由在段祺瑞内阁中黎派阁员占据优势，所场争端虽生在国务院内部，但其实是府院争的一扩延续。一手挑争端的孙洪伊原进步党人，不政见却倾向国民党，段祺瑞北洋系他很反感。他所够入阁，完全是黎元洪提名的缘故。
段祺瑞是在黎元洪的面子，才同意孙洪伊入阁的。孙洪伊，他不予重，所初安排的阁员职位是有职无权的教育总长。不料孙洪伊京便领袖人物居，着黎元洪的面，他声称即使不入阁，不干教育。
阁员名单已经表，黎元洪骑虎难，硬着头皮让人再找段祺瑞商量。段祺瑞很不高兴回答：“就他难缠！名单已表，谁肯让他？”
有凑巧，阁员面正有人调整，原定的内务总长情愿位置让给孙洪伊。段祺瑞见状，又考虑必须维持与黎元洪的关系，就再次迁就黎元洪，任命孙洪伊了内务总长。
内阁组不久，恰逢李烈钧在广东与人争夺盘，段祺瑞调他“京听候任”的命令置不理。段祺瑞十分不安，便在内阁议就广东问题提讨论。
徐树铮列席内阁议并言。按照法理，国务院秘书长有列席内阁议的资格，有言权，是既段祺瑞不予阻止，其他人就不讲什了。
徐树铮提组织粤、闽、湘、赣四省军队李烈钧部进行剿，并拿了一水陆三路进兵的计划。因李烈钧是国民党人，孙洪伊及其他原国民党身的阁员此表示反，他采取袒护李烈钧的态度，仅主张进行调解。
内阁议结束，徐树铮不管什少数服从数、己有有言权，就按照先前在陆军部的做法，顾拟定了四省剿李烈钧的命令，找府方盖印。
黎元洪、丁佛言与孙洪伊等阁员平是一鼻孔气，不肯给他盖。遭拒绝，徐树铮便索在盖印的情况电令了。
情很快泄露，孙洪伊情负，不甘人，本任就不惯徐树铮，抓柄马面指责他违法越权。徐树铮不是一盏省油的灯，二人言辞激烈，声达户外。
此，孙洪伊挟黎重，徐树铮倚段抵制，二人皆视方仇敌，几乎无无不生冲突，并且些冲突相激烈，乃至“短兵相接，日在火并中”。
“广东案”，又生了福建省长胡瑞麟查办案。袁世凯主政期，胡瑞麟奉袁世凯命，曾授意其弟、湖南将军汤芗铭屠杀革命党人。尽管已经境迁，但参议院仍有人跟胡瑞麟算旧账，此提查办胡瑞麟。
胡瑞麟本黎元洪有些渊源，却投靠了段祺瑞，与徐树铮的不错，因此查办案送国务院，徐树铮便不提阁议，国务院秘书长的资格拟文咨复了参议院。
省长是文官，其任免、查办皆属内务部管辖范围。孙洪伊从国方面知件，马提阁议说总理滥职权，的，什不经内阁讨论就直接咨复参议院？
其他各部的部长有意见，段祺瑞的处境十分尴尬。本徐树铮所，段祺瑞是完全同意支持的，但了免使段难堪，徐树铮就一人责任承担了。
徐树铮就此孙洪伊等人集中攻击的目标。段祺瑞无言，说了一句“树铮荒唐”。
孙洪伊仍旧穷追猛打，又向段祺瑞提辞呈。徐树铮忍无忍，段祺瑞说：“姓孙的太狂妄了！他胁迫总理，我干脆批了他的辞呈，害群马赶内阁。”
孙洪伊理不饶人，段祺瑞偏偏不赶他走，其直接原因是总统府国的一些人正借机做文章，黎元洪特招孙洪伊前见面，其加慰留。
毕竟是己理亏在先，黎元洪又做此表示，段祺瑞是不不孙洪伊进行了慰留。
孙洪伊有了面子，才答应收回辞呈，但又迫使段祺瑞答应院秘书长的权限进行限制，其中包括不内阁议的决定进行擅改，及政府命令必须由国务员副署，才送总统府盖印表，等等。
此次冲突的结果，徐树铮受了重打击，此他与孙洪伊的争斗便始表面化，且呈现愈演愈烈势。