虽顺利完了重新山前未完的两件，但段祺瑞面临着入主中枢从未遇的一件棘手难题，就是南方势力的挑战。
张勋复辟前，强迫黎元洪解散了国，失饭碗的国民党议员即纷纷南，孙中山中护法运动。
孙氏“护法”，固有捍卫民国、维护约法的政治追求，但亦有争夺中央控制权的实际考虑。他的直接诉求是求北京政府恢复“旧国”（即被解散的届国），因“旧国”中国民党议员占绝优势，控制国就控制了中央控制权中的相一部分。
孙中山有政治声望影响力，有国民党政治支撑，但“二次革命”失败，国民党就失了己的武装，必须依赖西南军人。
所说的西南主包括云南、贵州、四川、广东广西五省，其中势力最的是桂系陆荣廷滇系唐继尧。从袁世凯代始，西南军人便与孙中山的国民党系、长江游的冯国璋系互通声气，形了一或明或暗的盟友关系，借增强本系在中央的分量。
在张勋复辟前，西南各省一面参与“护法”，一面宣告独立，其目的无非是巩固扩展己的势力。应该指的是，些西南诸侯不仅反张勋，同反段祺瑞。段祺瑞根据黎元洪的命令复任总理，准备举旗讨逆，唐继尧曾通电反，其逻辑是复辟乃段祺瑞一手酿，岂再安居总理位。
复辟被平定，根据唐继尧的一逻辑，西南各省不仅仍有取消独立，且指段复辟的罪魁祸首，予坚持反讨伐。段祺瑞早就西南军人不顺眼，现在帮人又他进行讨伐，并实际形了南北分立的局面，他不肯示弱。
西南各省的理位置较偏远，中央不宜兵，是连袁世凯政期难解决的一难题。段祺瑞在总结袁世凯的一些策略办法的基础，制订全盘的战略计划，即“入川进攻云贵，攻湘占有两广”，就是四川、湖南枢纽，逐步削平西南诸侯。
围绕入川，段幕设计了一周密的方案，即利川、黔、滇三方面的矛盾，先使其互斗，再寻机取代。1917年8月初，川、黔、滇三军果生混战，段祺瑞立即任命吴光新长江游总司令兼四川查办使，率六旅入川查办四川问题，其目的是首先督促川军驱逐滇黔军，再拿四川控制滇黔。
与“入川”相比，“攻湘”更困难复杂。湖南省长兼督军谭延闿本倾向西南，北京政府是表面敷衍。段祺瑞就吴光新代，但谭延闿在湖南甚民望，湖南人“湘人治湘”口号，反北方势力侵入湖南。
针一情势，段祺瑞采取了一将计就计的办法，他决定派湖南籍的傅良佐湖南，既堵住湖南人的嘴，又执行己的计划。
是段祺瑞的提议却遭了冯国璋的极力反。
冯国璋刚京，曾经很度说现政府既实行责任内阁制，那他总统就应该“人不参加”。比陆军次长缺，幕僚建议让师景云干一，他冯国璋说：“岚峰（师景云的字）伺候您年了，现在陆军次长了缺，是否提拔他一？”
师景云乃冯幕首席，深冯国璋的信任，其位相徐树铮段祺瑞，但是冯国璋听不同意，他其中的一幕僚说：“岚峰，我不你。是我觉你不的，内阁，咱是不加入是。”
果冯国璋够始终一不问人其他政府务，冯段间就不有什不同意见，实他却做不一点。
冯国璋追述他在北京总统的段经历，曾经说：“我老哥的位，段向我唯命是听的那态度，了北洋的局，我认，我是说服段，做府院合的。”
其实仅此一句话，就足说明冯国璋他的前任一，绝不甘做一责任内阁制的“盖印总统”。