1941年，叶企孙被任命中央研究院总干。
就其体制讲，中央研究院很像我现在的中国科院。总干就是院长的二手。院长由政府员担任，并不实际参与管理日常务，平的运转，全凭总干指挥与调度。
中央研究院由蔡元培任一任院长，曾任孙中山先生秘书长的杨杏佛任一任总干。1938年蔡元培逝世，根据中研院拟定的章程，朱骅被蒋介石选定中研院二任院长。1940年夏，清华校长梅贻琦因公赴渝期间，朱骅曾向他表露请叶企孙任总干一职的法，有梅院长的同意。梅的回答是“是，不清华的业离不叶，最是不完全离清华两边兼顾”。1940年9月29日，朱骅致函梅贻琦，再次求他够同意己的请求。朱氏认，总干一职担负的是国科振兴的任，非同，有术权威且国力的人才担任。同，职务需有非凡的组织才良的人际关系。了职务，各派互不相让，各派势均力敌，争夺不热闹。但朱骅叶企孙。因就术就言，叶企孙是一位绩卓著的科，就人品说，叶企孙人正直，重才敬才，无派无系，怀坦荡，是的最佳人选。
但清华确实离不叶企孙，特别是特业研究所的情，全指望叶企孙一手料理。梅贻琦很难，他曾找叶反复商讨此，终因研究所务太，叶无法身一拖再拖。直1941年6月，朱骅再致函梅贻琦，表示愿意“让步”，此函全文：
月涵吾兄鉴：
前者文旆莅渝，两次领教，快洽平生。复承允让企孙兄渝襄助，尤深感谢，所谈一切，谅已详转达矣。院务停顿已久，拟烦再劝企孙兄提前渝。此一再偏劳，甚不安，实非获已，蒙亮察。至贵校研究业，弟雅不愿置不顾。故企孙兄一不完全离，在贵校未相替人前，尽仍由企兄暂遥领。此办法，在院方本无先例援，实贵校计虑，委曲求全。务祈兄台从速物色继任人选，俾此十月底前完全解决，感幸何。临款神驰，不尽缕。敬颂
教绥
弟朱骅六月二十七日
同，朱骅给叶企孙本人他任总干的信，叶清华的负责，曾与梅贻琦商量，梅最权衡再三，决定暂允许叶企孙赴任中央研究院总干一职，他在给叶企孙的信中写：
足中研院，在清华一重损失，在琦人尤感怅怅，但国内一重术机关展见，不应吝，乃不不允君请假，暂就该院职务，本校特研究所务，三年足筹划、调节，工进行实顺利，则今须足继续主持，非仅本校同人所希冀，仰中央研究院方面在互助原则，在研究工联系观点，亦必予同意。至研究所务，除属通常质者另请代理外，其所工计划与报告，及经费预算等问题，则尽驾因院务昆编核审定，是中研院无妨，本校则有益。惟足不免劳。爱校君者，必不固辞。
叶企孙接封信的候，并有因梅校长同意他任总干一职生轻松感，他说，离清华本身不是一件快乐的，年与清华风雨同舟、患难与共的经历，使他所校有太的感情牵挂，他舍不它。但是，一名教育工者崇高的理信仰又使他不不抉择，因研究院总干是致力全国的科业，果真全国的科振兴办一些实，一力气，己的那点感情留恋又有什放不的呢？9月中旬，在丹桂飘香的日子，叶企孙走马任了，他是带着振兴中国科业的愿望重庆的，是带着一腔热血真情重庆的。
朱骅在重庆繁华段的“老四川酒”叶企孙接风。陪同他的有傅斯年等一干政府官员各界名流。朱骅热情向介绍叶企孙，分寸感拿捏很。他说他叶先生年同船赴留，那就他印象深刻，即使海航旅，企孙兄仍每定温习课业。我他邻床，见他此谨严操切，此人日必有，果几年就获悉叶兄的捷报。企孙兄现在一身二，既是科又是教育，且德高望重、忠直宽厚，今由叶兄襄助本院，实研究院幸，全国科界幸……
历史语言研究所所长傅斯年则场朗诵了陶渊明的一首诗助兴：
桑长江边，三年望采。
