就在清华因校长问题风生水的候，国际形势类似物理中核裂变的方式变化着。叶企孙刚从欧洲归国不久，便生了九一八变；在欧洲，德国意利正在酝酿着更的邪恶，人类世界的一场凄风苦雨已不避免。叶企孙梅贻琦似乎听了灾难临近的脚步声，他知不我待，了祖国民族的安危，务急是国培养更的救国人才。梅贻琦在任职仪式就说：“最我不不谈一谈国，中国现在的确是了紧关头，凡是国民一分子，不不关的。不我知救国的方法极，救国又不是一的，我日本图谋中国的情形，就知了。日本田中的奏策，诸位了，你他那处积虑，就该知我救国业的困难了。我现在，紧记国危急的情势，刻刻不忘了救国的重责，各人在己的位，尽己的力，则若干期，达救国的目的了。我做教师做生的，最最切实的救国方法，就是致力术，造有人才，将国服务。”（《国立清华校刊》341号，1931年12月4日）
叶企孙的年谱，九一八变，有关抗日爱国活动的记述渐渐频繁。
日本帝国主义在鲸吞东三省、建立傀儡政权伪满洲国，1933年初又派兵侵占了热河，直逼平津。南京政府一再屈膝妥协，5月31日与日军签订了《塘沽协定》。
1935年夏，日本侵略者悍动了华北变。日方津两名汉奸报社社长被暗杀遵化县县长支持抗日义勇军孙永勤部借口，5月29日向国民党华北局提无理求，并6月11日送“觉书”，详细列了各项求，提北平军分委员长何应钦代表蒋介石，日本驻北平武官高桥坦代表日本华北驻屯军司令梅津治郎，分别在“觉书”签字。在日本武力的恫吓，蒋介石又一次妥协退让，何应钦7月6日复信梅津治郎，表示日方提的各项求“均承诺”。就是史所说的《何梅协定》。11月，贪无厌的日本侵略者又积极策动“华北治”运动，妄图使冀、察、晋、绥、鲁5省正式离中国版图，二伪满洲国。
消息传清华，先是震惊，旋即纷纷掩面泣，己将失祖国，沦亡国奴恸哭不已。叶企孙知消息，更是忧忡忡，马找梅贻琦商议策。他激动说：“中国已经了生死存亡的关键刻，我不沉默了！”
国兴亡，匹夫有责，梅贻琦激动了：“我不做亡国奴！中国的最高府，我表明态度。”
是叶企孙、梅贻琦又联系了陶孟、胡适、张奚若等教授，由叶企孙草通电稿，几经修改，在电文签了己的名字，立即通告全国。通电全文：
连日报载通电，有谓河北局紧迫，求“治”。甚且有谓“危机四伏”，提议“保”者。同人等生长河北，深知各县并无此情形。所谓“治”求全系奸人所播弄，雇员所制造，绝非民意，此国难严重际，全国统一力量，尚虞不挽救，求一省保，岂乎？深望乡人，切勿轻听谰言，受人愚弄。迫切陈词，敬希公鉴！
严重的民族危机，使身处国防最前线的北平生感“华北，已不放一张平静的书桌”，一场波澜壮阔的爱国运动此拉序幕。
1936年11月3日，日本侵略军了震慑中国人民的抗日救亡运动，在北平城郊举行了一次规模的军演习。演习竟列队入城炫耀己的武力阵容。全城的市民了日本人的嘴脸，更加痛恨些侵略者。清华的同被悲愤的情绪所笼罩，中午在礼堂召了一次全校师生，并举行降半旗仪式，表明因祖国的沦陷悲痛绝的声。决议组织一次“灾区慰问团”深入演习区，揭露日本侵略者的罪行罪恶意图。
了打击日本军队的嚣张气焰，11月7日至12日，宋哲元将军统率的二十九军在红山口固安举行了两次军演习。清华的同组了三百五十人的慰问团，先奔赴红山口固安向士兵宣传，并赠送了批的慰问品。许同亲参加了士兵的冲锋演习军活动，并赠送给二十九军一面写着“国干城”的锦旗。叶企孙吴有训是次慰问活动的领导者，他积极称赞士兵勇敢杀敌的勇气精神，鼓励团结一致，树立信，保卫园。叶企孙士兵说：“你知《山海经》吗？那面有一不屈不挠的英雄，他叫刑，他与强的黄帝拼死抗争，黄帝砍了他的头，他仍脐口，两眼，双手提着板斧，找黄帝拼命。中国人有刑宁死不屈的精神，中国绝有希望。我相信有更的爱国将领像刑一同日本人顽强战斗！”
叶企孙的话给了前线将士极的鼓舞。
不久，日寇又指使蒙奸动“绥东战争”，爱国将士傅义率领军民奋抗战，在绥远区败日军，一举收复了百灵庙庙等。消息传了北平，清华园群情振奋。叶企孙非常激动，竟喜极泣。他知前方将士了保卫己的祖国蜂拥的日寇殊死搏斗，不惜石头砸牙咬的候，百感集，泪流满面。他号召清华师生捐款捐物，再次慰问前方将士。有十几位同组了“绥远前线服务团”，逆风前往战服务，许平从不做针线活的女同教授夫人参加了缝纫，前线战士赶制军衣。