1922年，北教务长蒋梦麟欧洲考察，与正就读伦敦的傅斯年了一次深谈。二人分别不久，蒋梦麟在德国接傅的一封信，信中劝蒋此次考察特别注意两问题：一是比较各国行政制度，二是各国术的重生的训练。蒋阅毕，不仅惊叹傅氏在业的精湛造诣，同现他有极强的视与处力。
据蒋梦麟回忆：“九·一八变，北平正在秋，我的参谋就是适（胡适）孟真（傅斯年）两位。无，就商两位。他两位代北请了位国内著名教授。北在北伐功复兴，他两位的功劳，实在太了。”蒋称赞傅人处的两特征：“办十分细”“说一是一，说二是二”的果断精神。
北京、清华、南合并西南联合的建议源傅斯年。1936年春，史语所南迁，傅斯年辞北兼职，随所南。不久，日寇举进攻华北。了保护文教设施，傅斯年提将北京、清华南南迁合组的建议，被国民政府采纳。三所迁至昆明组建著名的西南联合。
傅斯年担任台湾校长，做的一件就是给每位教师了一份通知，说本校长说不一定哪就听课，请不见怪。教师听课不见怪的，是傅斯年听完课有的人就了工。台湾工机极少，失教职就饿肚子。傅斯年仅此一招，就令台的教风风一变。
傅斯年在台任校长两年间，因术水准低或教业务不合格被解聘的教授、副教授很。他一般任课教师的选聘持严肃认真态度，有次了一名助教是否合乎选聘条件的问题，教员聘任资格审查委员了四次，经几度激烈的辩论，最投票表决才决定。
傅斯年台校长，进行了一番刀阔斧的改革。凡不合术水准，滥竽充数的教授，全部驱逐校门；校内职员，特别是原“帝”遗留的医务人员，凡无医疗常识，不知救死扶伤何，己的薪水待遇者，一律解聘。几月间，傅斯年就解聘了70余名不合格教授与职工。此，台面貌一新，形了一蓬勃向的局面。
傅斯年的侄子傅乐回忆说：“他（傅斯年）经常每日在校办公6，一进办公室，便无一分钟的休息，有须参加校外的集……他那希望台赶快办的意念，竟使他坐卧不安。”
在台，傅斯年曾破格聘殷海光。殷海光在《中央日报》被排挤，他直接找傅斯年表示入台。傅斯年考虑他是逻辑泰斗金岳霖的意弟子，台又正缺逻辑教师，所接受殷海光台教书，但特别说明按规定从讲师做，并求殷不许参与任何实际政治，殷海光立即答应。此在台的殷海光虽论政却不参政，积极宣扬五四的传统，使台由主义的堡垒。
台讲师殷海光课因评分标准严格，期末批生逻辑课程不及格，长跑傅斯年告状，傅斯年高声重复了殷海光的理由：是西南联的标准！
1950年新生入考试，国文卷由傅斯年亲命题，其最重的一题摘《孟子·滕文公》中一段：居广居，立正位，行。志，与民由；不志，独行其。富贵不，贫贱不移，威武不屈，此谓丈夫。此题视傅斯年赴台“虽千万人吾往矣”的志独白，是台生在精神层面的殷切寄望。
1950年1月，台“校外校内传言斯年将国，将辞职”。面传言，傅斯年在23日的校刊表了《致台同同》的公信，信中说：“半年，校外攻击斯年者，实不无人，彼等深不台殖民憾。彼等原不知义何物，故遂其志，实陷本校崩溃。鉴一年同同斯年意，值此困难，决不辞职，决不迁就，决倍加努力，校进步奋斗！”
傅斯年就任台湾校长说：“一流的，不徒是一教育机关，必须有它的重术贡献；但是，有一一流的，它的教育忽略了的。”又说：“是一教授集团，不是一衙门，按法，校长虽权力甚，我校前途记，决不有极权主义的风。”
傅斯年了保持的独立术的尊严，坚决拒绝三民主义入校，坚持不让台在校园内升国民党党旗。
傅斯年任台校长，无论是炎炎酷暑是刺骨寒冬，台校长办公室的灯总是最熄灭。楼锁门的爷在每次不耐烦中逐渐习惯了校长的“生物钟”，傅斯年的司机从跟了他，晚餐包在福利社了，因总是饿着肚皮等不吃点快餐。的日子傅斯年任校长已持续了一年了，几乎每晚他熬12点才休息。金耀回忆：“每次跑傅先生，老是他孜孜不倦在定稿、书，不是处理校内情，就是己研究问，傅先生所写的文章及答复各方面的询问，是他亲动笔。”台湾，傅斯年几乎全部的精力花在校务，唯一一次陪夫人娱乐就是一了场哈孟特电影，逢人谈娱乐就说部电影。他给李书华的信中说：“几次信收，我忙死，写信则懒命！”他李在法国专做问，连连说“真是幸福！不胜羡慕”！
有段间傅斯年左眼血管破裂，读书写受很限制，他就捂住左眼写字。在读书写字已非常吃力，他不不与秘书那廉君合。由他口述句，那廉君记话语意。傅斯年有了加强语势，手就拿着烟斗指挥，那廉君则埋头伏案挥笔不停记录。一口章滔滔不绝，一不断奋笔疾书，不知不觉几了。了工方便，傅斯年干脆让那廉君搬己客房住。那廉君常半夜被傅斯年叫写东西，因一旦有创望，傅斯年就坐卧不安。他合的最一篇文章是傅斯年台一生国文课本写的序，篇文章很特别，全是菜肴的比喻，红烧、炸丸子……让人垂涎的味写在文章，乍一犹一花翻新的菜单。
傅斯年在台，罗伦经常他，每次老朋友是一身疲惫忙着干不完的活，就劝老朋友不那卖命。罗伦反他的坏脾气，便傅斯年己的话讽刺刺激他说：“不蟋蟀一，被人一引就鼓翅膀，摆一副搏斗的架势，遭人反攻。”
早在主持北工期间，傅斯年中国高等教育制度所存在的流弊有了深切的体验，从产生了改革教育体制的一些法，离北前他表了一篇《漫谈办》。他台湾担任台校长，又提笔写了《几教育的理》、《一问题——中国的校教育制度》、《中国校制度批评》等文，将己在办教育中所经受的苦痛盘托，特别提“改革教育制度，不不有新风气，若风气不改？一切无从改，不止教育已。”