蔡元培在少年期，已名动公卿，曾被常熟籍的宰相翁同龢称赞：“年少通经，文极古藻，隽才。”
刘晓钢先生在实文源流的研究中说：“蔡元培的《论国文趋势》、《国文将》，便正式文章分实文术文（即艺术文）两类，始创立独立的实文理论了。”
傅斯年：凡中国人及若干人，在法律应，是先假定一人有罪，除非证明其无罪；西洋近代法律是先假定一人无罪，除非证明其有罪。蔡先生不特在法律此，一切待人接物，无不此。他先假定一人是善人，除非实证明其不。
周人蔡元培是同乡，他“从候就听人说蔡元培是一非常的古怪的人，是前清的一翰林，是同又是乱党。有一本他的朱卷，文章很是奇特，篇幅很短，了是不懂，但总是不守八股的规矩，听说他的讲经是遵守所谓公羊法的，是他的古怪行径的头。他主张说是共产公妻，话确是骇人听闻，但是实却正是相反，因他的人正是与钱玄同相像，是最端正拘谨不的人。他进德，主张不嫖，不赌，不娶妾，进一步不官吏，不吸烟，不饮酒，最高等则不议员，不食，很有清教徒的风气。他是从佛老，经科影响的无政府共产，又因读了俞理初的书，主张男女平等，反守节，那谣言，不是全无根据的了。是实呢，他老不殖财，有艳闻，谓知识阶级少有人物。我引老辈批评他的话，做一例子。是我的受业师，在三味书屋教我读《中庸》的寿洙邻先生，他九十岁的高龄，年逝世了；寿师母分给我几本他的遗书，其中有一册是《蔡孑民言行录》，书面有寿先生的题字云：‘孑民问德纯粹高深，平中正，世訾嗷，诚庄子所谓纯纯常常，乃比狂者矣。’又云：‘孑民德问集古今中外，实践，加不择壤流，不耻问度，谓伟矣。’”
杜威评论蔡元培：“拿世界各国的校长比较，牛津、剑桥、巴黎、柏林、哈佛、哥伦比亚等，些校长中，在某些科有卓越贡献的不乏其人。但是，一校长身份领导那所，一民族，一代，转折的，除蔡元培外，恐怕找不二。”
汪原放说：蔡元培貌温言，令人敬，吾国唯一人物。
冯友兰说：蔡元培是近代确合乎君子的标准的一人。曾子说：“托六尺孤，寄百命，临节不夺。君子人欤，君子人。”儒，“粥粥若无”，但是“亲不劫，近不迫，杀不辱”。“身危，志不夺”。的人，才是君子。孔子说“君子欺其方，难枉非其。”冯说，蔡先生的人格，是儒教育理的最高的表现。
冯友兰评价蔡元培：一介寒儒，书生本色。
傅斯年说：“蔡元培先生实在代表两伟文化：一曰，中国传统圣贤修养；一曰，西欧由博爱理。此两文化，具其一难，兼备尤不觏。先生殁，此两文化，在中国气象已亡矣！”
1943年3月5日，周恩领导的《新华日报》表了一篇题《怀念蔡孑民先生》的社论，指：“北是中国革命运动史、中国新文化运动史，无法抹的一名词。，北使人怀念，是蔡孑民先生的使人怀念分不的。蔡先生的主办北，其风，其就，确是叫人不容易忘怀的，确是中国的革命业有很的贡献的。”
北师生至今仍深情追着蔡先生的人格力量，说他“人接物，一是尊重他人的人格，决不愿意己的语言行动使人感一点不快不便。一是承认他人的理，无不平由方法互相了解或处理”。
林语堂1967年在《念蔡元培先生》一文中说：“蔡先生就是蔡先生。是北同仁的共感。言意，似乎含着无限的爱戴及尊敬，似乎说有二蔡先生。别人尽管有长短处，但是蔡先生一致，再有什说的。”
梁漱溟深有感慨说：“蔡先生的了不，首先是他认识人，使人，维护人。人，各尽其才，使每人己的热光，力量就了。”
郭沫若说：“影响鲁迅生活颇深的人，应该推数蔡元培先生吧。位精神博的由主义者，中国文化教育界的贡献十分宏，他鲁迅先生始终是刮目相的。鲁迅的进教育部乃至进入北京教育界是由蔡先生的援引，一直鲁迅的疾殁，蔡先生是尽了他世不渝的友谊的。”
蒋梦麟评论：“先生日常情温，冬日爱，无疾言厉色。处接物，恬淡从容，无论遇观推刃或引车卖浆流，态度一。但一遇，则刚强立见，言文，不肯苟同。故先生中庸，是白刃蹈中庸，非无举刺中庸。”
任鸿隽说：“在公义一方面，蔡先生却是特立不屈、勇往直前、丝毫不退、莫不假借的斗士。”
林语堂认蔡元培“软中带硬，外圆内方”。
曹建称蔡元培“骨子却洋溢着刚劲不挠的气概”。
陈西滢评价蔡元培是“代最有风骨”的“丈夫”。
蒋梦麟《试蔡先生写一笔简照》提：“先生做人，孔孟教，一本忠恕两字。知忠，不与世苟同；知恕，容人养宽宏度。”
黄炎培则“有所不，无所不容”八字概括老师蔡元培：“盖有所不，吾师律己；无所不容者，吾师教人。有所不，其正；无所不容，其。”
辜鸿铭罗伦说：“现在中国仅有的两人，一是蔡元培先生，一是我，蔡先生点了翰林，不肯做官跑革命，现在革命。我呢？从跟张洞做了前清的官，现在保皇。”
冯友兰说：我在北京的候，有听蔡元培的讲话，有见他哪生有人接触。他所生的爱戴，完全是人格的感召。讲究“气象”，譬说周敦颐的气象“光风霁月”。又程颐程颢写的《行状》，说程颢“纯粹精金，温润良玉，宽有制，不流，……视其色，其接物春阳温；听其言，其入人雨润。怀洞，彻视无间，测其蕴，则浩乎若沧溟无际；极其德，言盖不足形容”。（《河南程氏文集》卷十一）几句话，蔡元培完全适。绝不是夸张。我在一次进北校长室的候，觉满屋子是气象。
罗伦赞誉蔡元培说：“千百年，先生的人格修养，是人类向往的境界。”
北哲系教授韩水法在《世已无蔡元培》中感叹：无论做做不蔡元培的，寻觅不蔡元培的，或者简单蔡元培论的，面着一不乏讽刺意味的实：至今，就中国的改革展说，蔡元培依是一座望不及的高峰。世已无蔡元培！