接任院长，张亚勤始深入思考研究院展管理方面的各问题。尽管在桑纳福的候他就做与市场相关的工，但管理一研究院级别的组织，管理者的求无疑更高。张亚勤由“队长”正式迈向了“教练”的岗位。前一年的初创阶段，他工的核是尽快果，让别人研究院的实力前景。不在“跃进”的展程中遇了不少问题，“研究方向及研究院的长期展定位问题”、“国内研究员在应试教育环境中固有的思维习惯与微软研究创新的矛盾”等。现在，终有间解决些系统问题了。
张亚勤现，国内生的思维方式是问题。与他那代的生不同，现在的生更的是考试习，并不是己习。国内生从应试教育中一路走，老师考什就什，有考试，就觉习失了动力。一鲜明的例子是，研究院的很研究员英语笔试绩很，但是口语完全跟不，在进行国际流存在很障碍。是研究院请了北京的一位最优秀的外籍英语老师给培训，刚始有人，是的人越越少。张亚勤很诧异，就问原因。有年轻人反映说：“不考试，了有什处。”
，张亚勤有一次在碰新东方的创始人俞敏洪，他玩笑说：“你帮伙，生生说不了听不了英语的人训练了英语考试机器，实际是什不。”
年轻人习思维有问题，归根结底是国内术氛围的“畸形”所致。
国内的研究水平并不高，与世界水平的差距很。但是国内表的论文却在不断增，张亚勤说：“因知怎‘表’论文了。”
研究院建立初，张亚勤曾求每一研究员就何写研究论文、何才表论文等接受全面培训。本些培训是一流的研究服务的，但一些研究员却刻意追求表论文，就与高水平研究的初衷背驰了。
了将研究院的管理更加规范化，张亚勤围绕建设世界一流研究院的奋斗目标，提了“五五军规”，即“研究院每年在不同技术领域的全球‘前五’术议或杂志表不少5%的文章。”
一流的研究院，就在全球排名前5位的杂志或议表论文，不允许在其他方表，避免资源浪费滥竽充数。因在些全球顶尖的杂志或议，几乎有中国人的身影。张亚勤认：“够在些杂志表论文，那才叫做有影响力，才够称一流。”待术问题，一贯谦的张亚勤相严苛。
研究院的研究方向，张亚勤采取了“有所，有所不”的方针，再顶尖的研究院不在每方面做世界一流，因此张亚勤选择了图形、媒体户界面研究院的主攻方向，争取在些领域做世界领先，“选几方向是因研究院有优势，且代表了未技术的展方向。”
有是“名不正，言不顺”。除了研究标准方向，张亚勤研究院的职定位了明确的阐述。定位几乎所有企业研究院的本—“微软中国研究院是一基础研究院，但它所的研究是微软公司的产品服务的，所的研究必须满足四条件：一是一流的，二是主流的，三是有的，四是相关的。”
在张亚勤，四条求缺一不：一流就求做的研究果必须是新的，是前人有做的。1.2流，1.5流。主流就是做的东西是该产业或术的主流，不是边缘的。有则强调了研究果产品有影响，不是做了就有处，企业不是政府机构，有实价值的科研果果耗费了太高本，终究被企业抛弃。相关，是张亚勤从施乐公司吸取的教训，施乐帕克研究中曾经很了不的研究，互联网技术、激光打印机技术是从该研究中的，它是一流的、主流的、有的，但最终有被己的公司所采，施乐公司有从中受益。所，张亚勤给微软中国研究院的定位求一定是与微软产品相关的。
完了研究院的定位，张亚勤明确了研究院三方面功：一，研究院应该是科知识的一源；二，它应该是公司技术战略的智囊团；三，是公司核技术的孵化器。
些制度化，在研究院内部，张亚勤通写文章、讲座，及召座谈等形式，统一的思，进一步规范研究院的管理。
从接手研究院，张亚勤逐步摸索了一套IT企业管理的方程式，其中最著名的一是IT=IQ+IP（见前文）。在张亚勤，一IT企业，尤其是研究机构说，最重的有两东西：一是IQ，即智慧、聪明的人才，因唯有聚积了一批聪明的人才才够创造一流的技术；另一是IP，即知识产权，一视科技生命的公司，有知识产权，几乎有生存展的空间。有了IQIP，IT企业很容易取飞速的展，微软公司的崛就是最的例证。
张亚勤人才管理的认识更是有独处。他提：“一流的研究院不仅吸引一流的人才，表一流的文章，必须有再生力，有机制培养己一流的科。”张亚勤希望今研究院的科师是院主培养的，不仅仅是从外面聘请，所他研究院建立了一系列的培训及人才长机制，明日星、导师制度等等。
亚勤的话：
不论管理什人—国人是中国人，理服人。
一系列的举措使张亚勤一次彻底展现了己在管理方面的格局。它的确定，使微软中国研究院有了“根”“使命”，在随的互联网泡沫、全球金融危机等件的冲击屹立不倒，逆势前进，最终升级微软亚洲研究院，并微软亚太研集团的基础，微软公司在海外最的研究产品基。