马寅初与刘钧、何廉、方显廷并称民国的中国四经济。林毅夫、胡书东在《中国经济百年回顾》讲：“他有一共同的特点，在国外接受严格、系统的经济理论方法的训练，同又怀着强烈的救国救民意识，努力先进的理论的方法研究、解决的中国本土经济问题”。
马寅初由仗义执言在20世纪40年代受国民党局的拘捕、关押软禁，受国民政府军委员调查统计局特务的恐吓与殴打，，马寅初不改初衷。郭沫若曾经称赞：“你马寅初啊，是蒸不烂、煮不熟、捶不爆的响的一枚‘铜豌豆’。”的舆论界认：“今日马寅初先生在中国经济界的声望位，与文界的巨人鲁迅相比。在争取国由、民族解放的程中，马寅初与鲁迅一，遭受着恶势力的仇恨，但却雄视阔步各压迫，始终敢说，敢笑，敢怒，几十年态度一贯。”
粉碎“四人帮”的三夏，主持平反冤假错案工的中央组织部长胡耀邦在认真审阅有关马寅初的材料，动情说：“年毛主席是肯听马寅初一句话，中国今的人口何至突破十亿关啊！批错一人，增加几亿人。我再不犯的错误了。共产党应该誓：再不准整科知识分子了！”
重庆《新华日报》马寅初六十岁辰送的寿联是：“不屈不征气，敢言敢怒见精神。”
1941年3月30日马寅初六十寿辰，周恩同董必武、邓颖超联名送了联：桃李增华，坐帐无鹤；琴书伴，支床有龟。
现任北校长许智宏在纪念座谈称“永恒的北光”，高度赞誉：“马寅初先生的风骨不仅传承了北精神，且展了北精神。”
宋运郊：六十余年我见许许校长，最让我敬佩的是马老，马寅初校长。在我中，有一校长够超他。
研究者称，马寅初在50年代“单枪匹马”挑战主流意识形态，与“北精神”若合符节。
有一本关北校长的书，写马寅初那篇，标题赫是：真理死，壮哉！真理生，难矣！