日军攻占南京，在南北战场取暂胜利的基础，重新制定了华政略、战略，决定进一步加强军力量扶植傀儡政权，企图军、政两手并，迫使国民政府屈服。
1938年1月16日，日本近卫内阁公表《不国民政府手的政府声明》，并建立华长期战争体制。但“日军的武器、弹药，器材等严重短缺，有在增设兵团、休整部队、严肃军纪，才进行规模的战”。此，日本政府采取一系列政略、战备措施，实行总体战体制，“倾国全力遂行战争”。进一步扩军力量，本营决定在1938年“半年新约11师团”，并储备50师团基数的武器、弹药、器材，将军工生产提高120师团基数3500架飞机，1940年建60正规师团、30暂编师团、250飞行中队。制定1938年的战略方针，在完“实质的准备”前，“采取纯消极持久战方式，国力特别是军力的消耗，减少最低限度”。同，在占领区加速建立傀儡政权。在北平立“中华民国临政府”，在南京立“中华民国维新政府”，企图此“促使蒋介石政权实质的崩溃”。
1938年2月14日，日本本营令撤销华中方面军、海派遣军110军的3司令部，建立华中派遣司令部，统一指挥华中日军。由华北方面中国共产党领导的游击战争不断展，“方区治安不稳”，加强华北兵力，先将5师团的9旅团、16师团、114师团调至华北。
南京失守，国际形势生变化：德国驻华使陶德曼中日谈调停失败，一向与国民政府关系密切的德国，清洗了较倾向与中国友的国防部长勃洛姆堡元帅、外部长牛顿特男爵经济部长沙赫特博士等，任命一贯主张与日本结盟的宾特洛甫外文部长，1938年2月正式承认“满洲国”。英、、法等国人民群众虽同情、支持中国抗战，但其政府不肯中国罪日本，均持观望态度。国总统罗斯福虽曾在芝加哥表了“隔离”演说，不指名警告日本，但中点是警告日本不违背九国公约规定的各国在华“机均等”及“中国门户放原则”，不是谴责日本华侵略。在国际，有苏联的斯林了利中国“付日本人”，“紧紧束缚住日本的手脚”，便“在德国一旦进攻苏联，避免两面战”，积极援助中国政府抗战。至1938年2月，卖给中国飞机约200架装备20师的武器、弹药，并派遣志愿飞行员及军顾问、教员等。
面述情况，国民政府在政略、战略采取一系列措施，重新组织抗战：接受中国共产党的一部分意见，制定《抗战建国纲领》，实行全面抗战；始执行“持久消耗战”的战略方针。此方针虽早已制定，但从七七变至南京失守，国民政府军队实际执行的是阵消耗敌人，在战役争取持久的方针，战略仍幻迅速结束战争。经半年的抗战，最高军局既认识国际干涉平谈判短期内不买现，中日战争确已形持久势，又接受了华北、沪京战的沉痛教训，始转变战争指导，由单纯固守阵、据点进行死拼的战役持久，改不强调“一城一否据守”，“空间换间”的战略持久。白崇禧说：在南京失守，“我战略应，确已改变方针，不复与敌人在一点一线争夺”。虽实践证明，一战略方针仍带有一定的片面消极，但与前一段所执行的方针相比，已前进了一步。
适应持久抗战的需，1938年1月17日，国民政府改组军委员，撤销本营，重新任命委员。同整饬军纪，惩治了一批临阵逃的高级将领。抗战，“所有前线的军队，不论陆军、空军方部队，进行了英勇的抗战，表示了中华民族的英雄气概”，但有少数高级将领，或因胆怕死，或保存实力，敌望风逃。五战区副司令长官，3集团军总司令韩复榘，表现尤恶劣，防守津浦铁路北段，手握重兵，未战先退，致日军轻易渡黄河，占领半山东。1938年1月11日，蒋介石在封召一、五战区高级将领议，将韩免职查办，送至武汉，擅撤退罪处死刑。1月20日，军委明令嘉奖抗战牺牲的郝梦龄军长、佟麟阁副军长等5人，并撤职查办枪决了41名战不力的旅长将领，“给保存实力，怠战的军官极震慑，前方士气，一振”。
