蔡元培在1903年创办了《俄警闻》，1904年创办了《警钟日报》（由在提篮桥监狱的邹容撰写报头）。两报头版有评一则，畅谈国，蔡的手笔。1904年慈禧生日，蔡写了评《万寿无疆》，含意“每逢万寿，必定丧失土”。
蔡元培年青锋芒很露。他在绍兴中西堂校长，有一晚参加一宴，酒三巡，他推杯，高声批评康有梁启超维新运动的不彻底，因他主张保存满清皇室领导维新。说激烈，他高举右臂喊：“我蔡元培不。除非你推翻满清，任何改革不！”
蔡元培早年在革命很激烈。他办了两所校，一所是爱国男校，一所是爱国女校，他让男生搞暴动，女生搞暗杀（因女生不引人注意）。蔡元培主持爱国女校，教科书常渗革命内容，历史授法国革命史、俄国虚无党（无政府主义者）故，理化则注重炸弹制造等。在蔡元培办公室，就陈列着土炸弹。
蔡元培先生曾经是暗杀团的骨干员。早在《辛丑条约》签订蔡元培就萌生了反清志向。鉴孙中山领导的义一次又一次遭失败，蔡元培决改变反清的斗争手段。1904年春，由他在东京留日生中立了秘密暗杀团，图谋从暗杀入手，推进反清革命。
蔡元培认：暗杀需制方便、秘密、快速且容易伪装隐蔽的武器，他决制化毒药。制化毒药就需有懂化的人，他马将爱国女校的化教员钟宪畅、俞子夷吸收入团。俞子夷配制氰酸，蔡元培叫工友弄一猫，强令服了几滴，猫即中毒死。蔡元培又认体毒药使不太方便，易被人觉，改固体粉末更，是急书店买了一批药物、生药法医书籍，亲领导研究。
不久，蔡元培觉是炸药更一些，随即转向研究炸药。他带领研制组日夜攻关，终制了一体积、威力的炸药。另外，蔡元培认女子实行暗杀比男子更隐蔽些，因他在爱国女校特别注重化课的讲授，便培养暗杀子。此，由蔡元培研制的炸药，不断由暗杀团团员带回国内，清政府层官员频频遭暗算。
1904年前，浙江的革命党是各秘密活动的，互不统属。徐锡麟、竺绍康、王金等在绍兴、嵊县带，陶章在金、严、处一带，敖嘉熊在嘉兴一带活动，龚宝拴在日本东京一带。群龙无首，力量涣散，既无严密的组织，又缺乏行动纲领。龚宝拴等达海，与蔡元培治商，乃1904年冬立光复，推蔡长。蔡元培先特邀徐锡麟、陶章两人加入光复。1907年，徐锡麟在安庆壮烈牺牲，秋瑾因安庆件株连被捕就义，光复实力受挫折。1911年10月10日武昌义，海、杭州相继光复，陶章南洋归，不久海督陈其指派蒋介石、王祝卿暗杀海广德医院。陶章死，光复中有号召力的实力派有了。在海督陈其势力范围，沪各报陶的被刺不加评论。唯《越蠌日报》曾表评论略谓：陶死，各方反应甚微，唯有光复长蔡元培在南京陶举行追悼致悼词，痛惜备至，甚至泣沾襟。
1912年1月蔡元培任南京临政府教育总长。他在北京政府任职期间，袁世凯的擅权专制日益不满，表示不任此“伴食”阁员。7月，他同宋教仁等一同退内阁，不与袁世凯合。袁世凯他非常仇视畏惧。
护法运动中，蔡元培虽在反军阀统治、争取民主共政治与孙中山并无分歧，但他并不赞孙中山护法诉诸武力，主张应通平谈判实现国的统一。1918年10月23日，蔡元培与熊希龄、张謇、王宠惠等人立平期，超党派姿态，通电全国，呼吁结束南北分裂局面，减轻人民战乱苦，痛陈“慨国内构衅，忽已年余，强畛域分，酿南北局，驯至百政不修，土匪遍，三军暴露，万姓流离，长此相持，何立国。”他在致孙中山的信中表达了同的观点。
1922年4月底5月初，直系军阀吴佩孚、曹锟打败奉系军阀张霖，北洋军阀的首人物，蔡元培又站在由派知识分子的立场，希望在吴佩孚的统治，实现南北统一，建立一人政府。是年5月间，他与王宠惠、罗文干、汤化龙、陶行知、李钊等16人，联名表由胡适草的《我的政治主张》，认“中国所败坏步田，虽有原因，但人命清高是一重原因。”
与此同，蔡元培反孙中山的北伐主张，支持吴佩孚提的恢复旧国，请黎元洪复职的倡议。5月22日，他与梁启超、熊希龄、汪燮、孙宝琦、王宠惠、林长民、梁善济、张耀曾等联名表解决局意见的通电，称吴佩孚“伟路硕望，举国所仰，倘荷合力促，民国前途，实利赖。”6月3日，在席北京教育界举行的“六三”纪念，蔡元培与200余名代表致电孙中山广东非常国，认非法总统徐世昌已职，旧国即将恢复，护法目的已达，求孙中山“停止北伐，实行与非法总统同野宣言”。6月8日，又与王驹、李建勋、毛邦伟等10人代表教育界表通电，欢迎黎元洪复职。甚至在胡适建议他不电催促黎元洪莅京情况，蔡元培仍坚持己见，表示“西南方反旧国，揭一黎与孙待议，似亦未不。”蔡元培此举受南方国民党人的批评，但他依旧坚持己的立场。
蔡元培并不一概反生参加政治活动，认生不关国民族的命运，闭门读书。1923年他在欧游期间谈国内生运动的态度就曾明确表示：“校局的法是，果生的行不超公民身份的范围，果生的行怀有良的爱国主义信念，那，生是无指责的。校局此应正确判断，不应干预生运动，不应干预生运动是己生的责任。”
1932年蔡元培宋庆龄、杨栓（杏佛）等在海组织中国民权保障同盟，推宋庆龄主席，蔡元培副主席，杨铨总干，鲁迅是执行委员。“九一八”变“一二八”变，蒋介石先在北平、海等逮捕了很进步人士爱国生。在北平逮捕了许德珩、侯外庐、范文澜等，在海逮捕了陈独秀、丁玲许生，有外国人牛兰夫妇。蔡元培中国民权保障同盟的名义函电营救。1933年6月8日，杨杏佛，被国民党特务暗杀，蔡元培闻讯哭甚痛。