在二次直皖战争中，段祺瑞确实挥了他举足轻重的。卢永祥在浙江的战固引爆全局，冯玉祥的倒戈与他有着直接关联。促冯倒戈，段祺瑞前派亲信携其亲笔函见冯，提“不赞内战，并希望冯贿选有处”。除亲笔函外，他设法筹集十万洋，转送给冯玉祥，临倒戈的代价。
不在拥孙是拥段的问题，冯玉祥的态度一度较微妙。据说那冯玉祥已读三民主义的书籍，且很感兴趣，他孙中山不止一次表示敬仰，在北洋系中，冯玉祥又基本属思“异类”，与段祺瑞、张霖打不免感势孤，果够与孙中山互相呼应支持，他是有利的。
由冯玉祥有拥孙的，所曾有消息说张霖、冯玉祥已电报广东，请孙中山北京主持一切，不久一消息就被证明纯属误传。
冯玉祥倒戈，他盾的摄政内阁是一渡。冯玉祥练兵尚有一手，但搞政治是其最的短板，人评价他将政变的北京政局弄“似革命非革命，似依法非依法”。同，他又被直系视叛徒，直系长江各省均予通电讨伐。面一严峻形势，冯玉祥等人乃联名拥段“国民军元帅”，借助其声望减轻身所受压力。
蛰居四年，终山了。本是段祺瑞一直所期待的，命运的门即将向己启，他又不由踌躇。最主的担，就是不知各省他的态度究竟何——几年前，他辞督办野，人是弹冠相庆，果回贸山，再遭各方反，那岂不是讨趣，老脸往哪搁？
段祺瑞是冯玉祥等人的拥戴既不表示接受，不加推辞，既不说京，不说不，是表示：“此将重，必等各省一致拥戴，山。”
战稍定，段祺瑞就电报给冯玉祥，让他速津商议国是。冯玉祥津的二，张霖了津，奉军两师先行在津驻扎。
冯玉祥津，立即现段、张均完全无意孙，奉军又咄咄逼人，连己从吴佩孚手中收编的一些部队被奉军给缴了械，使冯玉祥不仅完全打消了拥孙的念头，且被迫张霖唯唯诺诺，装一副全无见的子。
张霖在战争中击败吴佩孚，其气势就跟前的吴佩孚一，恨不立马扫平。在津议，他甚至主张继续派兵南，从一举扫清直系在长江流域的实力。冯玉祥同借机南方抢占盘，是表示赞。
武力统一曾经是段祺瑞一贯坚持的政治理念，果是放在，他恨不敦促奉、冯两军昼夜南呢，是现在他己已一理念产生了怀疑动摇。
曾经段祺瑞武力统一政策批评很厉害的一人，是著名政治活动章士钊。章士钊认，武力统一乃是“一派势力消除它派势力”，是“不知国根本组织”。在他，一社必定有各各的势力，它利益不同、情感不同，意见希望不同。国做的，是调、容纳些势力，“使相安”，倘若强行武力消灭达所谓的统一，那是假统一，是注定失败的。
那什是真统一呢？章士钊忠告段祺瑞：“真统一者，乃在国意志统一不在独夫专擅。”
退居津前，段祺瑞章士钊的批评，有注意，就是了书生见，压根儿放在。他真正感觉些批评言有理，是在退隐静思，细细回味那些经历的失败。
就在息影的三年，段祺瑞很感慨说：“曹（曹锟）、张（张霖）、吴（吴佩孚）皆我提拔。我扶植他长，是却又全部打我了。我致力武力政策，结果此，现在觉悟了。”
段祺瑞终明白，果单纯靠武力统一，打掉一批老的实力军头，又养一批新的实力军头，最免不了是一场空。
因有了的新认识，段祺瑞不同意张、冯的兵主张。他认，曹、吴在长江各省的势力很，困兽不穷追，一穷追，方就合力死斗，那候就不办了。
段祺瑞提，长江各省“竭诚赞助统一”，同又不再支持曹、吴，就不应继续兵。张霖、冯玉祥听了，觉长江各省“合力死斗”的情况未必就不生，是不不在原则同意段祺瑞的意见。