七月，伴随芦沟桥变，抗日战争爆。
九月，告别湛山寺诸僧，乘船返回海。弘一师抵沪，晤挚友夏尊，并合影留念，又与夏尊、丰子恺、钱君等人在觉林蔬食处共进午餐。三，不顾友人苦苦劝阻，毅返回面临战火威胁的厦门，同行者有传贯、圆拙法师及由苏州的妙莲法师。
抵达厦门，师即居万寿岩。不久，师移居中岩，静修讲律。此间，厦门一带局势渐趋平静。
十二月，师离厦门赴泉州晋江草庵寺，妙莲法师陪同前往。
一九三八年一月，在草庵宣讲《华严经·普贤行愿品》，至二十日结束。
二月，移居泉州承寺，复讲《华严经·普贤行愿品》。，应泉州梅石书院请，在书院《佛教的源流与宗派》讲演。
三月，在泉州元寺讲授《般若波罗蜜经》。十三日在元寺慈儿院题《释迦牟尼佛法舍身》讲演，由吴栖霞记录并整理。
四月，在泉州城内清尘堂讲授《华严意》。
五月，刘绵松居士代表漳州佛教界邀请师龙溪说法，师遂四日抵达漳州，挂单南山寺。五月八日，厦门便告沦陷。
六月，离南山寺，漳州东乡瑞竹岩避夏。
七月，十六日在漳州七宝寺题《佛法意》讲演。
八月，二十周年际，回漳州城内尊元经楼，宣讲《阿弥陀经》。
十月，常法师漳州迎请弘一师回泉州，途经安海，在此弘法一月，在金墩祠宣讲《佛法十疑略释》、《佛法宗派概》、《佛法习初步》，此三文辑《安海法音录》问世。
十一月，回泉州承寺。是月，在清尘堂、光明寺等处宣讲《药师法门略录》、《药师法门修持方法》。
十二月，师在浙一师任教生、安溪县长石有纪访，师生相见，感慨万端，师书唐代诗人李益诗寄赠石有纪。
是年冬，在泉州元寺题《劝念佛菩萨求生西方》讲演。
是年底，泉州防区司令、有“嗜杀名”的钱东亮承寺拜谒师，师劝其戒杀向善，钱东亮恭敬领教。
一九三九年一月，在南普陀佛教养正院题《最□□》讲演。
是月，在泉州城郊清源山的一石洞中，静居三十余，方回承寺。
二月，在承寺闭关静养。其间著《云洞岩鹤鸣词记》一文，纪念明代儒蔡鹤峰。
三月，在泉州光明寺题《药师法门修持课仪略录》讲演。
四月，师由常法师陪同，乘车十四日抵达永春，准备在此入山闭关静修。十五日，由李芳远等陪同，游览永春著名风景区环翠亭。十六日，在永春桃源殿题《佛教简易修持法》讲演，李芳远记录并整理，在印行流传。十七日，由常法师、普济寺妙慧法师及在普济寺旁隐居佛的林奉若居士陪同，弘一师移居蓬壶普济寺山中，并未居普济寺，是居林奉若其安排的茅篷屋内。此，师是处安静修，共居五百七十二日，编著有量佛著，《四分律删繁补缺行钞》、《盗戒释相概略问答》、《南山律在备览略编》、《华严疏分科》、《受十戒善法》等，并撰《护生画集续集题词》等文。
五月，在永春普济寺题《药师法门一斑》讲演，由王世英记录并整理。
八月，历六月二十日，在茅篷内掩关静修，期一年。此间各方信件一概原封退回（极重者由常法师代拆阅回复），亦不接待任何人的访。
十月二十五日，系师受戒纪念日，由常法师代约请普济寺诸僧在寺中面晤谈。
十一月一日（农历九月二十日），系弘一师六十寿辰，是间，各方人士纷纷赋诗著文弘一师祝寿。广洽法师在新加坡请著名画徐悲鸿师油画像纪念。
十二月，致信李圆净，探讨《护生画集续集》的版宜。
一九四零年一月，继续普济山中闭关静修，因与外界断绝音信已久，各遂风传“弘一师业已在永春山中圆寂”，由林奉若及《觉音》杂志面辟谣，谣传方渐渐止息。
二月，八日（农历春节），恢复向求书者写赠书件，“凡本月三日前书件现即书写，本月四日者，须待夏季放香再写”。
三月，《戒律系统科表》编著完。同拟编著《南山律苑丛书》，海哈同花园主罗迦陵愿资影印版，遂将《盗戒释相概略问答》付印，并拟将《南山律在备览略编》分《宗体编》、《持戒编》、《忏罪编》三册，陆续编就版。
是年春，在编著部律著余，写有《傍生说三皈依略仪》等短文。
是年春，师肺病有复，身体状况每况愈，每日由两餐改早晨一餐。
八月底，掩关圆满结束，见王梦惺等访友。
九月一日，在永春普济寺题《普劝净宗侣兼持诵〈藏经〉旨》讲演，由王梦惺记录。
十月，请常法师致函在菲律宾弘法愿法师，建议在永春普济寺修建化身窑普同塔。