鲁南战役一阶段胜利结束，中共中央军委一阶段的战方针做明确指示。1月5日毛泽东致电陈毅、粟裕，并告刘伯承、邓平：
一、彻底歼灭26师甚甚慰，全军将士传令嘉奖。
二、二步任务歼灭冯部2师4旅，估计追击战方式解决一部，但全部解决并收复峄、台、邳堡垒线，或需一周间才完任务。
三、述任务完，鲁南全军应在峄、台、邳线附近区休整两三星期，补充新兵，恢复疲劳，准备再战。
四、此薛岳必从苏中、苏北抽调10旅左右及从他处调动几旅（例64师、14师等），估计共有15旅左右布防陇海线并企图恢复台、峄线，其间约需三星期。
五、在歼灭冯部，占领台、峄，并休整部队，你任务就是歼灭陇海线或其南北区新敌，在一线打仗展军，打更的歼灭战。那你应集中40团左右兵力并有充分准备，期一次歼敌五六旅。
六、因此你在占领峄、台、邳不轻动，不打海州，不打74师、11师，休整部队，巩固胜利，并吸引74师、11师（有4师、44师等部）北你面前适区，歼灭最有利。
七、有吸引敌人北再打三四宿东、鲁南的歼灭战，苏中、苏北失才收复。不在未歼灭敌人主力前早企图收复失，收复峄、台线目的在创造战场。
八、在歼灭冯部占领峄、台，着创造战场目的，考虑歼灭51师，占领枣庄，前锋运河控制陇海线。9纵全部应淮北睢、宿、灵、泗区恢复工。皮旅应盐阜区，坚持工。2师、2纵、7师（共20团）亦应休整补充，准备参加新的战。沭阳暂的失，无足轻重。总一切打歼灭战目标，望按此方针部署工。
根据毛泽东的指示，实现鲁南战役二步歼灭冯治安部的任务，陈毅、粟裕3日晚即达追击冯部的预先号令：右纵队全部进袭峄县；1纵队南四户、岔河镇、邳县，截击整编59师；华中野战军1师即沿兰陵、台儿庄公路两侧进逼台儿庄，并抢占台儿庄西的万年闸，截断整编77师退路；各部应4日全歼整编26师晚立即行动。
但各部队连续战，乘胜扩战果的认识较差，且各部均有批俘虏及战利品拖累，迟迟不动。虽经严厉督促，5日晚才始动，战机已失。冯治安部已5日迅速撤回运河西原防固守，未截断冯部退路。台儿庄工坚固，不易攻歼，且整编11师6日从宿迁全部西调，有北援。因此不不放弃歼灭冯部的计划。
陈毅、粟裕根据前实际情况及中共中央军委在鲁南创造战场，打歼灭战的方针，配合刘伯承、邓平军南陇海，威逼徐州的形势，乃决定转移主力，攻取峄县、枣庄，全歼国民党整编51师，辟鲁南战场，具体部署：
4、9、8师警备旅攻歼峄县敌；华中野战军1师攻歼枣庄敌；1纵队附13旅控制峄县南文青山、望仙山、白山一带阵，准备打台儿庄、韩庄北援敌；10师控制临枣线阻敌东援。
确保峄县、枣庄战斗胜利，调2纵队、华中野战军6师移陇海路北郯城、码头，并西进兰台路东、沂河西区，隐蔽集结待机，侧击台儿庄敌北援；7师则沭阳沿路阻击南线敌北进至新安镇。指挥方便，由粟裕带华中野战军电台组临指挥所，亲临峄枣前线指挥；陈毅带山东野战军电台留兰陵附近，处理战利品及部队整编宜。