2003年9月，牟其中被改判有期徒刑18年。
在湖北省洪山监狱服刑的他一直有放弃己喊冤，国内法律界牟案的诈骗认定有很分歧。知名的法律评论、中南财经法院教授乔新生曾在2001年1月的《中国律师》表《牟其中辩护》一文，2004年，《南风窗》刊文《牟其中案迷雾重重难定论》。
据称，三次入狱的牟其中每的运动量惊人。他坚持每早绕着篮球场跑几十圈，午休就回爬楼梯几十趟，高度相一座纽约帝国厦。此外，即便冬他坚持洗冷水澡、做编的体操，每周供应的两次他却坚持不吃，此培养体魄，“有机狱间补回”。
牟其中在狱中十分关注中国企业界的动态。2003年，香港教授郎咸平批评“国退民进”政策，他写信批驳郎咸平论点，认“郎咸平公平幌子，却挟带着反国企产权改革‘原罪’论的货”。2004年，唐万新的“德隆系”崩塌，牟其中专门写信评论此，他引“武侯祠”的一副楹联：“攻，则反侧消，古知兵非战；不审势，即宽严皆误，治蜀深思。”2005年3月，他给《中国企业》写信，称“我更愿意《中国企业》组织极具争议的我，展公的调查讨论，我愿意己的血躯，再度中国民营企业的展铺平前进的路”。2008年全球金融危机爆，牟其中写《狱中书简》：“我赞此次金融危机是世界经济失衡的结果，危机根源归结华尔街高管的贪婪，是肤浅的。”
2010年，牟其中已满70岁，每次他从洪山监狱声音的候，中国的企业界仍倾耳聆听。
根据《刑法》81条规定，被判处有期徒刑的犯罪人，执行原判刑期1/2，果认真遵守监规，表现良，适假释。就是说，2008年的牟其中已经完全具备申请假释的资格。，在很长的间，他拒绝做甚至不愿意申请“保外就医”，因他“坚称己无罪，清清白白走”。2010年9月，据《中国企业》披露，在亲属的再三恳求，牟其中已向监狱提了假释申请书。