了适应新的形势，根据中央关“迅速在西满、东满、北满划分军区军分区，将军队划分野战军方军”的指示，了便“分散安”，了各部队进关编制、番号较混乱的局面加整编，东北局首先将部队做了重新编制。
1946年1月4日，经中央军委批准，东北人民治军改称东北民主联军。总司令林彪，副总司令吕正操、周保中、萧劲光，一政委彭真，二政委罗荣桓，一参谋长萧劲光（兼），二参谋长伍修权，政治部主任陈正人，总勤部部长叶季壮、政委杨至诚。候，东北民主联军的总兵力已有27万人。了战的需，东北民主联军总部又分设前方总部（简称前总）方总部（简称总），总设本溪，前总则随林彪赴辽西前线。
在东北民主联军总部，立四军区：
北满军区（称吉黑军区）司令员高岗，政委陈云，参谋长李佑。北满军区又设五军区，即合江、牡丹江、松江、嫩江、龙江军区。军区直属部队是七师（由山东的七、八两师冀热辽的十九旅合编），师长杨国夫，政委刘其人。
西满军区（称辽热军区）司令员吕正操，政委李富春、黄克诚（不久改任司令员）。西满军区又设两军区，即辽西、嫩南军区。军区直属部队是三师（原新四军三师），师长兼政委黄克诚（兼），副师长刘震、洪智。
南满军区（称辽东军区）司令程世才，政委萧华、江华，副司令员罗舜初、曾克林，副政委莫文骅、唐凯，参谋长罗舜初（兼）。南满军区又设安东军区。军区直属部队是三纵四纵，三纵（山东的三师另外三旅组）司令员程世才（兼），政委罗舜初（兼）；四纵（由山东的六师五师组，初期称二纵三纵，不久合编四纵）司令员吴克华，政委彭嘉应，副司令员胡奇才、韩先楚。
东满军区（称吉辽军区）司令员周保中、政委林枫，副司令员陈光，副政委张启龙，参谋长陈光（兼）。东满军区又设三军区，即通化、吉东、辽北军区。军区直属部队是七纵吉黑纵队，七纵（由山东的东北挺进纵队改编）司令员万毅，政委周赤萍；吉黑纵队司令员曹怀，政委郭峰。
东北民主联军总部直属部队是由山东的梁兴初任司令员、梁必业任政委的一师，是林彪很熟悉的年八路军一一五师的老部队。此外总部有贾陶任旅长的炮兵旅、三军校（军政、航空校、炮兵校）。
各部队在东北局各分局各军区的安排，避了与敌人的正面战，分散乡村动群众，消灭土匪，惩办汉奸，展清算斗争（清算汉奸伪军的罪行，收回被他霸占的土粮食，分给贫苦农民），减租减息，建立政权，组织游击队民兵。
在清算斗争的基础，各逐步始分配拓满拓（即日本拓务省伪满拓政司组织的各拓团所夺占的土，在东北农村数量不少，很县在三分一，最高的在80％左右）给农民。1946年3月20日，东北局《关处理日伪土的指示》，决定“所有东北境内一切日伪产、拓、满拓，及日本人汉奸所有产，应立即无代价分配给无少的农民、贫民所有”。是东北全境展了分田运动。1946年5月，中共中央达《关清算减租及土问题的指示》。不久，东北局“七七决议”传达整东北，凡是我党控制的区掀了规模的土改革运动，截至1947年2月，东北区（南满除外）共有400万农民分土3160万亩，平均每农民分8亩左右。
东北局在不断总结各经验教训的基础，随着解放区的扩，不断土改革运动推向深入。1947年秋，彭真专门回西柏坡村参加了中共中央召的全国土议，将《中国土法纲》带回东北，进一步检查了各在土改革中的不良倾向，纠正了一些方现的“左”
倾错误，并在土改革的基础展生产运动。东北各解放区的土改革一直1948年春基本结束，所有贫苦农民人均分了7～12亩土（东北处在广人稀的期，老百姓习惯广薄收，有的方是轮式的耕，所占有的土比较），每40～70亩土有一头耕的牲畜。东北农村一场暴风骤雨式的运动，保证了东北解放战争的胜利。正陈云同志所说：
由东北进行了土改革，贫苦农民翻了身，我党才在东北站住脚，扎根，我的部队才有那充足的兵源，那充足的粮草式装备的国民党军队较量。
剿匪是东北农村中另一重任务。东北历就土匪名闻全国，的土匪是占山王、打劫舍的“胡子”主，现在的土匪则是国民党派遣人员联系的伪满军警、主恶霸胡子合流的政治土匪主。据统计，东北的土匪分16系统，属政治土匪，其中有国民党各名义所委任的正副“总司令”、“总指挥”32名，“军长”33名，“师长”158名。他趁日军投降、苏军在城市、我军初东北不熟悉环境的机，肆展，所，不仅杀害我军我党干部，竟连一整排的苏军敢杀害。我东北局员、中央政治局委员张闻我党新委任的合江军区司令方强1945年12月在苏军的护送，乘汽车从牡丹江佳木斯途中，就曾被土匪伏击，差点牺牲。
我东北部队三分一的兵力投入剿匪，追剿、堵剿、驻剿相结合的办法穷追猛打，力求斩草除根。1946年6月，东北局又专门达了《剿匪工指示》，进行了新的部署，全东北的剿匪工由民主联军总部统一指挥进行，重点是在北满。著名的侦察英雄杨子荣活捉“座山雕”的迹，就是在北满生的。
从1945年底始，一直1947年春，我军与各路土匪战1300次，共歼灭匪徒7.9万人，缴获各枪支5万支，使我军在东北农村中解除了顾忧。