赵新先一直被关在守所，从未被投入监狱。2007年6月27日，他因“国有公司人员滥职权罪”，被深圳市罗湖区人民法院一审判处有期徒刑一年零九月。由抵扣羁押间，赵新先的刑期至2007年9月20日期。就是说，他认罪，在宣判两月就获由。面一审判决结果，他“在综合考虑”，决定不诉。
一年，赵新先顾问身份加盟南京营药业集团。该集团前身南京营制药厂，隶属南京军区空军司令部，2005年被永泰投资控股有限公司采溢价方式收购改组。此外，他受聘担任深圳清华研究院中药、药物研究中主任。
据熟悉他的人称，赵新先一直“有不甘”。他认，己年不5亿元的价格买入龙健康城项目，并因此获“滥职权罪”，2009年价已升至20亿元，“足证一决策的正确”。赵新先称是“中国最老的农民工”、“三无人员”。因军转民衔接不畅，赵新先的退休手续一直办不，有退休金、医疗保险，有产权房，在深圳住着三九集团的职工宿舍。年近70岁的赵新先在连尚有九十高龄的父母，谓仍须打工尽孝养。
有了赵新先的三九医药却呈现完全不同的命运。在被央企华润集团重组，公司更名“华润三九医药股份有限公司”。2008年，华润三九获评中国市公司价值百强企业，被列入沪深300指数、深证100分指数。2009年，公司实现营业收入48.53亿元。