汇报一月的2000年7月，张亚勤在新泽西的中度假。刚刚休息了两，李复打了电话。他声音显很沉重，说：“亚勤，我离了，全靠你了。”
张亚勤一回神，急忙问：“什意思？你哪儿？”李复被调回微软总部任全球副总裁，全力投入微软公司最新提的Microsoft.方面的有关工，他将微软中国研究院的棒子了张亚勤的手中。
张亚勤觉李复在玩笑，因研究院才刚刚步久。三，他结束了短暂的度假，回了北京。
2000年的8月2日，他正式微软中国研究院院长兼首席科，研究院的规模接近50人。
是新世纪的一年头，站在新点，整世界在注视着东方的中国。亚洲资深的政治、77岁的李光耀版了传《李光耀回忆录》，他预言：“中国有实现其2050年现代化经济国的目标，它将一平等负责任的伙伴姿态参与世界贸易金融活动，及世界重员中的一员。果它不转移教育经济两展中，中国很有世界二贸易国。就是中国50年的一构——现代化、信负责任的国。”
在即将加入WTO的利消息的推动，中国的宏观经济呈现良的态势。微软中国研究院在的氛围中，在张亚勤的带领，进入“新世纪”，始走向另一辉煌。
一年，比尔·盖茨微软中国研究院，的一切让他感回不神。研究院更像是一游戏软件生产基，像一科幻世界！“光子”、“量子”、“基因链”、“DNA”、“火药库”，些是议室的名字。墙啥有，的是白板，有些甚至有墙，有完了的白板。
是微软研究院，是艺术展览馆？
比尔·盖茨微软的其他高官渐渐清楚白板的字，那是一些莫名其妙的公式一些奇奇怪怪的字。
原那些白板是张亚勤记录员工瞬间灵感的。初研究院，张亚勤向李复提的唯一求，就是在他的办公室安装一块长四米的白板，便他记录己突的灵感。显，研究院的白板是初始创意的拷贝。
研究院的同张亚勤的评价是，他展示给员工的始终是积极的表情，他所有不确定所有挑战，做生活中的乐趣所在。他己轻松淡定的生活方式感染着身边的人，虽他从不说什激动人的话。
2001年11月，微软中国研究院展微软亚洲研究院（MSRA）。此举显示了微软公司中国及整亚太区经济展潜力的巨信本区信息产业展的郑重承诺。
二年的夏，国前国务卿基辛格率团访华，纪念30年前尼克松总统的“破冰旅”。微软全球CTO克瑞格·蒙迪他同行。克瑞格·蒙迪既是微软的CTO，是基辛格很的朋友。张亚勤公司的三四位同，陪同基辛格克瑞格·蒙迪吃饭，谈了很。基辛格回忆了他1971、1972年怎装病，躲汽车的面，飞中国，周恩总理谈判。
张亚勤说：“基辛格是中国打门中建历史一十分重的人物。他跟我讲了很的有细节的故，讲完，他兴致勃勃与我一北京饭店吃饭。了北京饭店的顶层，他回忆说1972年，周总理在儿指着北京的烟囱他说，我北京达。”
张亚勤站在基辛格身边，听他说很有意思。基辛格问他：“微软在中国做怎？”张亚勤向他介绍了研究院的基本情况，基辛格十分感兴趣，一些技术方面的情提了不少问题。克瑞格·蒙迪趁机邀请基辛格博士微软中国研究院参观。
基辛格很有兴趣，决定二早前往。二是星期六，本安排了由活动，游长城。他推却了，决定参观微软研究院。那，他带了医生克瑞格·蒙迪，研究院所有的管理者经理召集。那是在希格玛厦三楼的议室。
张亚勤先做了一些准备，打算先给他介绍现在研究的方向。基辛格则表示，先停一，在你始前，我问一，你是什的背景？致介绍一。每人回答了是在哪读的书。结果很有意思，“我一圈十几人是同的背景，全部是在国内生，在国读完博士，又回。”
张亚勤说：“基辛格80岁了，刚刚做脏手术。但听完的介绍，我他有一特别豪的感觉。我一群人是中建的受益者，我在中科技的流做贡献，我基辛格老人脸的那份满足感、那份豪感，他确实中门的放做了巨的贡献。”
一次，微软的CTO克瑞格·蒙迪肩负了重任，他代表微软与原国计委（现国改委）在北京签署了加强软件产业合谅解备忘录。根据该备忘录，原国计委支持微软公司与中国境内企业、科研单位、高等院校、国软件产业基等，展口投资、人才培养、技术等一揽子计划。
在微软的五年，张亚勤实现了比尔·盖茨的理，微软中国研究院变亚洲研究院，并推向了世界最前沿。2004年，微软亚洲研究院被MIT Teology Review评全球最顶级的计算机科研究院一。