1917年7月14日，段祺瑞“三造共”的英雄姿态凯旋回京。他在请愿团件中受损的社声誉及其威望幅反弹，许人他歌功颂德，就连段公馆内部位他熟悉其实又不太熟悉的老段始刮目相。有的人说：“是老头儿有办法，次一电报，就叫清室让了位。回又是一电报，撵走了张勋，取消了复辟。”
段祺瑞入京正式组阁。在陆续表的阁员名单中，除他继续兼陆军总长外，主由段派、研究系、通系员组，说是三派的联合内阁。
在讨逆一役中，梁启超功劳不，加其识人品的赏识，段祺瑞在酝酿内阁名单即力邀其共。梁启超半是谦虚半是认真说：“我给总理书记，写稿子，别的恐怕我担不。”
最终梁启超被任命财政总长，研究系的另一领袖汤化龙任内务总长。在新内阁，研究系占有很份额，一共九阁员，研究系便独占五席。既标志着研究系进入了它的极盛期，同预示着段祺瑞在重新执掌中央政权，暂不再像往那受院方身的羁绊。
段祺瑞入京的，便与黎元洪面并向方表示慰问。复辟期间，黎元洪先法国医院藏身，遭拒又平民身份转往日本使馆避难。直张勋逃往荷兰使馆，他才敢从东民巷活动，犹是在换防，一国元首的脸面扫尽。
尽管段祺瑞仍请黎元洪回总统府就职，但经此劫难，黎元洪在羞愧难的同，已力瘁，不愿再总统。他向段祺瑞表示：“我已打定了辞职的主意，今决不再回公府。”返回宅，他又连两通电报，“肝俱在，面目何施”的沉痛措辞，声明己决不再复任总统。
就段祺瑞说，黎元洪初毫不留情的免职举，无疑给他造了刻骨铭的精神伤害，即便讨逆功，理影不完全消退。现在他所面挽留黎元洪，很程度是了体现一获胜者的宽宏量既往不咎，但既黎元洪退意已决，他就不再勉强了。
黎元洪不做总统，就轮了冯国璋。冯国璋在讨逆期间副总统代行总统职权，通电是黎元洪一手草拟的，由冯国璋继任总统谓合情合理合法。
段祺瑞随接二连三电报邀冯国璋北，派人南京劝驾，但冯国璋却迟迟未动身。
冯国璋本人继任总统是求不，问题是他的部幕僚已经分了两派意见。一派主张接受段祺瑞的邀请，由代理总统转正。他认，黎元洪既不肯复职，冯国璋就应北京正式继任，果长期在南京代行，不但影响国际观感，且妨碍政令的推行，就算代理总统的责任衡量，说不。
北派有着己人的九九，他的话说：“我不容易盼有一。现在我捧着老头子（指冯国璋）总统了。机，怎错呢？”
了够攀龙附凤、鸡犬升，北派便竭力怂恿冯国璋北，并且强调目前中央无主，元首虚悬，正是他扩权势、摆土皇帝身份的机。
相北派，另外一派称留宁派，就是建议冯国璋留在南京，将总统继续“代”。他提的反证，就是先前人尽皆知的府院争，由此引申：做正式的总统，有像袁世凯那完全执掌权，才有做，其他人不行。“像那黎总统（黎元洪），由他手有实权，所就让人给端了。”
有人给冯国璋分析利害：“古人云，猛虎在山，藜藿不采。不总统（指冯国璋）在儿威震八方，是一北京，人处处拿法律限制你，就什办不通啦！”
冯国璋曾亲眼见识府院争的激烈程度，黎段二人是何相互方逼绝境的整程知甚详，所一派的意见很听进。冯国璋的夫人、女婿劝他不应离经营年的盘军队北京，免轻者做空头总统，重者沦黎元洪二。
果够像留宁派所说的那，继续留在南京做代理总统，由段祺瑞在北京处理政务，冯国璋言，无疑是最的结果。是毕竟鱼与熊掌不兼，且西南方面又通电拥黎元洪复任，冯国璋便觉是应该慎重从，再观望一，是便表通电，宣布停止代行总统职务，仍副总统身份兼领江苏督军。