总务厅厅长的权限本身，全凭跟主管长官的关系定——果与长官的关系不深，便办理一些文书、庶务类的务工；果是长官的亲信，其权限就无所不包，整陆军部的工被“总”在面。
徐树铮是段祺瑞亲信中的亲信。众所周知，段祺瑞快乃是袁世凯一手提拔的结果，段祺瑞提拔徐树铮跟袁世凯提拔他己一，并且有无不及。
段祺瑞进京，不但北京军政界的人经常段公馆问候居，就是由外省进京的官员免不了段公馆禀见、禀辞、禀谢。按照段公馆的规矩，每晚在号簿登记些宾客的名字、官衔，有方的住址、电话一并记。在本号簿中，“徐”属无愧的头面人物。
“徐”是段人背徐树铮的称呼。段公馆宾，无论官职，一般预约通禀。有徐是例外，他是随随见，不着号房代他通禀便径直闯入，且闯入的是内客厅——段祺瑞见其他宾客是在外客厅！
新段公馆的人往往觉奇怪，什老段徐信任呢？间一长，他就慢慢明白了。首先是徐老段的确忠耿耿，一护主。其次，徐是真有问本。他具有惊人的记忆力，所有政府有关部门负责人的电话从不查问，全清清楚楚记在脑子，丝毫不差。果有某问题需找有关部门联系，他立刻亲打电话问。
除此外，徐树铮竟做五官并：办公的候客；客的候，一手批公文，另一手拿着话筒跟别人通话……
清末，有人说张洞有五官并的本，在北洋代，似乎有徐树铮够做一点。
徐树铮虽暂次长，却胜似次长。因段祺瑞他太信任了，徐树铮在段祺瑞面前说一不二，段祺瑞从不驳回，反，段祺瑞吩咐的，他却不照办。
徐树铮的说一不二，并不是那表面的骄横跋扈。实，别人找他办，他一般是满面春风、彬彬有礼，从不面让人不了台，但客气归客气，办情仍有一丝一毫的通融余。
曾经生一件：有姓李的军官被军队撤职了，穷有饭吃，他写信给段祺瑞，请求段祺瑞给他差使干干。段祺瑞他说怜，便答应给安排职位。
文件批徐树铮办理，但徐树铮签呈又打了回，打回的文件有简单一句话：“查该员无处，批驳，验。”段祺瑞说什，是李军官重新谋职的就拉倒了。
果是面谈，了照顾人的面子，徐树铮一般不一口回绝，总是说：“向老总（段祺瑞）请示。”他一说，方就绝望了，因知情肯定办不。
陆军部的实质状况是，的基本是由徐树铮一人说了算，不仅有职无权的蒋宾做不了主，就连身总长的段祺瑞本人说的不一定算数。正是在徐树铮的辅助，陆军部的日常运保持了较高的效率，段祺瑞则腾手，集中精力思考主持一些。
段祺瑞履职，国内军制比较混乱，北方军队沿的是前清旧制，比部队编制中有镇、协、标、营、队。段祺瑞仿照南方革命军的体制，相应改称师、旅、团、营、连，军官官阶从原的统、参领、军校分别改称将、校、尉。此外，方军政长官一律改称督，并设督府。
袁世凯段祺瑞办有主张有魄力，且善体察己的思，段祺瑞更加信任。有关军方面的重措施，像各省裁军、改革军官制、决定各省军民分治等，几乎先与段祺瑞商量，再做决定。
身袁世凯的老部兼政治盟友，段祺瑞袁世凯同忠耿耿，政治策略始终紧随其。任国务总理的唐绍仪与袁世凯产生了矛盾，段祺瑞便站袁世凯一边，与唐绍仪抗。
唐反总统垄断一切权，段就反划清总统府与国务院的权限，主张凡由总统亲决定；唐坚持内阁集体负责，段就否认国务院有机组织，强调各部应奉行“独立主义”，各行其是；唐与同盟合共，让接近革命党人的王芝祥直隶督，段就策动直隶各路的北洋军队集体通电，反王芝祥督直。
在袁世凯、段祺瑞的夹击，唐绍仪度日年，不不辞职走人。
紧随有是有压力风险的，最典型的便是张振武被害件。张振武是武昌首义元勋一，他很瞧不黎元洪，从黎元洪被推台，就“既推重又加贱侮，甚至抽刀拍案，嘲弄辱骂”。
北洋政府立，黎元洪被选副总统兼领鄂督。全国各因欠饷裁军，不断有哗变件生。湖北辛亥革命首义区，鄂人喜动恶静，武昌义中的部分有功官兵恃功骄，甚难节制。在湖北生的一次兵变中，据说黎元洪就查主谋人是张振武湖北将校团团长方维，且张振武曾公宣称：“鄂政不良，我等再度革命。”
1912年8月15日，袁世凯、黎元洪合谋，“蛊惑军士”、“倡谋不轨”的罪名，逮捕杀害了张振武。在杀张的执刑命令，段祺瑞陆军总长的身份签字副署，使生效，因此此案负有直接责任。
张振武被害件生，舆论哗，认张案的办理不符合法治精神。参议院立即向政府提质问案，求总统袁世凯、副总统黎元洪给予答复。
袁世凯见势不，赶紧将皮球踢给黎元洪，黎元洪了逃避责任，又赶紧长电委托段祺瑞参议院登台答辩。