在国民党退守台湾际，因台湾原校长庄长恭离职，国民政府决定由傅斯年接任台校长。经朱骅傅斯年次晤谈，傅勉强表示从命，“跳一火坑”。
傅斯年曾在“留间两徘徊”。据史语所研究人员陈槃回忆：三十八年冬（实应三十七年），首告急，群情惶急，不知何计。一日，师（傅斯年）召集同人议，惨曰：“研究所生命，恐遂此告终矣！余精力遂消亡，且宿疾未愈，虽再将研究所迁入适区，使国术中维持不坠，余竟不克荷此繁剧矣。今筹商遣散。虽此，诸先生工，斯年仍愿尽最努力，妥介绍安置。”同人此，术由环境已受威胁，年生命所寄托研究所，亦不胜其依恋惜。一满座情绪，至严肃悲哀，有热泪盈眶者。师是不觉感动，毅曰：“诸先生贞志乃尔，则斯年残年何足惜，力命付诸先生望耳。”本所迁移议，是遂决。
1949年元旦夜，胡适与傅斯年在南京共度岁末。是夜，师徒二人置酒饮，相视凄，两位书生不禁潸泪。午夜的钟声响，二人打精神，一边喝酒，一边背诵陶渊明《拟古》九：“桑长江边，三年望采。枝条始茂，忽值山河改。柯叶摧折，根株浮沧海。春蚕既无食，寒衣谁待。本不植高原，今日复何悔！”待此诗吟数遍，二人酒劲，倒在桌旁昏睡。
随着陈布雷杀身亡，傅斯年产生了继的念头。念头存在他的中已有日，早在1932年他就说：“国民党曾民国明星者若干年，身组织紊乱故，致有今日拿不，放不形势。是一切残余的旧势力蠢蠢思动，‘彼取代’。”又说：“平情论，果共产党解决中国问题，我阶级的缘故，丧其命，有何不。我虽不曾榨取劳苦众，是尽竭力忠其所职者，一旦‘火炎昆冈，玉石俱焚’与坏东西同归尽，犹乎宋朝亡国，若干的士人，比贪官污吏死快些一子。一从处设，即知此命运真正公，毫无惜处。”
陈槃回忆：“首仓皇日，有陈布雷、段锡朋二氏殁，师（傅斯年）因精神受刺激，悲观极，顿萌杀念。师未此殉国者，赖傅夫人爱护防范力。”傅斯年的夫人俞綵正准备陪母亲广州、香港就医，傅斯年的弟弟傅斯严（孟博）暗中劝俞不离。俞綵说：“我略整行装，准备隔日启程，夜孟博赶痛哭流涕，责备我不该离孟真。他说：‘你难不知哥哥随身带着一瓶安眠药，一旦匪军攻入，他便服毒尽？那，你将何处？’骨情深，感人肺腑，我相涕泣，我便放弃了广州行。”幸夫人护，傅斯年未杀赴死。
在傅斯年徘徊不定，台湾有关人士函电催促其迅速台任。陈诚致电傅斯年说：“弟已今日先行接，介公深意及先生等善意，恐仍须有识者共同努力，方有济。弟一不离台，希先生速驾台，共负钜艰。”接电报，傅斯年将己关在一房间，三日三夜未房门，绕室踱步，反复吟咏、书写陶渊明《桑长江边》的诗句，考虑留问题，最决定暂且台湾就职。他原带全台湾，并且已买了机票，临决定，部分亲属留，退掉了机票，他说：共产党文人是的，我很快就回。临行又许图书、产留了。
1949年1月19日，傅斯年飞赴台湾。晚，在惨淡的星光照耀，傅斯年携夫人走了史语所院中的门，胡适与傅氏夫妇在前，秘书那廉君殿，一行人在漆黑寒冷的夜色中悄无声息走着。沉沉的夜幕中，门的老工友接傅斯年手中的行李，在送向汽车的同，呜咽着：“傅先生，今日一别，相见吗？”傅听罢，悲不胜，热泪夺眶：“兄弟，等着我，我回的。”傅说着，握住老工友的手了最别，登车仓皇离。夜，傅斯年飞抵台北。