顿觉李主“独莫凭栏，无限江山，别容易见难”亡国痛油生，深刻极了，沉痛极了。
1946年，西南联因抗战胜利解散，清华亦迁回北京。同年，冯友兰应国宾夕法尼亚邀请，赴期一年的讲，讲授中国哲史，并将讲稿整理《中国哲简史》一书由纽约麦克米伦公司版。在讲期间，冯友兰深深感：“我在国外讲些中国的旧东西，己了博物馆的陈列品了，很不是滋味。我，是己的国搞。我常王粲《登楼赋》的两句话：‘虽信非吾土兮，夫胡久留？’”