在办方式，马一浮孜孜追求的是古典书院式的教育形式，不是现代的教育方式。他认，有像宋明代的古典式的书院，有着优宁静的山水，充足的供给从容闲暇的环境，才宣讲儒术相一致。
马一浮设书院的法，早在1912年与教育总长蔡元培的促膝谈中就提了。马一浮蔡元培说：“设通儒院，培国本，聚三十岁，粗明经术，兼通先秦各派术源流者，一、二百人，甄选宁缺勿滥，优给廪饩，供给中外书籍，延聘老师宿儒，及外国者若干人，分别指导。假岁月，使西洋文字精通一国，各体文词，兼通希腊、拉丁文，庶几中土者与世界相见。国本初张，与民更始，一新耳目。十年、廿年，必有人材蔚兴，此非一国本，亦世界文化沟通先声。”，马一浮的建议，蔡元培又间尚早搁置。
马一浮辞谢回杭，仍向往追求儒书院式的教育，并同年费考察了南洋群岛（今新加坡）。他闽人办的《南堂》兴儒宗旨，倍加赞赏。回国，由国内绌儒的氛围校废止经科，便一概谢绝聘。此，他在与弟子寿景伟、刘百闵等的通讯中，流露了愿找一处山水胜处，创办一所古典式的书院讲的法。愿望由其弟子辗转传国民党最高局，了认。在立书院董，书院董1939年3月间正式聘请马一浮复书院主讲，总持讲宜，实现了马一浮长期追求的愿望。
在赴川前，马一浮求，书院必须是完全属社的纯粹术机构，不受政府干涉的由讲。在与政府的接谈际，马一浮提三项先决条件：一，书院不列入现行教育系统；二，除春秋祭奠先师外，不举行任何仪式；三，不参加任何政治活动。局居一一赞同。蒋介石、陈立夫明确表示“始终宾礼相待”，并拨办费3万元，月给经费3千元。1939年1月底，马一浮总算接受条件赴川应聘。
复书院设在四川省乐山县（古称嘉定）乌尤山的乌尤寺，位岷江、青衣江、渡河汇处的江中，风景绝佳。山除乌尤寺外，尚有“尔雅台”，相传是晋人郭璞注解《尔雅》的方。复书院“讲明经术，注重义理，使者知类通达，深造，养刚贞固才”主旨；书院课程分通治、别治二门；书院纯粹研究术团体，不涉任何政治意味；书院不授予生任何资格；书院设主讲、讲友、讲，并有肄业生近30人，加参人不足40人。
马一浮拟定《复书院简章》，规定书院宗旨“专明吾国术本原，使者由研究，养通儒”，书院设主讲一人，请的教师应是国内知名者。生，则规定不求仕宦，不营货利，不斗争。
书院很讲究礼仪，马一浮认，讲是一件，是弘扬法，启迪，故不敢不敬。书院在正式讲前，举行了隆重的讲礼，马一浮斋庄盛服，立讲舍（乌尤寺旷怡亭）前正中位，讲友、讲及诸执分立左右。生在依序立。由引赞王静伯唱先行谒圣礼，师生向先师位北面三礼，梵香读祝复三礼，谒圣礼毕。次行相见礼。礼毕，主讲马一浮示。，马一浮每次讲前，先写讲稿，命人誊清，并将尔雅台前的旷怡亭扫除清洁，再将鲜花一束置瓶内虔诚肃穆放置讲桌，待讲既，人齐集，由讲乌风捧讲稿随待在，俟马一浮升座定位，再将讲稿双手捧持顶礼献。
复兴书院从1939年9月15日始讲，1941年5月25日停止讲止，前共一年另八月。，书院就专刻书。刻书的主旨，是使儒有传，智不断。马一浮次弟子说：“刻一板，印一书，即是使间留一粒子”。
马一浮书院的建立，是满意的，并付了全部的精力血，他书院的就，亦是满喜欢的。他曾说：“书院才，不同今校。期望从士人人王者师，方尽儒者本分。孔子门，从三千不，其中有颜回、曾参不少。希腊柏拉图园，就一亚士德，亦足继往，西方哲宗师。”
1946年5月，马一浮回杭州，暂借西湖葛音山庄临书院院舍，继续书院主讲兼总纂的名义卖字刻书，维持书院继续支撑。虽生活非常拮据，马一浮却仍不结束书院，中止刻书。直有一，因政府的币制改革失败，导致金圆券跌，马一浮才彻底放弃了维持书院的生活。“存先民矩镬，贻津梁”，马一浮将书院改智林图书馆，负责保管流通，纂辑丛书。