蔡元培刚从德国回的候，约束己立了三原则：一不做官，二不纳妾，三不打麻将。
蔡元培在北，立进德提高政治的德行，他表示，他期望知识分子社栋梁，加入进德的师生必须戒酒、戒赌、戒嫖。蔡求员不做官吏、不做议员。
北旁边有士居饭馆极受北师生欢迎，一，蔡元培陈独秀、胡适在士居吃罢晚饭，三人便在在沙滩附近散步，现了一不曾的处所。有人告诉他，是“偷听生”居住的“拉丁区”，他很奇，信步走了。走进一间屋子，却一衣着寒酸的青年正在借微弱的灯光读书，身放着两硬的馒头。陈独秀急，劈头就问，青年惊惶恐不已。他结结巴巴说己是一穷生，连办旁听证的钱有，但他真是很听豫才先生（鲁迅）讲课，所……蔡元摆摆手，让他不紧张，接着了那两馒头说：“旁听证，明你我办公室取，但现在，你跟我吃饭。”是几人又士居，那青年一边像饿疯了似的吃特吃，一边三位北教授聊。叫许钦文的青年说：“人称咱北有‘五公’。一是课堂公，不管有有籍随便听课。有的旁听生早了先抢座位，迟的正式生反站边了。二是图书馆公，随便进。三是浴室公，莲蓬头反正一晚着，什人管洗。四是运动场公，操场外校生有比本校的。五是食堂公，生食堂是包的，饭馆食堂价格一。北校园有三生，一是正式生，另一就是旁听生，有就是我些偷听生。未办任何手续，却摇摆校听课，我数就租房住在‘拉丁区’。”
蔡元培北的一年中，有一生，长一副官僚的面孔，又做些不满人意的，是另一生某某在西斋（宿舍一）壁贴了一张“讨伐”的告示；两内，满墙了无穷的匿名文件，同骂了“不亦乐乎”。其中有傅斯年的一张，因他极讨厌此人。傅的匿名揭帖中，表面是替此君抱不平，深的语意，却是挖苦他，故傅的张告示同所赏识，在面浓圈密点，批评狼藉。是一校中的笑话。了几，蔡元培先生在一中演说，最说此，意是说：诸位在墙壁攻击××君的，是不合做人的理的。诸君×君有不满，规劝，是同的友谊。若不规劝，尽校局说。才是正的办法。至匿名揭帖，受者纵有，决不易改悔，施者则丧失品端。凡此者，痛改前非，否则行动，必是品沉沦端。从此北的匿名“壁报文”从此减少，几至绝了迹。
蔡元培二次德国，傅斯年在柏林。蔡先生，傅斯年等几同告奋勇照料先生。有一次，一同给蔡先生一电报，说是从莱比锡蔡先生。同名的情荒谬，一面痛骂，一面钱，傅斯年他此行必是钱，蔡先生正是穷不了，所傅就与三四同主张电谢绝他，并告诉了蔡元培他的意思。蔡元培先生沉吟一说：“《论语》有几句话，‘与其进，不与其退，唯何甚？人洁己进，与其洁，不保其往。意思是，赞他的进步，不赞他的退步，何必做太分呢？人洁身，就应该赞他的洁，不老追究他的。与，肯定、赞。’你说他无聊，但拒人千外，他改了他的无聊吗？”是傅斯年又知读《论语》是读的。
五四运动，游行队伍正，却被蔡元培拦住。他难告诉生，示威游行并不扭转局。北提倡术由，颇保守的政府人物厌恶，被视鼓吹异端邪说的洪水猛兽。现在同再校游行，果闹，授人口实。生则向蔡校长痛陈内积愤，已是忍无忍，恳求校长不阻止。其他数同则颇感不耐，“嘘！”“轰”吵嚷怒骂的声音。间已中午，张国焘即挤向前，高声向蔡元培说：“示威游行势在必行，校长先并不知，现在不必再管，请校长回办公室罢。”他其他几位同连请带推将蔡校长拥走，游行队伍在一片欢呼声中，蜂拥般向安门了。
