五四期，蔡元培鉴“读书不忘救国”引的某偏颇，重新号召“救国不忘读书”。此北校园是生了一“讲义风潮”，令人不快。有次，一群生涌进红楼，求校方免收讲义费，并找主张条“恶”规定的人算帐。蔡氏告诉他，己单独负责。争辩久，怒不遏。“你班懦夫！”他挥举双拳，怒目喊：“有胆的就请站与我决斗。果你哪一敢碰一碰教员，我就揍他。”生在他面前围半圆。蔡先生向他逼近几步，他就退几步，始终保持着相的距离：“位平常驯绵羊、静处子的者，忽间变正义狮了。”
蔡元培任中央研究院院长，虽辞了几十兼职，请他题字、序、写文章、谋职位的人仍是络绎不绝，他不胜其烦，遂在报登“三不启”：一不兼职，二不写稿，三不介绍职业。
北京在蔡元培未校长前，校务议半讲英语，特别是预科的校务议，全部讲英语。不懂英语的教授，像聋子一坐在那，痛苦万分。蔡接任校长，特别提议校务议一律改国语，引了外国教授的反。他英语表示“我不懂国语”。蔡先生针锋相，回答说：“假我在贵国教书，是不是因我是中国人，你就说中国话！”洋教授哑口无言。从那，任何议言，一律中国话，不再讲英语。
有真才实的人，不论是什背景，蔡元培力主一律解聘，有两名英国教授依旧我行我素，带领生逛八胡同。聘约期满，蔡元培不再续聘。那外籍教授由公使馆介绍。英国驻北京公使朱尔典找蔡求情，遭拒绝。那位公使怒，扬言：“我你蔡鹤卿做几校长？！”外籍教授告法庭，蔡元培请王宠惠代理人，最校方胜诉。
五四前，北洋军阀及其御文人指责新士风“洪水猛兽”。蔡元培表《洪水与猛兽》一文，勇敢宣称：“今日士风，算是洪水；今日军阀，正是猛兽，非洪水淹此猛兽不。”二十年，傅斯年先生回顾旧，犹感慨不已：“话在年是何等勇敢，何等切实！”
蔡元培先生担任中央研究院院长，因应酬较，销亦。他的部属眼见院长的销快超薪水了，就在原的薪水外，加了200元。蔡元培领薪水一算，现了200元，很奇怪，就问主管薪水的人底是怎回。他知原因，场就加的钱数退了回，并召集部署说：“一切按照规定办理，生活清苦些不紧，但守法必须严格做。”
唐绍仪辞职，蔡元培亦呈请辞职：“敬乞总统速任教育总长，俾元培早一日职，即尸位咎早一日解免。”他总统府向袁世凯面辞职，袁他说：“我代表四万万人留君。”蔡元培说：“元培亦四万万人代表辞职。”
1930年秋，国民党某省政府改组，一北生请蔡元培先生向蒋介石推荐他，并托老同联名致电蔡先生促。郑挺记，蔡先生很快给了回电，有一句话：“我不长朕即国者焰。”