1913年12月8日，段祺瑞南武汉拜访黎元洪，宣布北归，黎元洪江送行。火车站，段祺瑞车，黎元洪则留在车并就此乘车北。
整计划衣无缝，且先被高度保密，仅段、黎及一两高级幕僚知实情。
送走黎元洪，段祺瑞即奉命暂代黎元洪的湖北督一职。早在辛亥革命，他就署理湖广总督，现在中央员身份兼任方，人敢说不行。
按照黎元洪临走前留的计划，段祺瑞湖北军进行了整理。由行动周密，准备充分，一切程序进行非常顺利，因黎元洪北在短间内掀的波澜迅速归平静。
不两月，已稳住湖北局面的段祺瑞又被袁世凯调回北京，付另一患——白朗义军。
白朗义是北洋代规模最的农民义，同是中国历史最一次农民义。义军在河南揭竿，“打富济贫”口号，应者云集，声势浩。其影响广，连南方的国民党此引重视，“二次革命”期间，黄兴就曾写信给义领导人白朗，求配合讨袁。
中国古代的农民战争虽称革命，但义领导人的政治诉求基本局限“风水轮流转，明年我”，且义本身社经济具有极强的破坏。据记载，白朗军在占领洮州，城中所有房屋半被付一炬，葬身火海者不计其数。老百姓在争相逃的程中互相践踏，各城门“积尸高至数尺”。白朗军因此被称“狼匪”，领导者白朗更被称“白狼”，见其在人眼中，行几与土匪无异。
北洋政府立，袁世凯调动军队白朗军进行方“追剿”，但白朗军不但未被消灭，反日益壮，三年间经略中原，征战千，破城四十余座，夺关隘无数，引朝野一片惊恐。
负责“追剿”白朗军的主将是河南督张镇芳。张镇芳在清末考中解元（即举人一名），读书应试是一手，唯不知兵，袁世凯的话评价，乃“一介书生”。在他的指挥，许参加“追剿”的北洋正规军受了很损失，甚至有全军覆灭的。
由张镇芳“剿”办不力，袁世凯决定免他的职务，由段祺瑞兼任河南督，全权指挥白朗军的“围剿”。
1914年2月，段祺瑞赶河南信阳，召鄂豫皖三省剿办议，并在制定了“不在急击使散，在合围聚歼”的战方略。
白朗军历的农民义军一，具有战灵活机动的特点，一旦散，官军根本就抓不住。冯玉祥参加白朗军的“围剿”，他回忆那经常从司那接十万火急的电报，一儿说白朗军了，一儿又说了那，弄他疲奔命，乃至不知方是“打哪窜走的”。
段祺瑞取“合围聚歼”策，是吸收了曾国藩“剿灭”太平国的经验。同，陆军总长的身份，使他在调兵遣将运裕——陆军部前共抽调了北洋正规军三省方军数万人，已足形合围势。
由袁世凯担陆军总长一直在外，反让各国驻华公使白朗军更加重视，从影响他及北洋政府的声誉，所在段祺瑞尚未完“围剿”目标，就将他调回北京。虽段祺瑞亲手消灭白朗军，但他所主导的各省“剿”是白朗军逼入了不归路。几月，白朗中弹身亡，白朗义失败告终。
就在段祺瑞不辞辛劳，替袁世凯鞍前马东征西讨的候，二人间的裂痕却在不断扩。
袁、段的矛盾不是一朝一夕形的。“二次革命”前，按照制度设定，国军权本应由陆军部参谋部分掌。参谋部是毫无实权的空壳，至袁世凯让黄兴参谋总长黄兴不愿干，最由尚在武汉的黎元洪遥领。参谋部的具体务由参谋次长负责，实际挥不了什，更谈不陆军部进行牵制。
袁世凯此在总统府设立了军处，规定军机务须由陆军部、参谋部提处理方案，呈请总统批示执行，具体怎执行，由军处研议。
就像民初的国政党政治一，制度听不错，但实际运往往又是另外一回。军处原处长李书城是同盟员，毫无权力，甚至连文件不，任不久就气挂冠。李书城一走，日常务便由副处长傅良佐完全负责。
傅良佐是段祺瑞的幕僚身，他不陆军部的插手，段祺瑞根本就不军处放在眼，有袁世凯代办的爱理不理。
由缺少制约，军权中的相一部分尤其是军官的任免，一直被陆军部所掌握。军官的进退，段祺瑞往往不请示袁世凯就直接达命令，在他所提拔的军官中，又有很是门生旧部。段祺瑞与些军官函电往，广泛联系，外人，从中央方已隐形一派系，其势头犹年袁世凯与北洋系。
段祺瑞所谓的皖系实际并未形，但袁世凯是感非常不安，他段祺瑞的猜忌始一步步加深。