蔡元培就任北校长职，一次生训话，就说：“生研究术职，不升官财阶梯。”切中北的病根。，蔡先生又提了“十六字箴言”：囊括典，网罗众，思由，兼容并包。仅两年间，蔡先生就一官僚养所改造中国的“精神圣”。
蔡元培的“思由、兼容并包”是中西合璧的产物——既是西方办经验的汲取，是中国传统儒优良教育传统的继承。19世纪威廉·洪堡创立柏林，奠定术由、教由、习由的原则，“思由、兼容并包”就了全世界的基本价值基本准则。蔡元培曾三次留德国，并曾在洪堡习，所深受洪堡德国精神的影响。此外，蔡元培认，在中国教育传统中，在《中庸》等儒经典中，已蕴含着一精神。《中庸》有言，“万物并育不相害，并行不相悖”。是汉武帝采纳董仲舒的建议，实行罢黜百、独尊儒术，思界长期受封建专制统治，根本不有思由。因此，蔡元培认，改革中国教育，就必须循“思由原则”。
萧禀原回忆：1917年我考入北京中国文门（即文系）、正值蔡元培先生任校长。蔡先生的办宗旨是兼容并包，主导思是提倡新。他聘请了陈独秀先生担任文科长（即文校长），聘请了周树人、钱玄同等新派人物担任教授，因使北面貌一新。……那年北招收一批旁听生，我原就读的河南省立二中有位姓杜的同求旁听，我北教务代申请。教务处一位先生却说：“座位满了，不再收。”我说：“座位满，请你教室。”教务处的先生不。我气呼呼见蔡校长。校长室在红楼二楼，有秘书阻挡，生随便找。我一进门，蔡先生我怒气冲冲，便蔼说：“你先坐，休息五分钟，五分钟你再讲话。”我坐了一儿，便蔡先生说了杜姓同申请旁听的。我说：“收一生总比少收一。教室有座位，是教务处的先生却说座位满了。请校长教室是否有座位？”蔡先生听，马亲打电话教务处那位先生请。我着蔡校长的面教务处的先生说：“教室确实有座位，不信你。”教务处的先生有说话。蔡校长即拿笔写了一条子“准予杜××中国文门旁听”，给教务处的先生。是位杜姓同终入旁听了。
据曹靖华回忆：“社各行各业人士进入沙滩红楼（北）听课。那些求知望甚强烈，但由贫困不的青年，诸商店的营业员、工厂的徒等，进入北讲堂听课，习文化知识。在中国教育史是空前绝的，现在进入北有证件，什不。”
冯友兰在《我在北京生的候》的回忆文章中写北的旁听生的往：“那候的北，一褒义的名词说，是一‘由王国’，一贬义的名词说，是一资产阶级由化的王国。蔡元培北，课并不是先有一预订的表，拉着教师讲，是让教师说他的研究题目，就题目一门课。教师说，功课表真是活了。他所教的课，就是他的研究题目，他随他研究的新就充实课程的内容，在讲课所现的问题展他的研究。讲课就是表他的研究果的机，研究果就直接充实了他的教内容。，他讲就觉情舒畅，不讲课负担，生听觉生动活泼，不听课负担。，就研究教统一。说统一，是了两字，其实它本就是一回。什课，是教师的由，至课怎讲，那更是他的由了。生，那就更由了。他本系的课，别系的课。你什课，不什课，人管；你课不课人管。考试的候你参加就行。果你不打算毕业证书，不参加考试人管。校群众是公的。校四门，课铃一响，谁愿意听课教室门口一份讲义，进坐就听。讲义的人，不管你是谁，向他，他就，完止。有应该门课的人，讲义有拿手，不应该门课的人倒先讲义拿完了。有一说法，说北有三生，一是正式生，是经入考试进的；一是旁听生，虽有经入考试，是办了旁听手续，许的；有一是偷听生，既有经入考试，未办旁听手续，未经许，由校听讲的。有些人在北附近租了房子，长期住偷听生。”
蔡元培主张白话文，但不认一定绝排斥文言文；他主张新文，但相信旧文有己不容否定的价值：“旧文，注重音调配置，字句排比，则音乐，舞蹈，图案，中国绘画，亦不谓非术。”惟其此，他既热沈尹默的新体诗集序，同不赞“青年抱了新体诗的迷信，古诗一笔抹杀”，故同乐浦瑞堂的《白话唐人七绝百首》序。
1920年初，蔡元培在《新青年》表著名的短文《洪水与猛兽》。他将新思潮形象比洪水，将军阀比猛兽，中国现状算是洪水与猛兽斗，“是有人猛兽驯服了，帮同疏导洪水，那中国就立刻太平了”。胡适在表此文的“附记”中强调，是“很重的文字，很代表许人说不说的意思”。罗伦则称“光芒万丈的短文”。
蔡元培倡导科，但他反陈独秀诸人的唯科主义无视人类情感的重。他说：“知识与感情不偏枯，就是科与术，不偏废。”
蔡元培认，战的欧洲思界反省身文化的弱点，许者转向东方文化寻求帮助，是客观的实。“东西文化通的机已经了。我肯尽力就”。他指示北国研究所：“我一方面注意西方文明的输入，一方面应该注意将我固有文明输”，此必须“格外留”。蔡元培说：“鄙人中国将，全抱乐观”。假日，“中国文化，必与欧洲文化齐等，同的有贡献世界。”
蔡元培曾毫不讳言表示：“我生运动，素有一见，生在校面，应求最目的，不应有何等的政治组织。其有年在二十岁，政治有特殊兴趣者，人资格参加政治团体，不必牵涉校。”
1919年7月23日，蔡元培在《告北生暨全国生书》中一方面肯定生在五四运动中的爱国热情，但同告诫生不因政治问题牺牲业，呼吁同回教育救国的路，指：“吾国人口号四万万，此教育无、科无代，受普通教育者，百分几，受纯粹科教育者，万分几。诸君环境适宜，有受教育机，且有受纯粹科机，所树吾国新文化基础，参加世界术林者，皆将有赖诸君。诸君责任，何等重，今乃参加数国民政治运动故，绝牺牲乎？”
蔡元培亦反教师罢课。1922年4月9日，在国立八校教职员议蔡元培力阻教员罢教的提议。胡适在4月11日的日记中记载的情况：“前（九日）联席议主张延长春假，——实则罢课别名，——蔡先生亲席，很激烈的演说，坚执不肯延长，并说：果教职员坚执此议，他便辞职，但此次辞职，不是政府，是教职员。联席议的人虽很不满意，——因蔡先生说了许很爽直的话——但不抵抗。是昨日五校一律课，联席议的各代表一齐辞职。”
解放，钱端升即表文章说：“北京的由散漫，蔡元培先生是负一部分责任。”