1919年5月4日，在“五四”游行中，军阀政府派军警抓走了32名生，其中北生20人。晚，蔡元培便邀请与司法部关系密切的王宠惠一北同共同商议营救。5月7日，被捕生获释，蔡元培亲率领北全体教职员生在沙滩广场列队迎接。见面分外激动，彼此相言无语，许人竟致哭。蔡元培劝慰应高兴，不哭，话未说完己禁不住流眼泪。北被捕获释生许德珩回忆的情景说：“我狱由同伴同走进沙滩广场，蔡先生是那的沉毅慈祥，他含着眼泪强笑容，勉励我，安慰我，给我留了极深刻的印象。”
1920年冬，蔡元培赴欧考察教育，国期间，由蒋梦麟代理其校长职务。，北洋政府久欠北平高校教育经费，各校教员领不薪水，便向政府请愿，反被警卫殴打，因宣布罢教。经北平师生的努力斗争，北洋政府意识态严重，才各校教员补欠薪，并表示歉意。各校才始复课。蔡元培回国，听说此，不满，召集北教职员痛切说：校教育青年，教职员应生模范，岂因索薪罢教，贻误生？果认政府太坏，不合，尽动辞职，另谋他就。求，亦使政府惊觉反省。岂既不离职，又不尽教责任，贻误青年？他坚决求罢教期间未生课，领的薪水，归公。教职员接受了蔡的提议，请求将所领薪水分期扣除。
五四前若干，北洋政府觉不安，蔡元培施加压力，甚至跟踪、恐吓。蔡元培有两“谋客”，蔡经常他商量何付北洋政府。有一，蔡元培在一“谋客”中与他谈此。其中一老谋客劝蔡元培解聘陈独秀，并制约胡适一，才保存机关，保存北方读书人。蔡元培一言不。两人说了几钟头，蔡先生站说：“些我不怕，我忍辱至此，皆校，但忍辱是有止境的。北京一切的，在我蔡元培一人身，与些人毫不相干。”
蔡元培少年志，曾中了举人，23岁试联捷，中了进士，26岁（光绪壬辰科）补行殿试，点翰林庶吉士，散馆授编修。但他从不此满，他乡前辈謩年博的名士李慈铭非常尊敬。蔡元培曾在李北京寓居教李慈铭的儿子李孝费，是蔡元培不师宾居，李慈铭师礼相待，执弟子礼甚恭。李慈铭世，留的著很，其中《越缦堂日记》一部数十年从不间断的日记最著名。蔡元培1919年刊印《越缦堂日记》募集垫印费，全浙公的名义，由商务印书馆印行。
李慈铭父子相继世，李境非常拮据。便越缦堂藏书130余箱、两万余册，抵押与本城同兴酱园的陆姓，款数千元，但每月须负担重息。蔡元培知了件，觉受人重利盘剥，不是办法，他就联系了北京图书馆，由北京图书馆全部越缦堂藏书收买。件术界有重贡献。批书经北图中人辑录李慈铭在书批校的文字，编《越缦堂读书记》、《越缦堂读史札记》等书。
刘师培曾是同盟员，思激进，较早接触社主义的中国人一，但他叛变革命，竟投靠端方，转恶毒攻击革命党，并曾卖陶章、陈其等旧日同志，转变速令人侧目。民国建立，孙中山等人皆惜其才，不忍加罪，蔡元培更将他聘北教授。在新文化运动中，他虽托名旧派，实少有点支持新派。他逝世才36岁，蔡元培评论：“向使君委身术，不外援所扰，康强其身，尽瘁著，其所就岂限量？惜哉！”
某次，蔡元培与汪精卫共语，汪说：“君在昔名太史，今教育，世蔡、汪并列，惭形秽。”蔡说：“敝屣利禄，我与你固志同合。论术精力，我远不君。”
“四·一二”政变，身在北京的周人严厉谴责国民党的残暴行，并身在海却“视若无睹”的蔡元培、胡适等人不满。但随着国民党变本加厉，周人却日益噤若寒蝉，反倒是蔡元培、胡适等人颇救助了一些政治犯，其中不乏中共党员。
1938年2月9日，蔡元培70寿，沪各界在国际饭店其祝寿。蔡在答辞中说：“诸位我祝寿，总不外我再做几件。我了70岁，就觉69年错了，我再活几年，无非我再做几年错。”