台湾者林继平《我的治路历程》中记述，国民党从陆撤退，熊十力秘密乘火车广州，准备转香港或台湾，毛泽东知消息，立即电告四野林彪司令员在广州拦截。林彪与熊十力是湖北黄冈的同乡，尊称他熊老师。熊十力无奈何，随林彪回武汉。林彪召欢迎，欢迎位湖北耆宿荣归故。，即护送熊回北京。
五十年代初，熊十力在北京四年的生活是安定的，但是孤寂的。他虽受礼遇，但内深处却充满着惆怅。他关复兴中国文化、重振古代儒的主张被凉在一边；己的哲，理者更加稀少；昔目的友朋门生故旧聚首日渐稀罕。在北京先有些生谈谈，就有什人门了，有的连信有一封了。有的人他执弟子札，但是某运动一，竟说，我不知熊有什问。
五十年代，陈毅望熊十力，他竟伤嚎啕哭。陈毅问：“您老何伤？”答：“我的问有人传呀！”熊十力晚年居海，愈加难耐寂寞，曾人说：“现在鬼有门的了。”陈毅深受震动，有一次在给海高校的教师报告，他建议向熊十力请教，“近在眼前的贤师，你就拜门，有人批评，就说是陈毅叫你的！佛是世界哲的组部分，一定。共产党讲辩证法，物了解其正反面，不懂唯论，又怎精通唯物论呢？”
冯友兰在《怀念熊十力先生》一文中写：“熊先生在世，他的哲思不甚世人所了解，晚年生活尤不快。但在50年代他表几部稿子。在他送我的书中，有一部的扉页写：‘不，烦一靠图书馆。’由今思，何其言悲耶！”
晚年，熊十力由海市委统战部“领导”，因此，他经常向统战部领导“汇报”一己的近况，遇有“运动”，难免表一态。1957年6月，他写信给统战部，信中有“今见报载，章伯钧认造谣反党，真耻恨。”1959年2月信中有“昨年跃进，中外欢腾。今岁更一日千。”但更的是生活方面的求，住房问题、吃饭问题等等。1960年11月，他致信统战部，求吃粗面包，“月承惠两次饼干，是的东西，此物吃总不觉饱，所愿吃粗面包。”1960年12月，熊突便血，便写信给统战部，“谨请予我一宰了的肥的母鸭子，救此症否？”并说“素承厚意怜念老人，故敢常扰。”统战部12月5日向级请示：“拟同意送母鸭一，请核。”领导批曰“同意”，是，12月9日，熊十力了己的一肥母鸭。
在生命的最几年头，熊十力哀叹：“人生七十，孑一老，楼面壁，忽逢十祀。绝无向青年，亦鲜有客至。衰年苦，莫孤。五年，余犹积义富，积健强，不必有孤独感。病，年日衰，病日杂，余兴尽矣。”
1963年，熊十力七十九岁，元旦始动笔草《存斋随笔》。
1964年12月，熊十力赴京席四届政协一次议并列席人三届一次议。其间，陈毅曾他，并在场的熊氏人说，你爸爸是书呆子，让他写，他的术思写。郭沫若望熊先生，谈《存斋随笔》印行的困难。郭沫若有苦衷，不便宜说。熊十力知此书印行已无望，说果印若干本留存不行，请退稿。1965年初，熊十力收退稿，请封拙（熊的文书）再钞一份留存。
老友韦卓民海望熊十力，一见面熊就号陶哭，使韦深觉不安。
1965年夏，弟子习傅裕望老师熊十力现，熊先生明显衰老了，目光不再前那般炬，谈吐不再像前那般滔滔，情绪不再像前那激昂了。他一人独坐屋中，身穿褐色长衫，扣子全无，一麻绳腰带，状若老僧。屋内墙挂着三字书写的君师帖，从墙头一直贴花板，孔子居中，左右是两位王先生：王船山王阳明。
王元化在《熊十力二三》回忆说：“我曾向他请教佛，他已由佛入儒。在他居室内，有三幅字书写的君师帖。一居中，从墙头直贴花板，书孔子位。一在右，从墙头往贴，书阳明先生。一在左，从墙头往贴，书船山先生。他听我佛说：‘你佛做什？现在有人了。’”
文革一始，熊十力红卫兵街“破四旧”，随意闯入别人中抄，庙宇教堂砸神像烧经书，十分反感，曾书毛泽东表示反。他给中共领导人写信，但是信石沉海，有回音。
文革中，熊十力被抄，造反派冲进各房间，将熊十力年珍藏的古代书籍、经卷、字画、手稿等等，或撕毁或焚烧。熊十力视书命，前从火堆中抢一些古籍孤本，被人推倒在。
北京一○一中红卫兵追寻海青云路，审问熊十力，问他知不知刘少奇年在庐山白鹿书院有甚反动活动等等。熊十力一律回答“不知”二字，因被视态度顽固又受批斗。
文革期间，熊十力“左”的一套极反感，却又无奈何。他晚年己订有“三戒”：不门、不客、不写信，衰年求静，聊卒岁。在万般悲苦中，他曾一联寄友人：“衰年雪窖，姜斋千载是同参。”
，由抄、批判等变故，熊十力精神有些错乱，不断给中央领导写信，经常写很纸条贴在裤子、衣帽、门窗，连裤袜，写着“文革”的抗议。此他常常在街遭人围攻，他却依我行我素。
1966年夏，熊十力在《人民日报》《横扫一切牛鬼蛇神》一文，伤感至极。他不断给中央领导人写信，硬让人寄，经常写很纸条，甚至在裤子，袜子写着“文革”的抗议。他常常穿着一件褪了色的友布长衫，扣子全无，腰间胡乱扎一根麻绳，独一人街或公园，跌跌撞撞，双泪长流，口中念念有词“中国文化亡了！中国文化亡了！”直实在走不动了，才坐休息。，悄悄尾随的女婿（熊再光的丈夫彭亮生）才敢露面（熊十力不让人跟着他），搀扶着他，慢慢走回。
1968年，熊十力在曾绝粒求死，改减食，求速死。但此他在仍不停写书，写了又毁，毁了又写。春夏，熊十力又患肺炎，病不肯服药，送医院前已高烧。在虹口医院治疗基本转，但他习惯一清早窗，又患感冒。由他病体衰弱，力衰竭，抢救不及，5月23日午九与世长辞，终年八十四岁。
熊十力先生逝世年，身居台岛的牟宗三似有感应，在年的三月写了一篇怀念老师的文章，他在文中深情说：“我常瞻望北，喃喃祝问：‘夫子无恙乎？’他住在海，究竟不安居乐业呢？今已八十岁，究竟不年那由讲、由思考呢？我皆不知……”