蔡元培说：“教育者，非已往，非现在，专未。”
蔡元培提了“理，术应”，“基本，术枝叶”的观点。蔡元培先生指：“教育者，养人格业。”
蔡元培在跟吴稚晖的一封信中谈：约所不满人意者，一在课凌杂，二在风纪败坏。救一弊，在延聘纯粹问，一面教授，一面与生共同研究，改造纯粹研究问机关。救二弊，在延聘生模范人物，整饬风。
蔡元培坦陈：教育是与群平均达的。政党是制造一特别的群，抹杀。例，鼓励人民亲善某国，仇视某国；或甲民族的文化，同化乙民族。今日的政党，往往有此等政策，若参与教育，便是害。教育是求远效的，政党的政策是求近功的。……若教育权与政党，两党更迭的候，教育方针跟着改变，教育就有效了。所，教育业不不超各派政党外。
蔡元培是20世纪初中国资本主义教育制度的创者。他明确提废止忠君、尊孔、尚公、尚武、尚实的封建教育宗旨。倡导军国民教育、实利主义教育急务，德教育中，世界观教育终极目的，育桥梁的资产阶级民主主义的教育方针，初步建立了资产阶级的新教育体制。
蔡元培的教育实践在高等教育方面。他任北京校长，提的质在研究高深问。他提倡术由，科民主。主张与术分校，文与理通科。将“年制”改“分制”，实行“选科制”，积极改进教方法，精简课程，力主，校内实行生治，教授治校。他的些主张措施，在北京推行，影响全国，至有人称他由主义教育。
蔡元培组织各术研究团体（哲、雄辩、阅书报社、书法研究社等），生的课余兴趣吸引术研究方面。蔡元培殷切希望生专注业，但又不赞死读书。他说：“研究理，必有一活泼的精神，不是古人‘三年不窥园’的死法做的”。
1917年1月9日，蔡元培表就任北京校长的演说，生提三点求：一日抱定宗旨，二日砥砺德行，三日敬爱师长，将“抱定宗旨”置首位。1917年1月9日，北京举行典礼，蔡元培表就职演说，就是著名的《就任北京校长演说》。蔡与北生约法三章：一是抱定宗旨，“者，研究高深问者”；二是砥砺德行，“诸君生，位甚高，肩此重任，责无旁贷，故诸君不惟思所感已，更必有励人”；三是敬爱师友，“应诚相待，敬礼有加，至同共处一堂，尤应互相亲爱，庶收切磋效。”
1912年蔡元培任南京临政府教育总长，主持修订了教育部的制，一次在政府法令条文中宣布教育的男女平等。不久，我国初级实行了男女同校。由守旧势力异常强，高等校五四运动前夕仍未实现男女同校。教育部此畏首畏尾，各不敢提议招收女生。蔡元培非常不满此等现状，又是在北京青年进行演讲，又是海《中华新报》记者表谈话，公倡导高校男女同校。蔡元培说：“一提议，必不通。其实制并有专招收男生的明文；招考有女生报名，即著录；考试及格，准其就；请从北始。”是北首先有了女生，各仿行，教育部就默许了。
1920年2月，因考试期已蔡元培令允许王兰、奚浈、查晓园3位女生入北文科旁听，年秋季即正式招收女生，我国公立招收女生先例。
有人问蔡元培：“兼收女生是新法，什不先请教育部核准？”蔡元培说：“教育部的令，并有专收男生的规定；从前女生不求，所有女生；现在女生求，程度又够，就有拒绝的理。”
1920年，代理文科长陶孟准许了9名女生入校旁听，引社的议论教育部的批评，甚至总统徐世昌面警告北局，认国立校应该保持“崇高的德水准”。但是并无法律明文禁止男女合校，已经回北的蔡元培就凭一点，有请求政府的许，便正式批准了那9名女生注册北正式生。此，北始正式招收女生。
蔡元培先生在北讲授的惟一课程是《》。一位同的回忆录中记载课堂的情境：“他教的是，声浪不很高，是很清晰，讲外国术的候，带图画给我，所我觉很有趣味，一院的二教室完全挤满了。一院有二教室，坐一二百人，……挤的连讲台站满了人，是有办法，搬二院的讲堂。”
蔡元培先生明确指：国文分两：一实文，在有化的候，因生活的必生的；一术文，有生活的必，是文明候不不有的。
蔡元培在回复林琴南的一封信中谈了己的两办主张，一条便是：说，仿世界各通例，循思由原则，取兼容并包主义，无论有何派，苟其言理，持有故，尚不达淘汰命运者，虽彼此相反，悉听其由展。
蔡元培任民国教育总长，范源濂任次长，他办教育的方法相立。范说：“有办，怎有中？中有办？怎有的？所我的一步，先整顿。”蔡元培说：“有，中师资哪？有中，师资哪？所我一步，先整顿。”
蔡元培谈及己的教育理念：教育的目的与观念是明确的，就是使索寡味的习趣味化，激人的求知望，我决不北仅仅是一场所——生进行有效的训练，训练他日工称职的人。……所负有培育及维护一高标准的人品德的责任，品德做一生及今做一国民说，是不缺少的。