蔡元培的兼容并包是北最重的思资源，他说：“，因其无所不包，各言论思均由，但亦不必互相诟骂。各有主张，尽各鼓吹己主张长处，不必攻击或排斥他主张。”
由重视延聘选拔有真才实的各方面人才，容纳各术思流派，使北的教员队伍生了很变化。一北人才济济，校面貌一新。据1918年初的统计，全校共有教授90人，从其中76人的年龄，35岁者共43人，占57％，50岁者仅6人，占8％。最年轻的文科教授徐宝璜仅25岁，其他胡适、刘半农等是二十七、八岁的青年。蔡元培任校长有50岁，教授平均年龄仅30岁。北本科生的平均年龄24岁。
1917年，蔡元培采“思由，兼容并包”的办方针，实行“教授治校”的制度，提倡术民主，支持新文化运动。蔡元培任北校长，北国文科有经史子集，外国文有英文，教员有旧的几人。蔡元培旧人旧科目外，加了戏曲说，章太炎的弟子黄季刚，洪宪的刘申叔，尊王的辜鸿铭外，加添了陈独秀、胡适、刘半农一班人，英文外添了法文、德文俄文了。是，北有了主张新文化运动的领袖人物胡适、陈独秀、鲁迅等人；有复辟派、主张恢复帝制，拥护袁世凯做皇帝的急先锋辜鸿铭、刘师培等……；有最早共产主义介绍给中国的李钊、有最早介绍无政府主义的李曾石、有最早介绍爱因斯坦相论的夏元瑮……；此外他启了钱玄同、俞同奎、沈尹默等一批老北的老人，更启了有二十三、四岁的梁漱溟等一批年轻人……，请了刚从欧洲回的女教授陈衡哲先生、聘了数系老教授冯祖荀，外籍教授、质系的葛利普等，有画徐悲鸿。
蔡元培初北，进行改革，校的旧者极其不满。北最初讲元曲，有人便造谣说在教室唱戏文了，又因提倡白话文的缘故，又有人说《金瓶梅》教科书了。有些守旧者更是直接在课堂中骂。周人就曾写情形：“别的人隐藏一点，黄季刚最胆，往往昌言不讳。他骂一般新的教员附蔡孑民，说他‘曲阿世’，所滑稽的人便给蔡孑民了一绰号叫做‘世’，校长室一趟，称‘阿世’。知名称，且常常使的，有马幼渔、钱玄同、刘半农诸人，鲁迅是其中一，往往见诸书简中，（注：五四，蔡元培辞职，不久又回京主校。鲁迅此甚关切，在给友人的信中写：“听说‘世’有消息，真的吗？”）一典故。
的报纸反响亦，海研究系的《新报》始攻击，北京安福系的《公言报》更加猛攻，由林琴南头，写公信给蔡元培，说校提倡非孝，求斥逐陈胡诸人。蔡答信说，《新青年》并未非孝，即使有此主张，是人的意见，在不宣传，无法干涉。林氏老羞怒，有借实力派徐树铮的势力加压迫势，在期五四风潮勃，政府忙应付，校的新旧冲突总算幸免了。”
林纾等人公向蔡元培的改革责难。因陈独秀的言论最激烈，所受的攻击最惨酷。守旧派在思观念攻不倒陈独秀，便在陈的狎妓、“打场”（即与人同争一妓生纠纷）一做文章。周人在《知堂回录》中曾说，那“北京御报纸经常攻击仲甫，彼不谨细行，常狭斜游，故报记载加渲染，说某日因争风抓伤某妓部，激舆论，因北那有进德不嫖不赌不娶妾禁约。”指向陈独秀的此攻击，蔡元培本是尽力回护的。在回复林纾的公信中，蔡元培说：“教员，诣主，无背一主张（按指术由、兼容并包）界限，其在校外言动，悉听由，本校从不问，亦不代负责任。例复辟主义，民国所排斥，本校教员中有拖长辫持复辟论者，其所授英国文，与政治无涉，则听。筹安人，清议所指罪人者，本校教员中有其人，其所授古代文，与政治无涉，则听。嫖赌娶妾等，本校进德所戒，教员中间有喜侧艳诗词，纳妾挟妓韵，赌消遣者，苟其功课不荒，并不诱使生与堕落，则姑听。夫人才至难，若求全责备，则校殆难立。且公间，有界限。”，“拖长辫持复辟论者”指辜鸿铭，“筹安人”指刘师培，二者是北校园内守旧派的代表人物，蔡元培举此二人抵挡林纾等人陈独秀德的攻击，是很巧妙的。
