金门战役失利，是“解放战争的重损失”。解放军两批登陆部队（3团9000余人）6000人英勇牺牲，3000人被俘。国民党军伤亡7000余人。蒋经国战由台北飞往金门“劳军”，不禁哀叹战场印象：“俯瞰全岛，触目凄凉”，“遍尸体，血模糊”。（《蒋经国述》，298页）
三野在检讨失利原因指：此次金门战役失利，“不是由敌人的强或顽强，是由指导思（重厦不重金）、（轻敌急躁），缺乏细致的组织工与技术的充分准备，受气候变化及理条件的影响，续部队不继续渡海登陆，致众寡悬殊，有此惨痛结果”。（《三野战军政治部关金门战役失利的政治工指示》）
具体说，主原因有：
一，准备工失策。
10兵团司令员叶飞回忆说：“表明金门尚未解放，我即将兵团部移驻厦门，是一失策，因影响了解放金门的准备工。”所生失策，“是因轻视了金门，认金门有什工。”（《叶飞回忆录》，解放军版社1988年版，598页）
二，麻痹轻敌。由进军福建战十分顺利，及攻击厦门的胜利，从主观产生轻敌麻痹的思情绪。
三，缺少渡海登陆的经验。由陆战向海战的转变，及渡海战的困难认识不足，缺少渡海登陆的经验，“3半团9000人进攻金门岛敌3万人，无援、无粮，被敌围攻，全军覆灭。”（《毛泽东军文集》6卷）
四，缺乏战的统一指挥。毛泽东认，参加金门战的“是3不同建制的团，又无一统一的指挥官，由3团长各战。”（《毛泽东军文集》6卷）
金门战役失利的教训是极沉痛的，它再次证明了毛泽东、朱德的名言：“战略鄙视敌人，战斗则谨慎”，“弱敌做强敌打”。
叶飞在总结一战役失利的教训谈：
一，是船不够，一次运载3团，少的宝贵船又在一批登陆搁浅在海滩，全部丧失，致续二梯队完全无法登陆。
二，就是违背了渡海登陆战的规律。渡海登陆战，无论你兵力，首先夺取巩固登陆滩头阵，才向纵深展……28军登陆，首先夺取了金门古宁头滩头阵，是的；但是，一梯队登陆部队有立即构筑工，巩固滩头阵，续二梯队尚未达，一营兵力控制古宁头，就向纵深展，又犯了违背渡海登陆战的规律，犯了兵忌。
三，一梯队3团的兵力登陆，竟有一名师指挥员随同登陆统一指挥。从宏观，攻金门失利的教训在，在现代战争的条件，有制海权、制空权，实行规模渡海登陆战是非常困难的。（《叶飞回忆录》，606～608页）