叶企孙渐渐感他被抛弃了。
他仿佛嗅了那场即将的风暴的气息。
果不叶企孙所料，1952年，全国范围内的高等校院系调整始了。了习苏联老哥，中国高校教育进行了全国一盘棋式的改革，提了“培养工业建设干部师资重点，展专门院专科校，整顿加强综合”的调整方针，将北京工业院、燕京工业科系并入清华。清华文、理、法3院并入北京。
凭着教育的经验，叶企孙知，全国一盘棋的做法虽全国环境说有一定的处，使一些处边远的域有展教育的机，但清华、北的重点综合，却是一次伤筋动骨的肢解，应该具体问题具体分析。清华的理工结合在历史是经长期努力才形的，其中蕴涵着几代人的血智慧，有一流的理科就有一流的工科，是经实践证明的。国麻省理工院就是最的例子。早在20世纪30年代，国麻省理工院校长康普顿就意识了单纯的工科培养一般的技师工匠，及将校改造理、工、文兼容的新型理工，才有了现在誉满全球的麻省理工院。每一门专业分具体化的做法势必造生知识结构单一、缺乏创造的弊端，生的长极不利，必定国的展埋隐患。像清华的具有理、工、文、法、农、医等院的基础较的校，果采取添砖加瓦的做法，不是分、拆的办法，效果更。清华的许教授建议叶企孙向中央反映一情况，并写了一“清华”的教改方案。叶企孙何尝不保住众教授合力共创的清华业，但他那已“人微言轻”了。“局重”的思使他忍痛割爱，将“清华”的教改方案压了，他曾他一办公室的樊恭杰说，他“感情很难”，“不政府既已决定，政府有政府的法，我应该尊重，应该按政府的决定做”。
据叶铭汉先生的回忆，叶企孙内是不同意一套做法的。他认并不是改革，是“革改”，就是搞社革命那一套统领一切，完全不懂教规律，是不科的。但候的他已是壮士暮年。认他落伍了，跟不代列车了，他已经不信任了。一彻骨的凉意滋生，经运动，他三缄其口了。
就，1952年的10月4日，清华的文、理、法3院在强制的措施被迫迁往北京，北京的工院并入清华。在清华一次典礼，北京的校长马寅初曾说的话：“今我祝贺清华、北结婚了。你的教务长我了，我的教务长你那了；你的文院、理院、法院我了，我的工院你那了，不是结婚了吗？”全场般精彩的讲话爆隆隆的笑声。但是久，带有苏联基因的新清华便在隆隆的笑声中暴露了严重的弊病。
1952年的秋似乎比往年格外早。连日的暴风骤雨使本就很少说话的叶企孙变更加沉默。除了每日必不少的办公、外，在北镜春园很少他的影子。些，康生、陈伯达流借苏联李森科的说，在术领域搞阶级斗争；生课，不讨论与习相关的，谈政治；教授不搞教研究，整集合在一批判，批判爱因斯坦、牛顿、麦克斯韦……有什人再注意他与政治轨的老究了。有候，叶企孙坐在他的那有着玻璃窗的书房，着窗外一一变黄的老树日渐变少的鸟突生疑问，植物在冬因寒冷凋谢，鸟儿在冬饮食南飞，什人类不因环境的变化冬眠呢？他经常穿着一件褪色的灰布长衫，坐在那望着窗外，一望就是一辰，一句话不说，一动不动。本，已命年且无儿无女的他早已习惯了孤独，习惯了在空旷的房子枯坐、冥，但是最近一段的光却使他倍感生命的枯燥。他并不在乎他的批评，但他不明白清华的治思什受批判！什一些人因一己恶不顾国前途？什众所周知的理在一夜间变了模？
叶企孙不明白！
叶企孙北京，由他在“思改造”运动中的表现，已不再让他担任什行政职务了。恰恰合了叶企孙的愿。他在一期专教，在1953年一年就教光、理专业普通物理，气象专业普通物理、气光等等。够己的所知传给人，那候的叶企孙已经算是一奢望了。
1954年9月，叶企孙全国人代表席一届全国人民代表。1955年，中国科院立，叶企孙选部委员（即今的院士），并中科院数理化部委员，任北物理系金属物理及磁教研室主任。
些教外的光环，原本是他不愿接受的，失信任许久的他说，它的却他平添了继续工的动力。20世纪50年代，我国的磁专业处步阶段，了在己的有生年尽快使门新兴科在中国扎根，叶企孙又一次始了艰苦创业。叶企孙一生重视实验工，从磁教不例外。他初创建清华物理系的经验精神又一次投注了北的磁工中，并亲指导磁组的实验教。磁实验室有40平方米，由胡国璋先生具体负责，但叶企孙从实验设备、运转工情况亲临，关备至。刚刚毕业的助教，叶企孙更是精培养。在他的，一名教师的教水平决定着他的生的知识水平，他的生的知识水平又决定了一代生的知识水平，有严格求每一位教师，中国的教育才青蓝胜蓝，一代更比一代强。所他的一批磁专业生他的助教的候，叶企孙再一次表现了他在培养人才方面的卓越独。从他的生、我国最早的磁专业毕业生戴生身见一斑：
我毕业在磁组任助教，叶企孙就我负责建立一套sucksmith环称，测磁化强度，他亲指导我徐诚同完件工，从原理实际设计方案认真问，完应效果进行考察。由张翔先生在1955年调教物理，除了实验室的工外，叶先生我准备“磁分析”课，是磁材料基础实验技术求较高的一门课，刚毕业的我说难度确实很，叶先生经常我他那汇报准备情况，我所遇的问题疑点，耐讲解，具体帮助，亲我查阅参考书资料，指注意的关键。在半年备课程中，我在磁基本理论实验技术方面打良的基础。
叶先生年轻教师很严格，很关他的长，在教科研方面很重视，认不搞科研教书不专门的教师。因此，在我始助教生涯的一年，叶先生就我科应物理所（在东皇城根，现在物理所的前身）跟潘孝硕先生研究ni-au合金的溶磁问题，每周两。，我既教实验（中级物理课三段），又准备讲课，同兼顾科研，工量很，每早7点晚12点，连星期极少休息。记毛主席关身体、习、工的号召刚表，求青年人在德、智、体方面全面展，我在午进行一的体育锻炼，叶先生此很拥护，认年轻人一定有健康的身体才胜任繁重的教科研工，他向我介绍了他的养生经验，他身体很，极少有病。他很关同的健康，记比我低一班的萧国屏同身体不，叶先生就他订了牛奶（很难订，市面买不），他每喝牛奶。（戴生《回忆叶企孙老师我的培养》，见《一代师表叶企孙》，212-213页）
其实叶企孙喝牛奶的岂止萧国屏一人，在20世纪60年代国处极度困难期，许同因营养不良体弱病，影响习，叶企孙就利国高级知识分子的生活补贴，每月购少量特别供应食品，让他的生他拿。林风就曾在一次拜访叶先生碰巧了一幕：叶先生一包包白糖奶粉分别分给他的生。等生走，叶先生林风说，些年轻人很努力，习工很，但有什照顾，我点东西很少，够他几日子，有点补。
张翔《回忆叶企孙先生》一文中说：“叶先生很爱生。我班毕业，他分批请我他，拿糖果点给我吃……他有结婚，住房比较宽裕，有就让他的生住在他的空房。在清华让孙良方住他；在北让杨海涛住他。院系调整，北住房困难，叶先生主动房子让给梁宝洪住。1961年困难期，吃不饱，我患浮肿。叶先生见我的脸色不，曾让我
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