1917年，辜鸿铭踊跃参与“张勋复辟”，被封“外务部侍郎”，12复辟失败，辜鸿铭又回北京教他的英文，不等待他的却是激进的师生送给他的一顶“复辟论者”的帽子。了避免政治的攻伐，校长蔡元培不不公表言论他辩护：“本校教员中，有拖长辫持复辟论者，其所授英国文，与政治无涉，则听。”
刘师培在辛亥前就投靠端方，叛变革命，甘愿充奸细，卖同志。蔡元培惜其才，极力辩护：“刘申叔，弟与契颇久，其人确是老实，确是书呆！”刘师培又襄助洪宪帝制，人不齿，但蔡元培仍延请他在北教书。
蔡元培《新青年》，非常喜欢，二一早就拜访陈独秀。陈贪睡，蔡元培就在门口一直等他醒，即聘他文科长。黄侃、马裕藻很不高兴，抱怨：“陈独秀不写点笔记文，怎文科长。”蔡元培说：“仲甫精通训诂音韵，何做不长？”
海的庄森先生表了一篇文章，题目叫《蔡元培陈独秀编造假履历》。内容说，蔡元培（孓民）校长了使的教育部批准陈独秀任北京文科长，造假说陈独秀曾毕业日本，曾在安徽高等校担任校长。实际，陈独秀虽次日本，但并未进，有安徽高等校校长。
蔡元培梁漱溟一篇文章决定聘其做北京印度哲讲席，梁漱溟辞印度哲实无所知。蔡说：“你说你教不了印度哲，那，你知有谁教印度哲呢？”又说，“我亦有寻真教印度哲的人。横竖彼此差不，是你吧！你不是爱哲吗？我此番北，定许爱哲的朋友聚拢，共同研究，互相切磋；你怎不呢？你不是老师教人，你是合研究，习了。”
蔡元培曾“万物并育不相害，并行不相悖”的观点，解释他的“思由、兼收并蓄”的主张。“我素信术的派别，是相的，不是绝的；所每一科的教员，即使主张不同，若是‘言理、持有故’的，就让他并存，令生有由选择的余。”所在的北，人常常见钱玄同讲“人了40就枪毙”，黄侃则在隔壁骂他“取消汉字”的谬论，钱玄同不在乎，照讲不误。
蔡元培先生一北，就请全国侧目的提倡新文化运动的陈独秀文科长。安排，震撼了的术界教育界，生的欢呼拥护。李钊、李四光、胡适，是蔡先生请的。章士钊创立逻辑的名，北就请他《逻辑》课；胡适梁漱溟孔子的法不同，蔡先生就请他同各一课，唱台戏。1917年的几年，北30岁左右的青年教授相，其中不少人蔡先生并不相识，是从科论文中现请的。
1919年，北决定取消文、理长，改设教务长统管文、理、法三科。北文、理科的教授力量较强，双方此职务志在必，文科的胡适甚至毛遂荐，结果遭理科的强烈反。最经商量，决定由各科先推一名候选人，三选一。理科推选的是俞同奎，文科推选的是陈齐，法科推选的是马寅初。结果，蔡元培了避免文理争，投了马寅初一票，马寅初因此选。
蔡先生延请俊彦北讲。1919年5月，哲杜威在此讲两年。，罗素、班乐卫、杜舒、泰戈尔等相继校。前苏联盲诗人爱罗先坷被日本政府驱逐境，1922年春北京。蔡先生便请他北教世界语，月薪200元。
1921年3月16日，蔡先生在德国面邀请爱因斯坦访问中国，爱因斯坦表示将做认真安排。次年6月，爱因斯坦日本讲并决定前往中国，但尚需一封中国方面的正式邀请信。但在日本等了五星期，不见中国回复，遂北不践约。其实，蔡先生正一封各团体联名邀请函征求意见，因文件往返耗，待爱因斯坦收信件已是年底的12月22日，他已改变行程不访问中国了。北京行的失臂，爱因斯坦扼腕痛惜，久久不己。直临终，老人一往情深说：“20世纪是中国的世纪，因
（本章未完）