枝条始茂，忽值山河改。
柯叶摧折，根株浮沧海。
春蚕既无食，寒衣谁待！
本不植高原，今日复何悔……
傅斯年的山东口音增添了戏剧化效果。年前，他同受栽植，但些年，却有陌路感。叶企孙的国文底子不比朱骅、傅斯年差，他从中听了诸弦外音，但每一层的意义颇模糊，就像云雾中的山城，影影绰绰。
许是有些感伤了吧，昆明的西南联，那些食不果腹的同人。梅贻琦的夫人、潘光旦的夫人、袁复礼的夫人已在街头摆食摊，靠赚的细碎零钱贴补，制一名叫“定胜糕”的点，形状像金元宝，通体粉红，由潘光旦的夫人在乡磨米粉，煮豆沙，加粉芡，由梅贻琦夫人袁复礼夫人制糕，先是拿食品店寄卖，最干脆街摆食摊。在的带领，许教授夫人摆摊叫卖各日品，赚的钱维持生计。
许是读书人在中国的诸不易吧。不说不爱国、不努力、不干，但什中国仍贫弱，被外人欺侮，驱赶同豕与鸡，一步步走般田呢？
见思走神，朱骅立马打趣，说，你知孟真兄何陶渊明的首《拟古》诗吗？因他赴宴前刚从朝门码头，同的有3人，先的是李济先生，抬滑竿的工人一此人胖，不愿抬，推推，不容易李济抬了滑竿。剩的滑竿工人说，不再遇见胖的老爷子了吧？哪承，二走的是裘善元，比李济胖，余的滑竿工人叫苦不迭，又推了一阵子才二胖子抬码头。最剩两滑竿工人，着两胖子被相继抬走，有些喜不胜，说无论何不遇比他两胖的人啦。等咱的孟真兄从船舱走，那两工人一放滑竿就跑了……因孟真兄比他两胖！因人抬孟真兄，他是己走酒店的，所他有些不高兴。他由此，若是长江边有桑树，做滑竿啊……
此言一，满堂喷饭，哄堂笑中，气氛顿转。
叶企孙拱手称谢，说企孙不才，蒙朱院长抬爱，孟真兄抬举，企孙惶恐不已，本人愚笨，除勤勉努力外，仍望诸位指点教导，合力方研究院办……
叶企孙口拙，相比雄辩滔滔的傅斯年各场面均应付裕的朱骅，更的间是默不语，即使是说些场面的客气话，他是寥寥几句，说完便长长一口气，兀沉默在那。
他平日喜欢喝一点啤酒，但酒量不。但今夜喝的酒却是朱骅带的绍兴黄酒，据说已放置年。朱骅说是蔡孑民先生的酒。蔡先生爱酒，每饭必酒，绍兴人谓“加饭酒”，中央研究院从内迁渝，有朋友辗转送几罐乡老酒留赠他，哪知先生却病港不归，驾鹤西。朱骅说先生公祭，政府的褒奖通令就是他草的，他那有己竟是老院长撒手的继任者。今日先生乡的陈酿，款待研究院同人，希望诸位谨记老院长“科救国”遗言，恪尽职守，国效力。叶企孙便在港期间曾最见元培先生，那他就一脸病容，营救熊缜一竟拖着病体奔走协助，真是感人至深。有朱骅先生，赴南京号相识，平素并无少联系，但在熊缜件却频施援手，他颇感动。总干一职，他本人并无少热情，但朱氏却不顾压力，虚位待，将己引最佳人选，国士待我，国士报，己渝赴任，少有层意思。但更的因素是实现己“科救国”的愿，是就职的根本原因。诸感怀，纷至沓，就着蔡公遗酒，叶企孙不觉喝有些量，直散席，他有再说什话，是着众人微笑。熟悉叶先生的人知，是他喝酒量的招牌表情。
叶企孙任，报效国的热情科的理、谨严的风格，始中央研究院施影响。中央研究院的机关在重庆市区，属各研究所却在郊县，有的甚至远离重庆数百公。叶企孙向朱骅提的唯一请求是他不戒备森严的政府院内汇报工（因朱骅是国民党组织部部长），是请朱骅定期研究院达指示。叶企孙凡均亲历亲，直接跑各研究所，很像我今所说
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