1950年12月20日午，傅斯年席由蒋梦麟召集的农复一次议，讨论农业教育改进保送台生国深造问题。据在现场的人回忆说，傅斯年一儿汉语讲话，一儿英语国人谈，一儿汉英杂，滔滔不绝宏论。两的议，他讲的话比任何人。
午饭稍休息，傅斯年又赶往省议厅，列席台湾省参议五次议。一，参议所质询的问题全是有关教育行政方面的务。约了5点40分左右，参议员郭国基质询有关台的问题。
据在场者透露，郭的难主是国民党教育部从陆抢运台并存放台湾的器材何处理，及放宽台招生尺度等问题。傅斯年遇再次台回答郭的提问。在回答郭提的台应聘台籍教授，取台湾土著生问题，傅斯年说：“奖金制度，不应废止，那些资质、肯功的生，仅仅因有钱不就的青年，我是万分同情的，我不他摒弃校门外。……我办，应该先替生解决困难，使他有安定的生活环境，再求他勤。果我不先替他解决困难，不让他有求的安定环境，求他功读书，那是不近人情的……”讲完话，约是610分，傅斯年走讲坛，就在即将回座位，他突脸色苍白，步履踉跄，坐在台的陈雪屏见状，赶紧前搀扶，傅说了一句“不！”便倒在陈雪屏怀中昏厥。从此傅斯年陷入昏迷，再有醒。
医生迅速赶现场，经诊断傅斯年是脑溢血。此，陈诚、何应钦、王世杰、程放、罗伦、朱骅等政界人，及术界人士李济、董宾、毛子水、萨孟武、英千、劳幹等纷纷赶。蒋介石闻讯，立即指令陈诚动员台湾所有名医，不惜代价抢救，并陈诚每半报告一次傅斯年的病情。
是夜1123分，傅斯年突睁了眼睛，床前众人惊喜加，傅氏终醒了。但医师急忙走按了按脉，抬手合了傅斯年的眼皮，一声不吭退低了头，傅斯年就此与世长辞。
二，台湾省议副议长李万居召记者招待，宣布台傅斯年校长20日夜“弃世”。位议长是台湾土著，的国语不太，被一些记者听“气死”了。消息马传，说傅校长是被郭国基“气死”的。台湾报界刊消息，称“郭炮”与“傅炮”两门炮不幸火，“炮议员郭国基骂倒傅斯年，傅氏绝命身亡”。
听说郭国基气死了校长，二百名生打着“痛失良师”的旗帜，围在“省参议”门口，强烈求郭国基解释。生高声怒吼：“郭国基有你，你……”冲在前方的生喊叫着与参议阻拦人员扭打在一。郭国基见状就偷偷溜走了。陈雪屏等方劝导说明，生是郭国基面答，最台北市警察局局长亲维持秩序。了磅礴雨，生在雨中呼唤着他爱的校长的名字，誓揪“气死”校长的罪魁祸首。直台训导长傅启赶呈明真相，并答应生问题由“议”书面答复，悲伤的生才一一散。
12月22日，傅斯年遗体殓。有千人前吊唁，其中有台湾者、名流、国民党高级官员、傅斯年的亲友、同台湾的生。国民党佬右任扶杖前，陈诚哭两眼红肿，王宠惠、蒋梦麟、罗伦、王世杰、朱骅、李济、董宾、毛子水等人，另外加一刚从香港赴台，与傅斯年生前关系并不融洽的钱穆，站立在人群中默相送。1030分，傅斯年的遗体送往火葬场，千人冒着雨，踏着泥泞路，慢慢行走。热泪横流的生手执旗，面写着：“校长，回头瞧瞧我！”望令人碎。台湾记者衡在回忆采访生涯的长文中说：“傅斯年先生逝世，是我采访二十五年中，所见的最真诚、最感人的一幕。”
1950年12月31日，治丧委员在台湾法院礼堂举行傅斯年追悼。礼堂正中，悬挂着蒋介石亲笔书写的“国失师表”的挽章，国民党高级官员、名人者的挽章、挽联分挂两旁。蒋介石亲临致祭，各界人亦皆前。据统计，各界致送挽联达270余幅，挽诗60余首，挽词20余首，祭文6篇，唁电唁函90余封。各报章、杂志、专刊登载纪念文章110余篇。
中央研究院历史语言研究所同人的挽联是：廿二载远瞩高瞻，深谋长虑，术方基，忍一瞑；五百年名世奇才，闳中肆外，江山此，痛切招魂。
台湾全体师生的挽联曰：早风气，是一代宗师，吾非欤？浮海说三千弟子；忍铭旌，正满云物，斯人，哀鸿况百万苍生。
1951年12月20日，傅斯年逝世一周年忌辰，台湾仿照国弗吉尼亚三位总统杰斐逊（ThomasJefferson）总统专门在园内建造陵墓的例，特在台实验植物园内专门划一块建造罗马式纪念亭，亭中砌长方形墓一座，墓前立有无字碑，修有喷水池。园中有兵工署捐赠的一座纪念钟，钟铸有傅斯年提的“敦品励，爱国爱人”八字校训。由傅斯年生前同窗加友罗伦前导，台生主席罗锦堂手捧骨灰盒，钱思亮校长主持，将傅斯年的骨灰安葬在纪念亭内的理石墓中。此，此处被称“傅园”，纪念钟“傅钟”，墓与钟掩映在碧绿的椰林旁的鲜花翠柏中。“傅钟”每节课响21声，因傅斯年曾说：“一有21，剩3是沉思的。”
傅斯年溘长逝，胡适提醒国人，“中国失了他最忠实的爱国主义者”。
远在海峡另一边的陈寅恪辗转知此讯，悲从中，年的12月赋诗一首追念。他吟诗一首，此表达中的哀悼情。诗云：“不生不死最堪伤，犹说扶馀海外王。同入兴亡烦恼梦，霜红一枕已沧桑。”是整中国陆傅斯年唯一的一份文字纪念。