抗战期，马寅初被蒋介石软禁在重庆歌乐山，蒋不许马寅初教书、表文章，段了马寅初的经济源。周恩获悉情况，指示《新华日报》：马寅初是一位经考验的爱国主义者，有骨气，有正义感，我必须给予支持。此，马寅初被《中央日报》退回的稿子在《新华日报》表，并给予最高标准的稿酬，使身处危难际的马寅初终生难忘。
马寅初新中国的诞生欢欣鼓舞，并积极投身共国的筹划建设中。1949年3月25日，在欢迎毛泽东主席、朱德总司令等中共中央领导人从西柏坡迁至北平的仪式，马寅初竟不顾场秩序，跑向周恩乘坐的吉普车，声周恩说：“遵照你的指示，我已平安北平。”喜悦情溢言表。
1959年，全国了讨伐马寅初新人口论的声浪，此，周恩找马寅初，恳切求马寅初写一份检讨，马寅初拒绝。但拒绝，马寅初觉周恩有所歉疚。数，他《新建设》杂志撰文，便特意加一段：《爱护我者说几句话并表示衷的感谢》：“最我另一位朋友表示感忱，并歉意。我在重庆受难的候，他千方百计营救我；我1949年香港北参政，是应他的电召。些使我感激不尽，今牢记在。但是次遇了术问题，我有接受他的真诚意的劝告，中万分不愉快，因我我的理论有相的握，不不坚持，术的尊严不不维护，拒绝检讨。希望我位朋友仍虚怀若谷，不我的拒绝检讨视同抗命则幸甚。”
1960年初，马寅初因《新人口论》被迫辞北校长职务。又是周总理面，将马寅初安排北京市政协东城区组。从政治术舞台巅峰被突打落的马寅初是一极的安慰。
马寅初的儿子马本寅回忆说：像他的庭，在“文革”期间是难逃劫难的。不，他清楚记：“文革”刚刚始某一，辖区的一位派所所长突他，关照说：“根据周总理指示，你的住宅是不允许任何人闯入、抄的，果有人进及通知我。”，马寅初人才知是总理亲列的民主人士的保护名单保护了他。正是由周总理马寅初的关爱，使马寅初在长达十年的“文革”动乱中免遭太的冲击。
1971年，九十高龄的马寅初始便血。北京医院诊断是直肠癌，属医院在手术是化疗的问题产生了分歧。此马寅初的夫人就向国务院打了一请示报告，周总理见报告立即批示：病人己愿意动手术，属同意，医院应手术方案主，请津王夫主持诊，情况向他本人汇报。批示就达北京医院。从此，卫生部专门马寅初组织了一专诊组。1972年5月，在周恩的亲关，有关方面马寅初安排了周密的手术方案。手术相功，马寅初因此又活了十年。马寅初常说：“周恩是我的救命恩人，他两次救了我，一次是1942年，一次是1972年。”前一次使他摆了困境，一次使他渡了病魔的折磨。
1975年夏，周恩总理在己重病缠身的情况依惦记着马寅初，关他手术的情况药。周恩派己身边的两位保健夫门马寅初治病。周恩细致入微的关怀使马寅初及人备感温暖。
1976年1月8日，周恩总理逝世的噩耗传，马寅初连续数日沉默不语。1月11日，马寅初接通知参加周恩遗体告别仪式，他一早，饭不吃，水未进，就在人的陪同吊唁厅。见周恩的遗体，坐在轮椅的马寅初老泪纵横，默默向周恩遗体鞠躬行礼。马寅初随着吊唁的人群绕遗体一圈仍不肯离，工人员让马老再绕一圈。走吊唁厅，马寅初再子女扶着他回，深情向周总理的遗体鞠了三躬。马本寅说，此此刻父亲了所有与总理见面的情景，或许他有选择的方式才表达己毕生总理的感激情。