1945年8月28日，毛泽东赴重庆谈判。9月1日午，毛泽东由张治中、邵力子陪同前往中苏文化协，参加庆祝《中苏友同盟条约》签订的鸡尾酒并参观苏联图片展览。马寅初重庆商院院长的身份应邀席了一酒。是毛泽东与马寅初初次见面。在，他互致问候。，毛泽东邀请马寅初他住处恳谈了2。
毛泽东1949年3月进北平的那，马寅初西苑机场欢迎，并参加了毛泽东晚特设的宴。随，马寅初参加了新政协议的筹备工，并与毛泽东同选新政协常务委员委员。10月1日，马寅初在安门城楼参加了国典，亲眼着毛泽东一面五星红旗升祖国的蓝。
1951年6月，马寅初任北京校长。是年秋，马寅初在中南海，遇见了毛泽东，便他说：“兄弟北办一流的府，主席您就支持我的工。”“马老，您我怎的支持？”毛泽东笑容掬问。“不别的，希望主席够批准兄弟点名邀请谁北讲演，就请不拒绝！”“办。”马寅初的话音刚落，毛泽东紧接着风趣说：“我批准了！马老校长，我给你‘尚方宝剑’！”马寅初“尚方宝剑”，点名邀请了不少党政领导干部北京讲演，中共中央组织部副部长安子文、中央财经委员副主任薄一波、中国人民银行行长南汉宸，至周恩总理。
1951年国庆前夜，马寅初即将参加游行的生说：“明游行，你走安门，我一定亲指给毛主席，告诉他，就是北京的队伍！”马寅初说做。北京生游行队伍举着红楼模型通，他便指着队伍毛泽东说：“主席，就是北的游行队伍。”毛泽东立刻点了点头，不停向北游行队伍挥手致意，并回头问：“马老，红楼是原的子吗？”“一切是原，丝毫未损！”马寅初回答说，“主席与李钊同志的工室外放了。”正谈着，突了雨。毛泽东着游行队伍，关切说：“马老，您的生淋雨了，我给您派人打电话，通知校，让食堂给准备姜汤！”马寅初感动不已，动情说：“谢谢主席关怀！”游行结束，马寅初坐车返回校，见生正在食堂喝着姜汤，便兴奋安门城楼与毛泽东的谈话告诉，并鼓励生说：“同今更加努力奋进，不辜负毛主席的关怀。”
1957年3月2日，在毛泽东亲的最高国务议，马寅初再次阐述了人口问题。毛泽东笑着说：“人口是不是搞有计划的生产，完全进行研究试验。马老今讲很！从前他的意见，百花齐放有放。准备放，就是人反，就是不他讲，今算是畅所言了。”毛泽东的话使马寅初倍受鼓舞。是在4月27日特向全校师生了一“新人口论”的报告。随又在报告基础加工整理《新人口论》一文，表在7月5日的《人民日报》。
此，主席一声令，所有的矛头全部指向马寅初。马寅初被迫辞北校长职。尽管，马寅初毛泽东的崇敬，仍是真挚的、纯洁的。他习毛泽东著的形式主义庸俗化倾向及搞毛泽东的人崇拜，深感忧虑。在一次，有人说《毛泽东选集》四卷一千年两千年仍适。马寅初听了，不禁“毛骨悚”。他说：“毛主席的恭维，是在搞人崇拜。人崇拜是毁坏毛主席的‘糖衣炮弹’。”他次表示，毛泽东是历史的伟人物，吸取斯林生前被神化身被指责的教训，不搞人迷信。他忧忡忡说，搞人崇拜“是害了毛先生”，“我爱护毛主席”！