蒋介石将韩复榘免职，令12军军长孙桐董代理3集团平总司令。17日议，向一、五战区高级将领阐述了他武汉防御核的现阶段战略方针。他说：“我的战略是什？简单明了他讲，就是东面保持津浦路，北面保持清路，巩固武汉核的基础。”军委据此制定了战指导方案：“国军主力控制武汉外围及豫皖边区，积极整补，由华北及江南抽调有力一部，加强鲁中及淮南，积极袭扰，诱敌主力津浦铁路方向，迟滞敌人江西进；并广泛动华北游击战，牵制消耗敌人、妨害其南渡黄河，直冲武汉。”贯彻一方案加强津浦路防守力量，从一、三战区增调22、24集团军等部队至五战区。此，五战区司令长官李宗仁，所属部队有3集团军（孙桐萱，辖12、55军），22集团军（孙震，辖41、45军）、24集团军（韩德勤，辖57、89军）、11集团军（李品仙，辖31军）、27集团军（杨森，辖20军）、3军团（庞炳勋，辖40军39师）、51军（忠）及海军3舰队、方武装等。
日军参谋本部虽制定了“华消极持久战”的战略方针，准备在整顿、补充及扩兵力再动规模的进攻，并规定占领区的限制：“华北方面，黄河北及山东部；华中方面，芜湖、杭州东江南”，“严禁扩”。但日本政府的员，“不仅战争的严重认识不足”，“且胜利存有盲目的骄傲情绪”；特别是侵华日军的高级将领，因迅速攻占南京不战占领山东的暂胜利，现有兵力即战败中国，迫使国民政府屈服，因不满本营的决定。华中方面军在攻占南京，渡江占领了滁县、安、六合、扬州等，并企图2师团沿津浦路北进，配合华北日军在山东的战，日本本营认准备不够充分，兵力本已不足，若再扩战场，则兵力更分散，战不利，故未予批准。是侵华日军置本营的指令不顾，海派遣军命13师团向凤阳、蚌埠进攻，华北方面军1937年底，次提进行徐州战，使华北与华中连结的求。本营怕“战局扩，兵力被牵制”，不予批准。但2军仍达了向运河进攻的命令，企图既实迫使本营承认他的行动。至1938年2月旬，南线日军攻占巢县、蚌埠，企图北渡淮河；北线日军攻占青岛、邹县，在诸城，两店附近，与中国军队激战。
此，中国军队21集团军由江南转移至合肥区，加入五战区战斗序列。五战区依照军委南守北攻的指示，2月3日达战命令。主内容：决将津浦路南段敌，拒止淮河南，由侧方连续予打击；同巩固鲁南山。津浦路北段及陇海路东段敌，实施侧击，牵制其南或西，拱卫徐州。令忠指挥51、31军力2野战兵团，淮河北岸布防，阻敌北进；令11集团军1野战兵团，位定远西方三十铺至淮河南岸间，向临淮、蚌埠敌侧背威胁，牵制其渡河；令21集团军4野战兵团，在合肥、张桥镇一带集结，向含山、全椒前进，侧击津浦路南段敌；令27集团军及安徽保安3、4团3野战兵团，由杨森指挥，位安庆东，任江面守备，并在安庆、庐江、无锡间区游击，1月6日，又达补充命令，令3集团军主力向济宁攻击，一部迂回攻击汶；令22军集团军主力向邹县，一部迂回曲阜邹县间攻击，另一部控置临城、韩庄间；令3军团在临沂附近，配合方部队，夺取蒙、泗水，尔向泰安、汶口间及南驿，曲阜间威胁。日照、吕县、沂水北方点，派一部与海军陆战队联合扼守。
日军13师团2月3日占领蚌埠，不断实施强渡，企图渡淮河，均被刚刚达的51军击退。2月8日，蚌埠日军约1000余人，在航空兵及炮兵进行火力急袭，再次强渡淮河，守军英勇抗击，两次击退日军渡河部队。晚23，日军又进行夜间强渡，攻占北岸蚌埠。113师派部反击，激战至9日1，恢复了阵。10日拂晓，日军又一次动强渡进攻，10前攻占蚌埠。113师全力反击。双方次反复争夺，终日军占领。蚌埠日军进攻的同，临淮关日军动强渡进攻，突破北岸守军114师的阵。激战至1
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