马寅初辞北校长职，决写一部分量不亚历史的《齐民术》《农政全书》的农业书。他在日记中写：“江东流，永远不回头！往烟云，奋力写新书。”1962年，马寅初借浙江农村视察的机，农业问题进行专门的调查研究，带回很一手材料。
据知情者介绍，马寅初写部《农书》真有些别。他写文章与一般人不同，不是钢笔写在稿纸，是墨笔写在一张张白色的宣纸，每写完一章，马寅初便宣纸铺在板，等晾干，又认真将宣纸按顺序粘接，卷一纸卷，注明内容，放入一藤箱。写累的候，马寅初便沿着院中的水泥径散步。
不知不觉，藤箱已满。从1963年始写稿1965年初稿完，三年光，马寅初写了100万字。写完，他又从头尾了一次修改，一般情况蓝笔，特别重的改动红笔。了防止手稿受潮被虫蛀，马寅初特别嘱咐人将放书稿的藤箱放在干燥通风的方。写完《农书》，马寅初已83岁，身体状况不前。
有一次，他前的秘书陈玉龙前他。一进屋，见铺满了稿纸，马寅初正在他的《农书》。见陈玉龙进，他说：“他不给我表，我己！”言语中不免有愤怒。
前望马寅初的亲朋友婉言相劝：“马老，你写那些招灾惹祸的东西干什？年纪了，养养精神吧！”马寅初回答说：“正因我年岁了，我才更应该我彻悟了的真理，及记录，警告世人，不就烂在肚子内、带棺材，那才是真正惜呀！”
年复一年，月复一月，日复一日，少日日夜夜就悄。马寅初的《农书》“长卷”已经捆堆了，的纸卷堆满了书柜。据说，部《农书》初稿有百万字巨（一说150万）。1965年底，83岁的马寅初已经《农书》从头尾了一次修改。素治严谨闻名的马寅初，在修改稿子的候，仍一丝不苟；修改文字一般蓝笔，特别重的改动则红笔。
1966年春节的一，马寅初将全人召集，说：“请你抽间帮我《农书》原稿照抄一遍。部书现在虽不版，但不等永远不版。它是我十几年的血啊！”
，“文化革命”爆。虽由受特殊的保护，马宅免抄祸。但是，“革”文化“命”的憾，却在庭内部生了。马寅初中几年幼无知的孩子，因担抄者从马寅初的手稿中搜寻批斗马寅初的柄，是乎在半是胆怯、半是盲从的情绪支配，将马寅初珍藏年的往书信、文物字画，连同部《农书》手稿及其他经济资料，统统“四旧”付一炬，销毁一干二净。有人认是人根据马寅初的意见将书稿焚烧殆尽的。
马寅初初在撰写《农书》，往往写便放，并有跟人细谈，至无人知《农书》中详细的内容，给世人留了永远的遗憾。