除了争夺兵权外，府院双方常常在官吏任免较劲：院方任谁，府方故意挑剔；反，府方提的官员名单，有不院方的同意。由府院相持不，许已经拟定的官吏人选最中途搁浅了。
黎元洪的幕僚在外省扶植本方势力，便鼓动黎元洪任命孙绪山东省长。任命书已经写并加盖总统府印，黎元洪派任总统府侍从武官长的哈汉章持令找段祺瑞，完国务院加盖印章一环节。
哈汉章与段祺瑞有师生谊，他见段祺瑞说：“总统因山东省长缺人，今物色了一位安徽同乡孙绪，认人相宜，即请老师盖令表吧！”
孙绪是安徽人，段祺瑞生安徽，安徽原籍，哈汉章强调孙绪“安徽同乡”的身份，是通一些。是段祺瑞虽极重乡情乡谊，但在任乡人的问题却很清醒——在他权位极盛，乡常有人他，段祺瑞总是热情接待，临走赠送路费礼品，从不委派或推荐乡人官。
听哈汉章口“安徽同乡”四字，段祺瑞勃怒，场拍案骂：“什东西！我不认同乡，难说安徽同乡就该做省长吗？”
见段祺瑞了火，哈汉章情知不妙，赶紧身溜走了。
段祺瑞固讲原则，但一务实的政治，他并不缺少灵活权变的一面。哈汉章走，有人向他透露，说黎元洪其实在山东省长一席位考虑了三人选，孙绪在三人中尚属“势利官僚”，风头行的角色，段派并不敌视。另外两是厉害角色，两害相权取其轻，不任命孙绪。
段祺瑞听了觉颇有理，便勉强同意了一任命。
尝甜头的黎幕又始在更重的阁员名单做文章。按照“临约法”及民国惯例，有国务总理由总统提名特任，其他阁员人员均应由总理提，但黎元洪却在幕僚的怂恿，擅拟定了另外一份阁员名单，一面通知段祺瑞，一面径行提国。
进入黎元洪所拟名单中的部分人，或结黎幕的议员，或与黎素厚，或黎的同乡，其中最瞩目的是唐绍仪，他被提名外总长。民国改元一任总理，唐绍仪资望较崇，黎幕推他山的目的，是预备将黎段恶乃至决裂，段祺瑞换掉，唐绍仪继任总理。
段祺瑞拿名单内很不痛快，但因担引府院间新的冲突，所场未做任何表示。见段祺瑞默不语，徐树铮一不便言。
被人按着头不吱声，从不是徐树铮的格。退帐外，他忽生一计，决定不直接向黎元洪提任何抗议，是唐绍仪突破口，通各省北洋军人黎元洪进行施压。
在徐树铮的策划，由冯国璋、张勋领衔，二十名北洋将领联名通电。通电不仅列举了唐绍仪的各项“罪状”，且称果政府执意让唐掌外，各省将外部与各国所订条约一概不予承认。
此唐绍仪已由海达津，正准备赴京入阁，通电一，又返回海。
黎元洪是经受不住压力的人，通电令他惊胆战，始悔己在内阁名单采取了轻率的态度。黎元洪的幕僚原嚷很凶，今被一纸通电给压了一点声音——他文人政客，胆子再，不敢真的与一群持枪在手的武人叫板。
黎元洪前倨恭，亲打电话邀请段祺瑞府，便重新商定阁员名单。
段祺瑞尽管又一次占据了主动，但了使新内阁够尽快通，是决定混合制方式组阁，在阁员人选做了最程度的让步。除陆军总长由他己兼任外，其他阁员尽量依照黎元洪的推荐提名，从不同集团政党中选。
在不断升级的府院争斗中，夹在中间的“千年佬”张国淦渐渐招架不住，是索挂冠，辞掉了包括总统府秘书长在内的所有职务。
黎元洪选的继任者丁佛言。他是一做官的国议员，此人格浮躁，爱兴风浪、卖弄聪明，虽说力不及徐树铮，但在不安分斗方面倒绝与徐树铮有一拼。
丁佛言不再像张国淦那说话，他利总统府秘书长的职权，常将国务院呈的公文命令留或不盖印。徐树铮被惹三两头跳脚，二人争吵甚至互相谩骂的屡有生。
跟徐树铮争尚不瘾，丁佛言跟段祺瑞斗。他一位议员说：“决与歪鼻子（指段祺瑞）较量一番。”那人劝他：“你的力量不足推倒段，相反坏。”丁佛言哪听进，他不服气说：“那就试试吧！”
了限制段祺瑞的权力、提高黎元洪的位，丁佛言提“府院办手续草案”，主张总统参加国务议，及院方呈请总统印，黎元洪有不同意见，必须国务院再议，等等。
黎元洪草案，有不表示支持的理；相反，段祺瑞则被气火冒三丈，乃至提辞职。
黎元洪已经见识方的厉害，在段祺瑞的一番示威不不让步，段祺瑞认局不够稳定，不与黎元洪的关系搞太僵，因此同意进行折中处理。
几经磋商，双方拟订了一彼此接受的方案。与此同，段祺瑞针部往黎元洪的不恭敬行进行了一定约束，段黎关系一度有所缓。
府院争的高潮刚刚落，国务院内部又争端——孙洪伊首的黎派阁员与段祺瑞、徐树铮闹了别扭。